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本書の脚注文献及び、ソフトウエアの入手先やデータベースなどのリンク集です。文献へのアクセスはDOIをクリックしてください。すべての参考文献は、本書の巻末をご参照ください。

Chapter1

  1. Gaussian社のHP：https://gaussian.com/

Chapter2

  1. Avogadro on rollApp：https://www.rollapp.com/app/avogadro

Chapter3

  1. A. K. Rappe, C. J. Casewit, K. S. Colwell, W. A. Goddard, W. M. Skiff, J Am. Chem. Soc. 114, 10024–10035, (1992), doi:10.1021/ja00051a040.
  2. A. R. Hoy, P. R. Bunker, J. Molecular Spectroscopy, 74, 1-8, (1979), doi:10.1016/0022-2852(79)90019-5.

Chapter4

  1. David C. Young. “Spin Contamination” http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/spin_cont.html, 20-FEB-2020.
  2. 日本化学会編, “実験科学講座 12”第五版, 丸善 (2004). 
  3. 常田貴夫, “密度汎関数法の基礎”, 講談社 (2012). 
  4. QCLDBⅡ：http://qcldb2.ims.ac.jp/

Chapter5.

Chapter6

  1. J. B. Foresman, Æ. Frisch 著, 田崎健三 訳，”電子構造論による化学の探究” 第二版, Gaussian Inc., Pittsburgh (1998).
  2. A. P. Scott, L. Radom, J. Phys. Chem. 100, 16502 (1996), doi:10.1021/jp960976r.
  3. NIST Chemistry WebBook. https://webbook.nist.gov/chemistry/
  4. CCCBDB. https://cccbdb.nist.gov/
  5. https://webbook.nist.gov/cgi/cbook.cgi?ID=C98862, NIST, 20-FEB-2020.

Chapter7

  1. Firefly related discussion club. http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/forum/discussion.html
  2. GAMESS - Google Groups. https://groups.google.com/forum/#!forum/gamess

Chapter8

  1. a) 福井謙一, “化学反応と電子の軌道”, 丸善 (1976). 
    b) 稲垣都士, 池田博隆, 山本尚, “フロンティア軌道論で理解する有機化学”, 化学同人 (2018). 
  2. I.Fleming, “Frontier Orbitals and Organic Reactions”, John Wiley (1976). [竹内敬人, 友田修司訳, “フロンティア軌道法入門”, 講談社 (1978).] 
  3. https://ja.wikipedia.org/wiki/有機電子論, Wikipedia, 20-FEB-2020.
  4. 山口達明, “有機化学の理論 学生の質問に答えるノート”, 三共出版 (2013). 

Chapter9

  1. T. Kar, A. B. Sannigrahi, J. Mol. Struct. THEOCHEM. 165, 47-54 (1988), doi:10.1016/0166-1280(88)87005-2.
  2. F. Martin, H. Zipse, J. Comp. Chem. 26, 97-105 (2005), doi:10.1002/jcc.20157.
  3. A. E. Reed, R.B. Weinstock, F. Weinhold, J. Chem. Phys. 83, 735-746 (1985), doi:10.1063/1.449486.
  4. J. D. Rawn, R. J. Ouellette, “Organic Chemistry: Structure, Mechanism, Synthesis” Academic Press (2018). 
  5. T. N. Sarachman, J. Chem. Phys. 49, 3146 (1968), doi:10.1063/1.1670562.

Chapter10

  1. Mark S. Gordon, Jan H. Jensen, Acc. Chem. Res. 29, 536 (1996), doi:10.1021/ar9600594.
  2. N. R. Kestner, J. E. Combariza "Reviews in Computational Chemistry" 13, 99-132, (1999), doi:10.1002/9780470125908.ch2.
  3. S. F. Boys, F. Bernardi, Mol. Phys. 19, 553 (1970), doi:10.1080/00268977000101561.
  4. S. Simon, M. Duran, J. J. Dannenberg, J. Chem. Phys. 105, 11024 (1996), doi:10.1063/1.472902.
  5. Thomas A. Halgren, J. Comp. Chem. 17, 490-519 (1996), doi:10.1002/(SICI)1096-987X(199604)17:5/6<490::AID-JCC1>3.0.CO;2-P.
  6. K. Kitaura, K. Morokuma, Int. J. Quantum Chem. 10, 325 (1976), doi:10.1002/qua.560100211.
  7. 都築誠二, “有機分子の分子間力: Ab initio 分子軌道法による分子間相互作用エネルギーの解析”, 東京大学出版会 (2015). 

