diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 1c903ea8..c6660603 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -1,7 +1,7 @@ Package: NMdata Type: Package Title: Preparation, Checking and Post-Processing Data for PK/PD Modeling -Version: 0.1.6.913 +Version: 0.1.6.914 Authors@R: c(person(given="Philip", family="Delff", email = "philip@delff.dk", @@ -23,6 +23,7 @@ Suggests: testthat, knitr, NMsim, + NMcalc, formatR, mime, rmarkdown, diff --git a/tests/testthat/test_NMdataConf.R b/tests/testthat/test_NMdataConf.R index 6bc0b733..c4ea4ea6 100644 --- a/tests/testthat/test_NMdataConf.R +++ b/tests/testthat/test_NMdataConf.R @@ -2,18 +2,24 @@ context("NMdataConf") NMdataConf(reset=TRUE) +dropFuns <- function(x){ + x$as.fun <- NULL + x$file.mod <- NULL + x$file.cov <- NULL + x$file.ext <- NULL + x$file.phi <- NULL + x$file.shk <- NULL + x$modelname <- NULL + x +} + test_that("defaults",{ fileRef <- "testReference/NMdataConf_01.rds" ## ref <- readRDS(fileRef) defaults <- NMdataConf() - defaults$as.fun <- NULL - defaults$file.mod <- NULL - defaults$file.cov <- NULL - defaults$file.ext <- NULL - defaults$file.phi <- NULL - defaults$modelname <- NULL + defaults <- dropFuns(defaults) expect_equal_to_reference(defaults,fileRef) @@ -28,18 +34,22 @@ test_that("reset",{ NMdataConf(reset=TRUE) defaults2 <- NMdataConf() - defaults$as.fun <- NULL - defaults$file.mod <- NULL - defaults$file.cov <- NULL - defaults$file.ext <- NULL - defaults$file.phi <- NULL - defaults$modelname <- NULL - defaults2$as.fun <- NULL - defaults2$file.mod <- NULL - defaults2$file.cov <- NULL - defaults2$file.ext <- NULL - defaults2$file.phi <- NULL - defaults2$modelname <- NULL + defaults <- dropFuns(defaults) + defaults2 <- dropFuns(defaults2) + ## defaults$as.fun <- NULL + ## defaults$file.mod <- NULL + ## defaults$file.cov <- NULL + ## defaults$file.ext <- NULL + ## defaults$file.phi <- NULL + ## defaults$file.shk <- NULL + ## defaults$modelname <- NULL + ## defaults2$as.fun <- NULL + ## defaults2$file.mod <- NULL + ## defaults2$file.cov <- NULL + ## defaults2$file.ext <- NULL + ## defaults2$file.phi <- NULL + ## defaults2$file.shk <- NULL + ## defaults2$modelname <- NULL expect_equal(defaults,defaults2) @@ -83,19 +93,23 @@ test_that("change fun in globalenv does not affect NMdataConf()",{ afun <- class defaults2 <- NMdataConf() - defaults$as.fun <- NULL - defaults$file.mod <- NULL - defaults$file.cov <- NULL - defaults$file.ext <- NULL - defaults$file.phi <- NULL - defaults$modelname <- NULL - defaults2$as.fun <- NULL - defaults2$file.mod <- NULL - defaults2$file.cov <- NULL - defaults2$file.ext <- NULL - defaults2$file.phi <- NULL - defaults2$modelname <- NULL + defaults <- dropFuns(defaults) + defaults2 <- dropFuns(defaults2) + ## defaults$as.fun <- NULL + ## defaults$file.mod <- NULL + ## defaults$file.cov <- NULL + ## defaults$file.ext <- NULL + ## defaults$file.phi <- NULL + ## defaults$file.shk <- NULL + ## defaults$modelname <- NULL + ## defaults2$as.fun <- NULL + ## defaults2$file.mod <- NULL + ## defaults2$file.cov <- NULL + ## defaults2$file.ext <- NULL + ## defaults2$file.phi <- NULL + ## defaults2$file.shk <- NULL + ## defaults2$modelname <- NULL expect_equal(defaults,defaults2) }) @@ -126,19 +140,24 @@ test_that("change fun in globalenv does not affect NMdataConf()",{ afun <- class defaults2 <- NMdataConf() - defaults$as.fun <- NULL - defaults$file.mod <- NULL - defaults$file.cov <- NULL - defaults$file.ext <- NULL - defaults$file.phi <- NULL - defaults$modelname <- NULL - - defaults2$as.fun <- NULL - defaults2$file.mod <- NULL - defaults2$file.cov <- NULL - defaults2$file.ext <- NULL - defaults2$file.phi <- NULL - defaults2$modelname <- NULL + defaults <- dropFuns(defaults) + defaults2 <- dropFuns(defaults2) + + ## defaults$as.fun <- NULL + ## defaults$file.mod <- NULL + ## defaults$file.cov <- NULL + ## defaults$file.ext <- NULL + ## defaults$file.phi <- NULL + ## defaults$file.shk <- NULL + ## defaults$modelname <- NULL + + ## defaults2$as.fun <- NULL + ## defaults2$file.mod <- NULL + ## defaults2$file.cov <- NULL + ## defaults2$file.ext <- NULL + ## defaults2$file.phi <- NULL + ## defaults2$file.shk <- NULL + ## defaults2$modelname <- NULL expect_equal(defaults,defaults2) }) @@ -162,7 +181,6 @@ test_that("deprecated use.rds",{ new$file.phi <- NULL new$file.shk <- NULL new$modelname <- NULL - expect_equal_to_reference(new,fileRef) compareCols(readRDS(fileRef),new)