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Maize.yaml
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Maize.yaml
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## Raw Data
#######################################################################
raw_data:
by_column:
- 1
- 2
start_column: 3
#######################################################################
## BLUP or BLUE
#######################################################################
BLUP: ../BLUP_BLUE/Maize/TESTclaytoncombine_BLUP_Networkratiotraits.csv
BLUP_by_column:
- 1
BLUP_start_column: 2
#######################################################################
## Gapit3
#######################################################################
GAPIT_kinship_matrix:
GAPIT_covariates:
GAPIT_hapmap:
GAPIT_genotype_data_numeric:
GAPIT_genotype_map_numeric:
GAPIT_hapmap_file_extension: txt
GAPIT_genotype_data_numeric_file_extension:
GAPIT_genotype_map_numeric_file_extension:
GAPIT_hapmap_filename: alexgenofiles_chr
GAPIT_genotype_data_numeric_filename:
GAPIT_genotype_map_numeric_filename:
GAPIT_genotype_file_path: /home/ycth8/data/projects/GWAS1001/reference_files/Maize/alexgenofiles_hapmap/
GAPIT_genotype_file_named_sequentially_from: 1
GAPIT_genotype_file_named_sequentially_to: 10
GAPIT_model:
- GLM
# - MLM
# - MLMM
# - SUPER
# - FarmCPU
GAPIT_SNP_MAF: 0.05
GAPIT_PCA_total: 3
GAPIT_Model_selection: TRUE
GAPIT_SNP_test: TRUE
GAPIT_file_output: TRUE
GAPIT_p_value_threshold:
GAPIT_p_value_fdr_threshold: 0.01
GAPIT_LD_number: 100000
#######################################################################
## Haploview
#######################################################################
Haploview_file_path: ../reference_files/Maize/alexgenofiles_haploview/
Haploview_file_name: alexgeno_haploview_chr
Haploview_file_extension: txt
Haploview_file_named_sequentially_from: 1
Haploview_file_named_sequentially_to: 10
#######################################################################
## Match Gene Start and Stop
#######################################################################
GFF_file_path: ../reference_files/Maize/gene_chr/
GFF_file_name: gene_chr
GFF_file_extension: gff.txt
GFF_file_named_sequentially_from: 1
GFF_file_named_sequentially_to: 10
#######################################################################
## Output Directory
#######################################################################
output: ../output/Maize_output