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nnUNet_README.md

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如何使用nnUNet跑二维MRI

教程参考

  • （四：2020.07.28）nnUNet最舒服的训练教程（让我的奶奶也会用nnUNet（上））（21.04.20更新） https://blog.csdn.net/weixin_42061636/article/details/107623757
  • 保姆级教程：nnUnet在2维图像的训练和测试 https://blog.csdn.net/minervazhaojie/article/details/112061000
  • （十七：2020.09.10）nnUNet最全问题收录（9.10更新） https://blog.csdn.net/weixin_42061636/article/details/108520695

步骤

  • 安装hiddenlayer（用来生成什么网络拓扑图？管他呢，装吧）
pip install --upgrade git+https://github.com/nanohanno/hiddenlayer.git@bugfix/get_trace_graph#egg=hiddenlayer
  • 安装nnUNet
git clone https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet.git
cd nnUNet
pip install -e .
  • 找到.bashrc,写入
export nnUNet_raw_data_base="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_raw"
export nnUNet_preprocessed="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_preprocessed"
export RESULTS_FOLDER="/home/qiao/nnUNetFrame/DATASET/nnUNet_trained_models"
  • 更新刚才写入的.bashrc
source .bashrc
  • 创建一堆文件夹
nnUNetFrame
    ├──DATASET
    ├── dataset.json
    ├── imagesTr
    │   ├── Case100_10_0000.nii.gz
    │   ├── Case100_11_0000.nii.gz
    │   ├── ...
    ├── imagesTs
    │   ├── Case161_10_0000.nii.gz
    │   ├── Case161_11_0000.nii.gz
    │   ├── ...
    └── labelsTr
  • 下载开源数据集(建议04,最小)，我使用自己的，因此需要照着改 https://drive.google.com/drive/folders/1HqEgzS8BV2c7xYNrZdEAnrHk7osJJ--2
    • 修改labels,numTraining,numTest
    • Task后面的id,必须是三位数
    • 在dataset.json中修改:
      • "training":[{"image":"./imagesTr/Case100_1.nii.gz","label":"./labelsTr/Case100_1.nii.gz"},...]
      • "test":["./imagesTs/Case161_1.nii.gz",...]
    • 注意:
      • 对于文件:imagesTr和imagesTs需要加上_0000.nii.gz,labelsTr不需要加，但是要和imagesTr名字对应
      • 对于dataset.json:都不需要加_0000
nnUNet_raw_data_base/nnUNet_raw_data/Task058_Spine
├── dataset.json
├── imagesTr
│   ├── Case100_10_0000.nii.gz
│   ├── Case100_11_0000.nii.gz
│   ├── ...
├── imagesTs
│   ├── Case161_10_0000.nii.gz
│   ├── Case161_11_0000.nii.gz
│   ├── ...
└── labelsTr
    ├── Case100_1.nii.gz
    ├── Case100_10.nii.gz
    ├── ...
  • verify数据集 & Run
nnUNet_plan_and_preprocess -t 058 -pl3d None --verify_dataset_integrity
nnUNet_train 2d nnUNetTrainerV2 058 all
nohup nnUNet_train 2d nnUNetTrainerV2 058 all > runlog.txt 2>&1 &