Chapter11

  1. Jacopo Tomasi, Benedetta Mennucci, Roberto Cammi, Chem. Rev. 105, 2999-3094 (2005), doi:10.1021/cr9904009.
  2. S. Cabani, P. Gianni, V. Mollica, L. Lepori, J. Solution Chem. 10, 563 (1981), doi:10.1007/BF00646936.

Chapter12

  1. 堀憲次, 山口徹. 化学反応遷移状態計算方法. 特許第4324680号. 2009-09-02.

Chapter13

No footnotes.

Chapter14

  1. C. Li, P. Ross, J. E. Szulejko, and T. B. McMahon, J. Am. Chem. Soc. 118, 9360 (1996), doi:10.1021/ja960565o.

Chapter15

  1. W. J. Hehre, R. Ditchfield, L. Radom, J. A. Pople, J. Am. Chem. Soc. 92, 4796 (1970), doi:10.1021/ja00719a006.
  2. S. E. Wheeler, K. N. Houk, P. v. R. Schleyer, W. D. Allen, J. Am. Chem. Soc. 131, 2547 (2009), doi:10.1021/ja805843n.
  3. K. B. Wiberg, C. M. Hadad, P. R. Rablen, J. Cioslowski, J. Am. Chem. Soc. 114, 8644 (1992), doi:10.1021/ja00048a044.
  4. 日本化学会編, “実験科学講座 12”第五版, 丸善 (2004). 
  5. Y. Zhao, D. G. Truhlar, Theor Chem Account 120, 215–241 (2008), doi:10.1007/s00214-007-0310-x.
  6. Harold Booth, Jeremy R. Everett, J. Chem. Soc., Perkin Trans. 2, 255 (1980), doi:10.1039/P29800000255.
  7. Alfred Karpfen, Cheol Ho Choi, Miklos Kertesz, J. Phys. Chem. A, 101, 7426 (1997), doi:10.1021/jp971606l.
  8. B. W. McCann, Stuart McFarl, Orlando Acevedo, J. Phys. Chem. A, 119, 8724 (2015), doi:10.1021/acs.jpca.5b04116.
  9. Johnson R. D. III: NIST Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database, NIST Standard Reference Database Number 101 Release 20, August 2019, http://cccbdb.nist.gov/, 20-FEB-2020.
  10. A. Granovsky. “Density Functional Theory”, http://classic.chem.msu.su/gran/gamess/DFT_and_DFT-D.pdf, 20-FEB-2020.
  11. NIST. https://webbook.nist.gov/chemistry/
  12. H. P. Ebrahimi, H. Shaghaghi, M. Tafazzoli, Concepts Magn Reson Part A, 38, 269 (2011), doi:10.1002/cmr.a.20227.
  13. Kim K. Baldridge, Jay S. Siegel, J. Phys. Chem. A, 103, 4038 (1999), doi:10.1021/jp990523x.
  14. J. R. Cheeseman, G. W. Trucks, T. A. Keith, M. J. Frisch, J. Chem. Phys. 104, 5497 (1996), doi:10.1063/1.471789.
  15. SDBSWeb: https://sdbs.db.aist.go.jp, AIST, 20-FEB-2020.
  16. J. A. N. F. Gomes, R. B. Mallion, Chem. Rev. 101 (5), 1349 (2001), doi:10.1021/cr990323h.

Chapter16

  1. David C. Young, “Computational Chemistry”, Wiley-Interscience (2001).
  2. David C. Young, “Dave Young's Chemical Topics”, http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/, 20-FEB-2020.
  3. A. Granovsky, "Firefly 8.2.0 Full Manual", Version 2016-09-15, pp. 72-73.
  4. M. J. S. Dewar, E. G. Zoebisch, and E. F. Healy, J. Am. Chem. Soc. 107, 3902 (1985), doi:10.1021/ja00299a024.
  5. J. J. P. Stewart, J. Comp. Chem. 10, 209, 211 (1989), doi:10.1002/jcc.540100208.
  6. Stewart Computational Chemistry-MOPAC Home Page. http://openmopac.net/