README.md

12ème école de bioinformatique AVIESAN - IFB - INSERM (EBAII 2023)

Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit

Du 05-11-2023 au 10-11-2023 à la Station biologique de Roscoff

Web site

• Web pages: https://ifb-elixirfr.github.io/EBAII/2023/ebaiin1

From there, you can also find a link to download the whole repository with git.

Programme synthétique

Programme https://github.com/IFB-ElixirFr/EBAII/blob/master/2023/ebaiin1/programme_synthetique_EBAII_2023%20-%202023.pdf

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Supports de cours

Exposés d'ouverture

Cours	Intervenants	Supports
Long reads	Claude Thermes

Visualisation

Cours	Intervenants	Supports
Visualization of NGS Data using IGV (v2.4+) -- Documentation	Rachel Legendre, Jean-Pascal Meneboo	Intro Practical data

ChIP-seq

Support	Lien
Partie théorique	gslides
Partie pratique	html
Workflow et conclusion	gslides

Cours	Intervenants
Programme de l'atelier ChIP-seq	Program
Design expérimental, Contrôle qualité	Stéphanie Le Gras
Alignement	Stéphanie Le Gras
Contrôle qualité des alignements, visualisation	Tao Ye
Peak-calling	Tao Ye
Analyse des motifs	Morgane Thomas-Chollier
Annotation des pics	Elodie Darbo
Workflow et conclusion	Denis Puthier

Variants

Cours	Intervenants	Supports
Introduction & Processing Post-Alignement	Nadia Bessoltane & Gabriele Adam	pdf gslides
Variant calling & Annotation	Nadia Bessoltane	pdf gslides
Variants structuraux	Gabriele Adam	pdf gslides
manipulation et visualisation de données avec R	Nadia Bessoltane	pdf gslides
Analyse de variants avec R	Nadia Bessoltane	pdf gslides html data
Workflow et conclusion	Nadia Bessoltane & Gabriele Adam	pdf gslides

Croisement et intégration des données

Cours	Intervenants	Supports
Croisement de données	Claire Toffano-Nioche, Pauline François	gslides