From cabb2f45dfc163a5bfece94948365c48379293ca Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Melanie Courtot Date: Tue, 18 Dec 2018 12:10:37 +0000 Subject: [PATCH] prep for release. small updates - typo import IRI IAO, checked APs, removed redundant declarations --- duo.owl | 27319 +++++++++++++++++++++++++++++++++++- src/ontology/duo-edit.owl | 67 +- 2 files changed, 26550 insertions(+), 836 deletions(-) diff --git a/duo.owl b/duo.owl index 5046fc0..59e74b8 100644 --- a/duo.owl +++ b/duo.owl @@ -1,25 +1,29 @@ + xmlns:rdfs="http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#" + xmlns:terms="http://purl.org/dc/terms/" + xmlns:protege="http://protege.stanford.edu/plugins/owl/protege#" + xmlns:oboInOwl="http://www.geneontology.org/formats/oboInOwl#"> - - - Stephanie Dyke - Giselle Kerry - Moran Ncabili - Gregory Rushton + + + + Cooper Stansbury David An Dylan Spalding + Giselle Kerry + Gregory Rushton + J. Neil Otte + Moran Ncabili + Stephanie Dyke Melanie Courtot @@ -36,26 +40,14 @@ - + - - definition + + DUO_preferred_label - - - - - - - - - - - - @@ -68,18 +60,6 @@ - - - - - - - - - - - - - An object property linking a consent code to a specific restriction which further constrains it, such as research should be restricted to a specific disease or geographical location. + is_restricted_to + A is restricted to B iff A is a consent code and B is an investigation and A may only participate in instances of a class C, of which B is an instance. + J. Neil Otte + E.g. A dataset is restricted to an instance of an investigation for a specific disease or at geographical location. DUO:0000010 is restricted to @@ -194,9 +177,9 @@ - + - + @@ -400,1717 +383,27509 @@ - + - - - A disease is a disposition (i) to undergo pathological processes that (ii) exists in an organism because of one or more disorders in that organism. [url:http://ontology.buffalo.edu/medo/Disease_and_Diagnosis.pdf ] - DOID:4 - disease - + + + - + - - - A data item that is used to indicate consent permissions for datasets and/or materials, and relates to the purposes for which datasets and/or material might be removed, stored or used. - DUO:0000001 - consent code - + + + - + - - - A categorical data item indicating the primary category the consent code belongs to according to Dyke et al. 2016. - DUO:0000002 - consent code primary category - + + + - + - - - A categorical data item indicating the secondary category the consent code belongs to according to Dyke et al. 2016. - DUO:0000003 - consent code secondary category - + + + - + - - - This consent code primary category indicates there is no restriction on use. - DUO:0000004 - Note: the NRES alternative term may be confusing as in the UK it also stands for National Research Ethics Service - no restriction - + + + - + - - - This primary category consent code indicates that use is allowed for health/medical/biomedical purposes and other biological research, including the study of population origins or ancestry. - DUO:0000005 - general research use and clinical care - + + + - + - - - This primary category consent code indicates that use is allowed for health/medical/biomedical purposes; does not include the study of population origins or ancestry. - DUO:0000006 - health/medical/biomedical research and clinical care - + + + - + - - - - - - - - - This primary category consent code indicates that use is allowed provided it is related to the specified disease. - DUO:0000007 - disease-specific research and clinical care - + + + - + - - - This primary category consent code indicates that use of the data is limited to the study of population origins or ancestry. - population origins/ancestry research - DUO:0000011 - population origins or ancestry research - + + + - + - - - - - - - - - This secondary category consent code indicates that use is limited to studies of a certain research type. - DUO:0000012 - research-specific restrictions - + + + - + - - - This secondary category consent code indicates that use is limited to research purposes (e.g., does not include its use in clinical care). - DUO:0000014 - research use only - + + + - + - - - This secondary category consent code indicates that use includes methods development research(e.g., development of software or algorithms) only within the bounds of other use limitations. - DUO:0000015 - no general methods research - + + + - + - - - This secondary category consent code indicates that use is limited to genetic studies only (i.e., no phenotype-only research) - DUO:0000016 - genetic studies only - + + + - + - - - Requirements indicate additional conditions set for use. - DUO:0000017 - data use requirements - + + + - + - - - This requirement indicates that use is limited to not-for-profit organizations. - DUO:0000018 - not-for-profit use only - + + + - + - - - This requirement indicates that requestor agrees to make results of studies using the data available to the larger scientific community. - DUO:0000019 - publication required - + + + - + - - - This requirement indicates that the requestor must agree to collaboration with the primary study investigator(s). - DUO:0000020 - collaboration required - + + + - + - - - This requirement