From 2efe2424a268daaccd36ea92368a2b1c4ee2ef5d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: JLSteenwyk Date: Thu, 19 Sep 2024 12:02:18 -0700 Subject: [PATCH] roll back to de25ef3 because CPU accelerate didn't actually make things faster --- .../services/alignment/sum_of_pairs_score.py | 1 - test.fa | 24 ------------------- test.occupancy | 3 --- test.partition | 3 --- .../test_sum_of_pairs_score_integration.py | 2 +- 5 files changed, 1 insertion(+), 32 deletions(-) delete mode 100644 test.fa delete mode 100644 test.occupancy delete mode 100644 test.partition diff --git a/phykit/services/alignment/sum_of_pairs_score.py b/phykit/services/alignment/sum_of_pairs_score.py index 9b3e545..311ee5e 100644 --- a/phykit/services/alignment/sum_of_pairs_score.py +++ b/phykit/services/alignment/sum_of_pairs_score.py @@ -35,7 +35,6 @@ def determine_number_of_matches_and_total_pairs( reference_records: Dict[str, SeqRecord], query_records: Dict[str, SeqRecord], ) -> Tuple[int, int]: - print(query_records) number_of_matches = 0 number_of_total_pairs = 0 diff --git a/test.fa b/test.fa deleted file mode 100644 index 6093380..0000000 --- a/test.fa +++ /dev/null @@ -1,24 +0,0 @@ ->Cgla -ATGTTGCT-----------GGGCCAATGTTGAGATCATTGCCCATTACGTATTGTTACTAAGGC--CTTCAGGAAATCTATCTTACTAAATTAAGGTACAGCTGGTCTCGTTCGAACAGATGGATCGCTCACTGTTGTCTAGATTTAACTTCCAAATACCATACTAAGTGCTTTGAGTGGTGAGGGAACTGAGTTGTGGGTGGCGCTAAGTCTACGTTCGGATATATTACTCTGGAGGCCCCTTCTTGAAAACCTGCCATACTATTTAATGCTACTATGTCTCTCAAACCTCTTCAGACCCTGAATTACCAGAACTGTTATTCCAGGCCAAGTCGACCTTGCTGTTGCTGATTCTAACCAACTCCAAGCCGAAGACTTACTATACAACATCCATTCGAAATGGATAGGAAACCTGTCTGTTGACTTCAAAAGTTAGCATTGATACTTGAAAGATTCTCTTCAAGTCTACACAAGGAAAATATCGAATCGAAGGGTGGTATTAATAAGCACTTAGAGTTTTCACTGAATCTCATTTACTCTTACCACAAGGATCTACCGGCTTCATCCGCCAAGATGAATTTTCACCGAAGAGCAGATAAGAAGAATCGGGGAGTGTTCTTCATAGGTATTCCAGTTCTTCAAGGATTCGGAAATTCCAACCCTTGAACTATTGGCTTGAATTGTTCCCTCACTGACCTTCTATCGGAAGTTATCACCAAATATCCAGATGTT-GTTTCTTGACCTTCAGTGTGAGACGGTATGCTACTGTTTATCTGAAACTCAGAGGTGTTGGCGAGTTGAGAATCCCAAGATATTTCCAAGCGACTGATCGCTATGAATTGGGAACTGAGCTCT---------TCTCGTAGATATAATTGATGGTGTCAAGGACTCAAACTAGACAGTTCAACTTTCAGCTGTTGGGATTCTAAGTTGCCTTCCGTATCATTGATGGATATTCTTTCTGATATAAAAGCATCGTTCAGCAAAACCCACTGCCATTAAAAGTGGGGATAGCGTTTATGACC--CAACAGACAGCACTTCTACTGAGGACTAGAGTGTAAGCTCGTGGAACAAAGATTTACACCTGGAAATTTTGTACACAGAAGTGATTGTCAATCTGGGTAGGAGCTTCCACTGTGATCTCTTTGTTAATTTTTAGGTCGATTACAGCAGAAGATATATAAATG-TTTACCATGTCCATTGCTCAATAAAAGACCCTATGCCTTACTCAACTTAGATGTTTGATACTTGGAAGACCTAAACGATCTGAAATACATATATTATTTACAATAAGACGGTGATACCTGTGCTGTATAGGAGATCATCATGACTCTCCTCTCGATTTCAGAAAA--------------AGAGGCCAATTGTGGAGGATCATAGAACATATTGTCCTTGGGATCCCTTCGCAAATCTATTTGGAAAATGTCACCACATATCCCC-ACTGAGAGTCTGGTTTATTTTGGATTATGGAATGGTTTTTTGGGGCTAACAAATTGCTTGCCATAAAGACCTATGGACCATTGTATGAAGGAATATCCAGTGCCCGAAACTACTCATCTGACCTAAAAAAGAACAGAAGCGAAAAACAAGCAAAAACCGGTTCCACATTTAATGGGGCTTCACGATTTATCGAATGATAACTAGATCTTCGACCTCTCTGAGAACTTATTCCACTGGACATTAACTACAATATCAAGATTTCGAAATCAAGGAGTCACAGCTAACAAATCCTAGATAGGAGACCAGTTTCTGCTCAATTGTACACAGCATTAAAACAAGGAAATACTCCTTATTTAACGTACTTTCAGAAACTGTTTATTACAAGAATGAGTAACGGCAATGAGTATGAGATGGACTCTAGAAAAAATACCTAGTTATTTACAGCGATGATATCTTGAAAAGTACTAAAAATTTAAGATAGAAAACAGTTAGTGTTGAGAAAAAA---TCTGGTAAAAGAAGTCAAAACCAAGAGAAATCTGCCAAC----ACTAAAAGATTAAAAAAGTGGTTTTTGTCATCATTACCAACTGATAATAATCTAGCAATGAAAAGAAATACGATGT------GAAGTAAGATGGTA----------AGGGAGTGAAATGATGCTGATCTGTTTCAATAATTAATACCCTTAAAAATATTATCATTCCTGTGTTTTGAAAGAGACTACCTGTATACTATTCCCTACTCAATTATACCGGAGTGAAACATCTATCTACGATATATCTGTCAACTCTTGGCTCATCAAAGAATTAGAGATGCATTAAAAAAACAAACTATTCAGAAAAGGTAATTAACGGTACTGCATAATGAGAAAGGACATTCGTCCCAACGGATTCTAATCAAATATAATGCTGTGAATTCAGGAAGTACCTAGAACTGTGGATAGATTGCATCGGACAGTCTTTCTATTTGTGCAATGAGCCCACATTAATTTTATAAACAAAACTTAGCATGGAATTAGAAATCTACTCACAAAAGAATTAGGATGAGAATAAAACTTTGCTGATGAAAGCAAATAGGATGATGTTAAGGAAAGGAAAGAGAACTTCTTTCCAGTGACTGATCACTAAAAATGGTCAAAACGGAACTCAACATTTCACTAGAATTCAGGCTAATGTCACTGTGGGAAGTTTTGATTTTTTATGATATGTAACAGTTGTTGAAAGAGGCCAAAGTGGATTGGCCGAGGTATTTGAAGAAGCCCGAATTGTATGAGGTTTAGTTAGACCCTGATAATACTTTGCGCGTCTTTTTAGGTAAATTTTCCATG---------ATTCCCAATTTGTATGATTCGGTGGAGCATATAAGAAAGCATTGATATCAACCCAGAGTTATTAGTTGGAAAGGTTTATTTCATATTAAAGATACCGT-ATTTCCCCAATTGGATCCTATGATATTTTACACTTTGTGCTAATATGCCGATGTTCTTGTGACAGGGAATCACAAATTAATTATCGATGATATAAAGAAAATGAGAGATTATCAGACTGAGGAACATATCTGAGACACCTAGTCAGGAAGGACTTTGAAACTGGCCACTTTTAGTTCTTCTCGCCCTTGATAATTGTAAGTTATTGAATAAGAAGGAGCAGGACCGGATTGCTCGATCAAAAGGAAAGACTCAATTTAGCACGCAGATCCTTCATTCATAAAATTAATAGTTGGCTTGGGAGGTGTATGCGTTCCGAGTGACAGATGTTTCAACTGGTTAATTTGTAGATATGATGAAAACGGCAAAATTAGAAGAAGAATTAAATACAGTAGTACTACTTCAATGCCAGCAAGAAACCTTTATATTTGAGAGTCAAACTACTTGAGTGGTCTATGATCACGTTCTAGATGTTGGAGCTTTATTTGAATGGCAAGATATAGTGATTGGATAAAATAGAACTAAAGTTATTCTCATTCTTCAGATTCCCAAATGAGCCATTACTGTGTATTGTATATGGGCTCTTCTAGTATTCTCAGTATATAAAGTGCAAATTCAAAAGTGATGACTGATGAAACACAGGCTGATGCTAAA---AGTGATGTTCAGCTTGAGTCATCGTTGCTGGATCT---GATGAAGAAGATTGAACGGAATGTGAGGTCTAATGAACACAGGG-------TATGTAGGACTAGTGGAAAGGTATACTGTTGGCAATGCTGAAATATTAAGAGCTAAACTGTATTCTGCGCAAGAATTATATGTTACTTTATTATCAGGGAATATGAATGCCCTATTTAAAGCTGGAATTCATTGAAGCGATATGTTAGCTTGGGTATCCCTTCTTTAATTAAAGAGGAATCACGATTGCGCTTGGTCTGTCTACACATAGTGGATAGCAAATATAAGTGCTTTGTCGTTATTTGATAGGTTCTGTTGAGCAACATCTAATACCGAAGCAAACTAGGAAAGTTTATCACATGGAAAAGAAACTGGACGGGCCTATGAATTGCTTCTTGTTCTCATCAAATGCAGTTGGACGTTCTAGGATGGCTGGTGTAGGTAAGCTTGGCATGTGAGCAGAATCCTAGACTTTAAAGAGGTTTTGAAAATTTCTGGTTGGATGAAACACAAATTGGATTGAATTACTGGGGTTGGCCAGACTTCCTAAATT-----AGAA-AGTGAGCATGTTAGTGAGGGCTTTGGAATGTCAGCTCGCCTATAATCTCATCCATCCATTAAGGTTA---GATTTAGCTCCAAGCTACTTTCATTAGGTAAGTATATTCAAATTTTATGTGATTTTAGCGAGCCTTAGGTGCATATGCTTTTGAACTAGATGCGGATATTATACTCAGAGTATGGCAAGACCTATGTGATGCCACCAACTGGACGTGCTCTAGAGGTTTCAGACTCTTGTAAATCGGAAAAGTAAAAAGGCTCTGAGAAAGGTATCCTGGCCATATGTTACTGGGTTCGCTTTGAGAACAACAAGCGCGACATAAGTGGTTTCAATGCCTTAGAATCGATCACAAGTTGAATCATGGATTGACTTGGACAGTCTTACTTAAATTGTGGTAGAGTCGAGGCCTCTAAGGTTTTGAAAGCTAGTCTTGATGACATCACAGTTTGCTTTATTTAGAGTGTGCCTTCACAATTAGCATATGAAGACCTGAAACAATGTACTTAGTTGGAGAAAATCAAAGACTTCCATTCAAGGAAGCGCGCTACACTAATTTCAGACTCCAAAACTGTATAGCCGGGATATTTGTTAAAAAGTAATTGAAGTAGAAAGCTATTCTTTTATTGATGATATCAACAATAATAGGTCACAAAGTAGAAGTTGGATGCTTGTTTACTTGTATTAATATTATCTTCTGGTTCGTCCGGATATGAGATGCCAATTGAATACTATGAACATTTTTCAAAATGTTAACATCAAAAAGGTAGCATGTAAGCGTTGACAGATATCTTGATATATTATCGACAATACATCGTCCCACATGGATAGCAGTAATGTTG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