一对多个GO.md

借用一个例子 https://zhuanlan.zhihu.com/p/27792447

rm(list = ls()) GO_test <- read.table(file.choose(),sep = "\t" ,header = F)

GO_test <- read.table(”1.txt“,sep = "\t" ,header = F)

1、 得到包含list中个数的数据框

添加第二列中每一行所含有的个数

GO_list <- strsplit(as.vector(GO_test$V2)," ") ## 将第二列的字符串按空格切割变成list

length(GO_list[[1]]) ## 查看第一个list中的个数 GO_length <- c() ## 创建一个空的向量

for (i in 1:length(GO_list)) { GO_length[i] <- length(GO_list[[i]]) } ## 计算出每一个list的长度

GO_test$length <- GO_length ## 将长度添加到GO_test表中

2、 times <- as.numeric(GO_test$length) gene_ID <- rep( as.vector(GO_test[,1]),times) #得到gene ID GO_ID<- data.frame(matrix(unlist(GO_list), byrow=T),stringsAsFactors=FALSE) ##得到GO号 data.frame(gene_ID = gene_ID,GO_ID = GO_ID) -> gene_GO_ID # 合并

3、 colnames(gene_GO_ID) <- c("gene_ID","GO_ID")