-
Notifications
You must be signed in to change notification settings - Fork 3
/
config.py
204 lines (170 loc) · 12.9 KB
/
config.py
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
23
24
25
26
27
28
29
30
31
32
33
34
35
36
37
38
39
40
41
42
43
44
45
46
47
48
49
50
51
52
53
54
55
56
57
58
59
60
61
62
63
64
65
66
67
68
69
70
71
72
73
74
75
76
77
78
79
80
81
82
83
84
85
86
87
88
89
90
91
92
93
94
95
96
97
98
99
100
101
102
103
104
105
106
107
108
109
110
111
112
113
114
115
116
117
118
119
120
121
122
123
124
125
126
127
128
129
130
131
132
133
134
135
136
137
138
139
140
141
142
143
144
145
146
147
148
149
150
151
152
153
154
155
156
157
158
159
160
161
162
163
164
165
166
167
168
169
170
171
172
173
174
175
176
177
178
179
180
181
182
183
184
185
186
187
188
189
190
191
192
193
194
195
196
197
198
199
200
201
202
203
204
import argparse
__all__ = ['parse_argument_bise', 'parse_arguments_federated', 'parse_arguments_nirps',
'parse_arguments_centralized', 'parse_arguments_fid_stats']
def parse_arguments_nirps():
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--model', type=str, choices=['cyclegan', 'munit', 'unit'])
parser.add_argument('--dataset', '-d', type=str, default='ixi', choices=['ixi', 'brats2021'])
parser.add_argument('--num-epoch', type=int, default=30)
parser.add_argument('--num-img-save', type=int, default=None)
parser.add_argument('--general-evaluation', '-ge', action='store_true', default=None, help='indicate whether the evaluation for total images need to be done or not')
parser.add_argument('--source-domain', '-s', default='pd', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--target-domain', '-t', default='t2', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--data-path', '-dp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--valid-path', '-vp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--data-mode', '-dm', type=str, default='mixed', choices=['mixed', 'paired', 'unpaired'])
parser.add_argument('--data-num', type=int, default=None, help='slices number for GAN training')
parser.add_argument('--gpu-id', '-g', type=str, default=None)
parser.add_argument('--atl', action='store_true', default=None, help='indicate whether the atl flag is true or not')
parser.add_argument('--debug', action='store_true', default=None)
#parser.add_argument('--nirps-structure', '-ns', action='store_true', help='flag for nirps structure')
args = parser.parse_args()
return args
def parse_arguments_kaid():
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--dataset', '-d', type=str, default='brats2021', choices=['ixi', 'brats2021'])
parser.add_argument('--noise-type', type=str, default='gaussian', choices=['normal', 'gaussian', 'slight', 'severe'])
parser.add_argument('--gpu-id', '-g', type=str, default=None)
parser.add_argument('--debug', action='store_true', default=None)
parser.add_argument('--msl-stats', action='store_true', help='mask stastical learning')
parser.add_argument('--msl-assigned', action='store_true', help='mask assigned flag')
parser.add_argument('--msl-assigned-value', type=float, help='msl assigned value')
parser.add_argument('--msl-path', type=str, default=None, help='mask side length storage path')
parser.add_argument('--delta-diff', type=float, default=None, help='mask side length difference vairation thereshold value')
parser.add_argument('--num-epochs', type=int, default=None)
parser.add_argument('--lambda-recon', type=float, default=1.0, help='weight for reconstruction loss')
parser.add_argument('--lambda-contrastive', type=float, default=1.0, help='weight for contrastive loss')
parser.add_argument('--lambda-hf', type=float, default=1.0, help='weight for high frequency part')
parser.add_argument('--lambda-lf', type=float, default=1.0, help='weight for low frequency part')
parser.add_argument('--pair-num', '-pn', type=int, default=10000)
parser.add_argument('--test-model', type=str, default='cyclegan', choices=['cyclegan','munit','unit'])
#parser.add_argument('--mode', type=str, default='train', choices=['train', 'pred', 'trainpred'])
parser.add_argument('--diff-method', type=str, default=None, choices=['l1', 'l2', 'cos'])
parser.add_argument('--source-domain', '-s', type=str, default='t1', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--target-domain', '-t', type=str, default='t2', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--lr', type=float, default=None, help='learning rate')
parser.add_argument('--step-size', type=int, default=None, help='learning rate will be adjust for epoch numbers')
parser.add_argument('--gamma', type=float, default=None, help='Multiplicative factor of learning rate decay')
parser.add_argument('--beta1', type=float, default=None, help='Adam Optimizer parameter')
parser.add_argument('--beta2', type=float, default=None, help='Adam Optimizer parameter')
parser.add_argument('--fid', action='store_true', default=True)