indicates that the requestor must provide documentation of local IRB/ERB approval. - DUO:0000021 - ethics approval required - + + + + - + - - - - - - - - - This requirement indicates that use is limited to within a specific geographic region. - DUO:0000022 - geographical restriction - + + + - + - - - This requirement indicates that requestor agrees not to publish results of studies until a specific date - publication embargo - DUO:0000024 - publication moratorium - + + + - + - - - This requirement indicates that use is approved for a specific number of months. - DUO:0000025 - time limit on use - + + + - + - - - This requirement indicates that use is limited to use by approved users. - DUO:0000026 - user-specific restriction - + + + - + - - - This requirement indicates that use is limited to use within an approved project. - DUO:0000027 - project-specific restriction - + + + - + - - - This requirement indicates that use is limited to use within an approved institution. - DUO:0000028 - institution-specific restriction - + + + - + - - - This requirement indicates that the requestor must return derived/enriched data to the database/resource. - DUO:0000029 - RTN - return to database/resource - + + + - + - - - GAZ:00000448 - geographic location - + + + - + - - + + - + - + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + A disease is a disposition (i) to undergo pathological processes that (ii) exists in an organism because of one or more disorders in that organism. [url:http://ontology.buffalo.edu/medo/Disease_and_Diagnosis.pdf ] + DOID:4 + disease + + + + + + + + + consent code + A data item that is used to indicate consent permissions for datasets and/or materials, and relates to the purposes for which datasets and/or material might be removed, stored or used. + DUO:0000001 + consent code + + + + + + + + + consent code primary category + A categorical data item indicating the primary category the consent code belongs to according to Dyke et al. 2016. + DUO:0000002 + consent code primary category + + + + + + + + + consent code secondary category + A categorical data item indicating the secondary category the consent code belongs to according to Dyke et al. 2016. + DUO:0000003 + consent code secondary category + + + + + + + + + no restriction + This consent code primary category indicates there is no restriction on use. + DUO:0000004 + NRES + 20180907, Meeting Moran Melanie: This is to be thought about more carefully - what is the intent when using 'no restriction' as usually users still need to be researchers. + Note: the NRES alternative term may be confusing as in the UK it also stands for National Research Ethics Service + no restriction + + + + + + + + + general research use and clinical care + This primary category consent code indicates that use is allowed for health/medical/biomedical purposes and other biological research, including the study of population origins or ancestry. + DUO:0000005 + GRU-CC + general research use and clinical care + + + + + + + + + health/medical/biomedical research + This primary category consent code indicates that use is allowed for health/medical/biomedical purposes; does not include the study of population origins or ancestry. + DUO:0000006 + HMB + health or medical or biomedical research + + + + + + + + + + + + + + + disease-specific research + This primary category consent code indicates that use is allowed provided it is related to the specified disease. + DUO:0000007 + DS + This term should be coupled with a term describing a disease from an ontology, such as the Disease Ontology, HPO, MonDO to specify the disease the restriction applies to. + disease specific research + + + + + + + + + population origins or ancestry research + This primary category consent code indicates that use of the data is limited to the study of population origins or ancestry. + population origins/ancestry research + DUO:0000011 + POA + population origins or ancestry research + + + + + + + + + + + + + + + research-specific restrictions + This secondary category consent code indicates that use is limited to studies of a certain research type. + DUO:0000012 + RS + research specific restrictions + + + + + + + + + research use only + This secondary category consent code indicates that use is limited to research purposes (e.g., does not include its use in clinical care). + DUO:0000014 + RU + research use only + + + + + + + + + no general methods research + This secondary category consent code indicates that use includes methods development research(e.g., development of software or algorithms) only within the bounds of other use limitations. + DUO:0000015 + no general methods research + + + + + + + + + genetic studies only + This secondary category consent code indicates that use is limited to genetic studies only (i.e., no phenotype-only research) + DUO:0000016 + GSO + genetic studies only + + + + + + + + + data use requirements + Requirements indicate additional conditions set for use. + DUO:0000017 + data use requirements + + + + + + + + + not-for-profit use only + This requirement indicates that use of the data is limited to not-for-profit organizations and not-for-profit