2.8.0 - Vaccinium myrtillus 🌿

Gestion de la base de données avec Alembic

⚠️ Avant de mettre à jour GeoNature, vérifiez que les modules que vous utilisez disposent d'une version compatible avec la 2.8.0, suite au passage à la version 3 de Marshmallow.

🚀 Nouveautés

• Support de Debian 11 / Python 3.9
• Passage de supervisor à systemd
• Gestion de la base de données et de ses évolutions avec Alembic (#880)
• Mise à jour de la procédure d’installation afin d’utiliser Alembic (#880)
• Révision et réorganisation des scripts et de la documentation d'installation
• Passage à la version 3 de Marshmallow (#1451)
• Suppression du paramètre ID_APP, celui-ci est automatiquement déterminé à partir de la base de données et du code de l’application
• Ajout d’un index sur le champs ref_geo.l_areas.id_area
• Mise à jour des dépendances :
  • TaxHub 1.9.0
  • UsersHub-authentification-module 1.5.6
  • Nomenclature-api-module 1.4.4
  • Habref-api-module 0.2.0
  • Utils-Flask-SQLAlchemy 0.2.4
  • Utils-Flask-SQLAlchemy-Geo 0.2.1

🐛 Corrections

• Corrections et améliorations des formulaires dynamiques et des champs additionnels
• Correction de l'envoi d'email lors de la récupération du mot de passe (#1471)
• Occtax : Correction du focus sur le champs "taxon" quand on enchaine les taxons (#1462)
• Occtax : Correction du formulaire de modification quand le relevé est une ligne ou un polygone (#1461)
• Occtax : Correction de la conservation de la date quand on enchaine les relevés (#1442)
• Occtax : Correction du paramètre d'export des champs additionnels (#1440)
• Synthèse : correction de la recherche par jeu de données (#1494)
• Correction de l'affichage des longues listes déroulantes dans les champs additionnels (#1442)
• Mise à jour de la table cor_area_synthese lors de l’ajout de nouvelles zones via un trigger sur la table l_areas (#1433)
• Correction de l'export PDF des fiches de métadonnées (#1449)
• Jeux de données : correction de l’affichage des imports sources
• Correction de la configuration Apache et de la gestion par flask d’un GeoNature accessible sur un préfix (e.g. /geonature) (#1463)
• Correction de la commande install_packaged_gn_module
• Correction des champs additionnels de type boutons radios (#1464 et #1472)
• Occtax : Correction du contrôle des heures quand on est sur 2 mois distincts (#1468)
• Suppression de nombreux identifiants en dur dans les scripts SQL de création de la BDD
• Correction du trigger d'Occtax vers la Synthèse pour le champs Comportement (#1469)
• Correction des fonctions get_default_nomenclature_value
• Correction du composant multiselect (#1488)
• Correction du script migrate.sh pour récupérer le fichier custom.scss depuis son nouvel emplacement (#1430)
• Correction du paramètre EXPORT_OBSERVERS_COL
• Métadonnées : Suppression en cascade sur les tables gn_meta.cor_dataset_territory et gn_meta.cor_dataset_protocol (#1452)
• Correction de la commande install_packaged_gn_module : rechargement des entry points après installation avec pip d’un module packagé
• Correction d’un bug lors de l’ajout d’un cadre d’acquisition

💻 Développement

• Mise à jour de plusieurs dépendances
• Packetage des modules fournis avec GeoNature
• L’utilisateur connecté est maintenant accessible via g.current_user
• Nettoyage et refactoring divers

⚠️ Notes de version

• Mettre à jour UsersHub en version 2.2.1 et TaxHub en version 1.9.0 (si vous les utilisez) en sautant leur étape de passage à Alembic (car la mise à jour de GeoNature se charge désormais de mettre à jour aussi les schémas taxonomie et utilisateurs)
• Suppression de supervisor :
  • Stopper GeoNature : sudo supervisorctl stop geonature2
  • Supprimer le fichier de configuration supervisor de GeoNature : sudo rm /etc/supervisor/conf.d/geonature-service.conf
  • Si supervisor n’est plus utilisé par aucun service (répertoire /etc/supervisor/conf.d/ vide), il peut être désinstallé (sudo apt remove supervisor)
• Suivre la procédure classique de mise à jour de GeoNature
• Passage à systemd :
  • Copier le fichier install/assets/geonature.service dans /etc/systemd/system/
  • Éditer /etc/systemd/system/geonature.service et remplacer les variables ${USER} (votre utilisateur linux courant) et ${BASE_DIR} (chemin absolu du répertoire de GeoNature) par les valeurs appropriées
  • Lancer la commande sudo systemctl daemon-reload
  • Pour démarrer GeoNature : sudo systemctl start geonature
  • Pour lancer GeoNature automatiquement au démarrage du serveur : sudo systemctl enable geonature
• Correction de la configuration Apache : si vous servez GeoNature sur un préfixe (typiquement /geonature/api), assurez vous que ce préfixe figure bien également à la fin des directives ProxyPass et ProxyPassReverse comme dans l’exemple suivant :

  <Location /geonature/api>
      ProxyPass http://127.0.0.1:8000/geonature/api
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/geonature/api
  </Location>
  

  Si vous servez GeoNature sur un sous-domaine, vérifiez ou modifiez la configuration Apache :

  <Location /api>
      ProxyPass http://127.0.0.1:8000/api
      ProxyPassReverse  http://127.0.0.1:8000/api
  </Location>
  

  Pensez à recharger Apache si vous êtes amené à en modifier la configuration : sudo systemctl reload apache2
• Passage à Alembic :
  • S’assurer d’avoir une base de données de GeoNature en version 2.7.5
  • Si vous avez UsersHub installé, ajoutez dans votre configuration GeoNature la section suivante (en adaptant le chemin) :

  [ALEMBIC]
  VERSION_LOCATIONS = '/path/to/usershub/app/migrations/versions'
  

  • Entrer dans le virtualenv afin d’avoir la commande geonature disponible : source backend/venv/bin/activate
  • Exécuter les commandes suivantes afin d’indiquer à Alembic l’état de votre base de données :

  geonature db stamp f06cc80cc8ba  # GeoNature 2.7.5
  geonature db stamp 0dfdbfbccd63  # référentiel géographique des communes
  geonature db stamp 3fdaa1805575  # référentiel géographique des départements
  geonature db stamp 586613e2faeb  # référentiel géographique des mailles 1×1
  geonature db stamp 7d6e98441e4c  # référentiel géographique des mailles 5×5
  geonature db stamp ede150d9afd9  # référentiel géographique des mailles 10×10
  geonature db stamp 1715cf31a75d  # MNT de l’IGN
  

  • Si vous aviez déjà installé certains modules, vous devez l’indiquer à Alembic :
    • Module Occtax : geonature db stamp f57107d2d0ad
    • Module Occhab : geonature db stamp 2984569d5df6
  • Mettre sa base de données à jour avec Alembic : geonature db autoupgrade

Pour plus d’information sur l’utilisation d’Alembic, voir la documentation administrateur de GeoNature.