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# Warning, this file is parsed by setup.py to create install_requires
# I wrote a really dumb parser, this means that a line cannot contain both a
# comment and a module name. Comment lines MUST start with #
################################################################################
# WARNING: If you make changes here, don't forget to update docs/conf.py #######
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# Required to Construct the Semantic Network And Train Models ##################
################################################################################
cloudpickle
dask
distributed
faiss-cpu
fsspec
gdown
gensim
h5py
lxml
networkx
nltk
numpy
pandas
protobuf
pygsheets
python-Levenshtein
pytorch-lightning==0.7.6
scispacy
sentencepiece
spacy
sqlitedict
torch==1.5.0
tqdm
transformers==2.4.1
file_read_backwards
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# Quality of Life ##############################################################
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# Dask web interface uses this.
bokeh
# Dask-ssh, which spawns a dask cluster, uses this
paramiko
# Used to make sure some things are working. Not as many unit tests as we
# should have.
pytest
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# Needed to run tools and create plots #########################################
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# Used to run the semmeddb tool
fire
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# Needed to build the docs #####################################################
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# WARNING: This file will NOT be loaded by ReadTheDocs.org. Instead, this file
# exists as an easy way for developers to add the documentation dependencies to
# an existing environment.
# Read help/write_docs.md for more information about how to update the
# ReadTheDocs dependencies. But tl;dr: update environment.yaml
# Generates Documentation
sphinx>=3.0.0
# Allows for markdown docs
recommonmark
# Allow sphinx to see type hints
sphinx-autodoc-typehints
# Theme
sphinx-rtd-theme
# Run ApiDoc on Build
sphinxcontrib-apidoc