use, non-commercial use. + non-commercial use + DUO:0000018 + NPU + not for profit use only + + + + + + + + + publication required + This requirement indicates that requestor agrees to make results of studies using the data available to the larger scientific community. + DUO:0000019 + PUB + publication required + + + + + + + + + collaboration required + This requirement indicates that the requestor must agree to collaboration with the primary study investigator(s). + DUO:0000020 + COL + This could be coupled with a string describing the primary study investigator(s). + collaboration required + + + + + + + + + ethics approval required + This requirement indicates that the requestor must provide documentation of local IRB/ERB approval. + DUO:0000021 + IRB + ethics approval required + + + + + + + + + + + + + + + geographical restriction + This requirement indicates that use is limited to within a specific geographic region. + DUO:0000022 + GS-[XX] + This should be coupled with an ontology term describing the geographical location the restriction applies to. + geographical restriction + + + + + + + + + publication moratorium + This requirement indicates that requestor agrees not to publish results of studies until a specific date + publication embargo + DUO:0000024 + MOR-[XX] + This should be coupled with a date specified as ISO8601 + publication moratorium + + + + + + + + + time limit on use + This requirement indicates that use is approved for a specific number of months. + DUO:0000025 + TS-[XX] + This should be coupled with an integer value indicating the number of months. + time limit on use + + + + + + + + + user-specific restriction + This requirement indicates that use is limited to use by approved users. + DUO:0000026 + US + user specific restriction + + + + + + + + + project-specific restriction + This requirement indicates that use is limited to use within an approved project. + DUO:0000027 + PS + project specific restriction + + + + + + + + + institution-specific restriction + This requirement indicates that use is limited to use within an approved institution. + DUO:0000028 + IS + institution specific restriction + + + + + + + + + return to database/resource + This requirement indicates that the requestor must return derived/enriched data to the database/resource. + DUO:0000029 + RTN + return to database or resource + + + + + + + + + method development + An investigation concerning development of methods, algorithms, software or analytical tools. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000031 + method development + + + + + + + + + population research + An investigation concerning a specific population group. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000032 + Should be paired with the an ontology term representing this population (e.g., xxx). + population research + + + + + + + + + ancestry research + An investigation concerning ancestry or population origins. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000033 + ancestry research + + + + + + + + + age category research + An investigation concerning specific age categories. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000034 + Should be paired with the an ontology term representing this population (e.g., xxx). + age category research + + + + + + + + + gender category research + An investigation concerning specific gender categories. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000035 + Should be paired with the an ontology term representing this population (e.g., xxx). + gender category research + + + + + + + + + research control + An investigation concerning use of data as reference or control material. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000036 + research control + + + + + + + + + biomedical research + An investigation concerning health, medical, or biomedical research. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000037 + biomedical research + + + + + + + + + genetic research + Biomedical research concerning genetics (i.e., the study of genes, genetic variations and heredity). + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000038 + genetic research + + + + + + + + + drug development research + Biomedical research concerning drug development. + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000039 + drug development research + + + + + + + + + disease category research + Biomedical research research concerning specific disease/s + This definition is a placeholder as a result of meetings at ICBO2018. + DUO_0000040 + disease category research + + + + + + + + + general research use + This primary category consent code indicates that use is allowed for general research use for any research purpose. + DUO:0000042 + GRU + This includes but is not limited to: health/medical/biomedical purposes, fundamental biology research, the study of population origins or ancestry, statistical methods and algorithms development, and social-sciences research. + general research use + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + GAZ:00000448 + geographic location + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + 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