args = parser.parse_args()
return args
def parse_arguments_federated():
parser = argparse.ArgumentParser()
# federated setting
parser.add_argument('--fed-aggregate-method', '-fam', type=str, default=None)
parser.add_argument('--num-round', type=int, default=10)
parser.add_argument('--num-clients', type=int, default=None)
parser.add_argument('--clients-data-weight', type=float, default=None, nargs='+')
parser.add_argument('--clip-bound', type=float, default=None)
parser.add_argument('--noise-multiplier', type=float, default=None)
parser.add_argument('--not-test-client', '-ntc', action='store_true', default=False)
# centralized setting
parser.add_argument('--dataset', '-d', type=str, default='ixi', choices=['ixi', 'brats2021'])
parser.add_argument('--model', '-m', type=str, default='cyclegan', choices=['cyclegan', 'munit', 'unit'])
parser.add_argument('--source-domain', '-s', default='pd', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--target-domain', '-t', default='t2', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--data-path', '-dp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--valid-path', '-vp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--data_mode', '-dm', type=str, default='mixed', choices=['mixed', 'paired', 'unpaired'])
parser.add_argument('--data-paired-weight', '-dpw', type=float, default=0.5, choices=[0., 0.1, 0.3, 0.5, 1.])
parser.add_argument('--gpu-id', '-g', type=str, default=None)
parser.add_argument('--num-epoch', type=int, default=3)
parser.add_argument('--debug', action='store_true', default=None)
parser.add_argument('--batch-size', type=int, default=None)
parser.add_argument('--diff-privacy', action='store_true', default=None)
parser.add_argument('--identity', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--reg-gan', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--fid', action='store_true', default=True)
parser.add_argument('--auxiliary-rotation', '-ar', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--auxiliary-translation', '-at', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--auxiliary-scaling', '-as', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--noise-level', '-nl', type=int, default=None, choices=[0, 1, 2, 3, 4, 5])
parser.add_argument('--noise-type', '-nt', type=str, default=None, choices=['normal', 'slight', 'severe'])
# input noise augmentation method
parser.add_argument('--severe-rotation', '-sr', type=float, default=None, choices=[15, 30, 45, 60, 90, 180])
parser.add_argument('--severe-translation', '-st', type=float, default=None, choices=[0.09, 0.1, 0.11])
parser.add_argument('--severe-scaling', '-sc', type=float, default=None, choices=[0.9, 1.1, 1.2])
parser.add_argument('--num-augmentation', '-na', type=str, default=None, choices=['four', 'one', 'two'])
parser.add_argument('--save-model', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--load-model', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--load-model-dir', type=str, default=None)
parser.add_argument('--plot-distribution', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--save-img', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--num-img-save', type=int, default=None)
parser.add_argument('--single-img-infer', action="store_true", default=True)
# self-supervised augmentation
parser.add_argument('--angle-list', nargs='+', type=float, default=None)
parser.add_argument('--translation-list', nargs='+', type=float, default=None)
parser.add_argument('--scaling-list', nargs='+', type=float, default=None)
# contraD
parser.add_argument('--contraD', '-cd', action='store_true', default=False)
#parser.add_argument('--warmup', action='store_true', default=True)
#parser.add_argument('--std-flag', action='store_true', default=False)
#parser.add_argument('--temp', default=0.1, type=float, help='Temperature hyperparameter for contrastive losses')
parser.add_argument('--weight-simclr-loss', type=float)
parser.add_argument('--weight-supercon-loss', type=float)
args = parser.parse_args()
return args
def parse_arguments_centralized():
parser = argparse.ArgumentParser()
parser.add_argument('--dataset', '-d', type=str, default='ixi', choices=['ixi', 'brats2021'])
parser.add_argument('--model', '-m', type=str, default='cyclegan', choices=['cyclegan', 'munit', 'unit'])
parser.add_argument('--source-domain', '-s', default='pd', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--target-domain', '-t', default='t2', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--data-path', '-dp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--valid-path', '-vp', type=str, default=None)
parser.add_argument('--data_mode', '-dm', type=str, default='mixed', choices=['mixed', 'paired', 'unpaired'])
parser.add_argument('--data-paired-weight', '-dpw', type=float, default=0.5, choices=[0., 0.1, 0.3, 0.5, 1.])
parser.add_argument('--gpu-id', '-g', type=str, default=None)
parser.add_argument('--num-epoch', type=int, default=30)
parser.add_argument('--debug', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--diff-privacy', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--identity', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--reg-gan', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--fid', action='store_true', default=True)
# FedMed-ATL
parser.add_argument('--atl', action='store_true', default=None, help='indicate whether the atl flag is true or not')
parser.add_argument('--auxiliary-rotation', '-ar', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--auxiliary-translation', '-at', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--auxiliary-scaling', '-as', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--noise-level', '-nl', type=int, default=None, choices=[0, 1, 2, 3, 4, 5])
parser.add_argument('--noise-type', '-nt', type=str, default=None, choices=['normal', 'slight', 'severe'])
# input noise augmentation method
parser.add_argument('--severe-rotation', '-sr', type=float, default=None, choices=[15, 30, 45, 60, 90, 180])
parser.add_argument('--severe-translation', '-st', type=float, default=None, choices=[0.09, 0.1, 0.11])
parser.add_argument('--severe-scaling', '-sc', type=float, default=None, choices=[0.9, 1.1, 1.2])
# self-supervised augmentation
parser.add_argument('--angle-list', nargs='+', type=float, default=None)
parser.add_argument('--translation-list', nargs='+', type=float, default=None)
parser.add_argument('--scaling-list', nargs='+', type=float, default=None)
parser.add_argument('--num-augmentation', '-na', type=str, default=None, choices=['four', 'one', 'two'])
parser.add_argument('--plot-distribution', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--save-model', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--load-model', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--load-model-dir', type=str, default=None)
parser.add_argument('--save-img', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--num-img-save', type=int, default=None)
parser.add_argument('--single-img-infer', action='store_true', default=True)
# contraD
parser.add_argument('--contraD', '-cd', action='store_true', default=False)
#parser.add_argument('--warmup', action='store_true', default=False)
#parser.add_argument('--std-flag', action='store_true', default=False)
parser.add_argument('--temp', default=None, type=float, help='Temperature hyperparameter for contrastive losses')
parser.add_argument('--weight-simclr-loss', type=float)
parser.add_argument('--weight-supercon-loss', type=float)
args = parser.parse_args()
return args
def parse_arguments_fid_stats():
parser = argparse.ArgumentParser("Pre-Calculate Statistics of Images")
parser.add_argument('--fid-dir', default='./fid_stats', type=str, help='the output path for statistics storage')
parser.add_argument('--batch-size', type=int, default=50, help='the batchsize for InceptionNetV3')
parser.add_argument('--dataset', '-d', type=str, default='brats2021', choices=['ixi', 'brats2021'])
parser.add_argument('--gpu-id', '-g', type=str, default=None)
parser.add_argument('--source-domain', '-s', default='t1', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--target-domain', '-t', default='t2', choices=['t1', 't2', 'pd', 'flair'])
parser.add_argument('--data-path', type=str, default=None)
parser.add_argument('--valid-path', type=str, default=None)
args = parser.parse_args()
return args