逐步指导训练 Yolo-v5 和 do 推断(来自 ultralytics )对血细胞进行计数和定位。
我清楚地记得,我试图使用 Yolo v3-v4 制作一个对象检测模型,以计数显微血液涂抹图像上的 RBC、WBC 和血小板,但我无法获得我想要的精确度,并且该模型从未投入生产。
最近我看到了 Ultralytics 发布的 Yolo-v5 模型,它是使用 PyTorch 构建的。由于我以前的失败,我开始有点怀疑,但在阅读了他们 Github repo 中的手册后,我这次非常有信心,我想尝试一下。
而且效果很好,Yolo-v5 很容易训练,也很容易推断。
所以这篇文章总结了我在血细胞计数数据集上使用 Yolo-v5 模型的实践经验。让我们开始吧。
Ultralytics 最近推出了 Yolo-v5。暂时来说,Yolo 的前三个版本是由 Joseph Redmon 创作的。但是新版本比其他版本具有更高的平均精度和更快的推理时间。除此之外,它建立在 PyTorch 之上,使得训练和推理过程非常快,结果非常好。
来源:Ultralytics
所以让我们来分解一下我们训练过程中的步骤。
- 数据—预处理(兼容 Yolo-V5)
- 模型—培训
- 推论
如果你想同时跟进,打开这些笔记本,
Google Colab 笔记本—训练和验证: 链接
Google Colab 笔记本—推理: 链接
我使用了在 Github中可用的数据集 BCCD 数据集,该数据集具有血液涂抹的显微图像,其相应的边界框注释在 XML 文件中可用。
**Dataset Structure:**- BCCD
- Annotations
- [BloodImage_00000.xml](https://github.com/Shenggan/BCCD_Dataset/blob/master/BCCD/Annotations/BloodImage_00000.xml)
- [BloodImage_00001.xml](https://github.com/Shenggan/BCCD_Dataset/blob/master/BCCD/Annotations/BloodImage_00001.xml)
...- JpegImages
- [BloodImage_00001.](https://github.com/Shenggan/BCCD_Dataset/blob/master/BCCD/Annotations/BloodImage_00001.xml)jpg
- [BloodImage_00001.jpg](https://github.com/Shenggan/BCCD_Dataset/blob/master/BCCD/JPEGImages/BloodImage_00001.jpg)
...
样本图像及其注释:
样本输入图像
中的标签。XML 文件
当将注释值映射为图像中的边界框时,
但是为了训练 Yolo-v5 模型,我们需要组织我们的数据集结构,并且它需要图像(。jpg/。png 等。,)及其在中的对应标签。txt 格式。
**Yolo-v5 Dataset Structure:**- BCCD
- Images
- Train (.jpg files)
- Valid (.jpg files)- Labels
- Train (.txt files)
- Valid (.txt files)
然后是。txt 文件应该是:
的结构。txt 文件:
-每个对象一行。
-每一行都是 x_center y_center 宽度高度类格式。
-框坐标必须是标准化的 xywh 格式(从 0 到 1)。如果你的框是以像素为单位,用 x 中心和宽度除以图像宽度,用 y 中心和高度除以图像高度。
-类号是零索引的(从 0 开始)。
具有类别 1 (RBC)和类别 2 (WBC)以及它们的 x_center、y_center、width、height(全部归一化为 0-1)的标签示例如下所示。
# class x_center y_center width height #
1 0.718 0.829 0.143 0.193
2 0.318 0.256 0.150 0.180
...
labels.txt 示例
因此,让我们看看如何在上面指定的结构中预处理我们的数据。
我们的第一步应该是解析所有 XML 文件中的数据,并将它们存储在数据框架中以供进一步处理。因此,我们运行下面的代码来完成它。
数据帧应该是这样的,
保存这个文件后,我们需要进行修改,将它们转换成 Yolo-v5 兼容的格式。
**REQUIRED DATAFRAME STRUCTURE**- filename : contains the name of the image- cell_type: denotes the type of the cell- xmin: x-coordinate of the bottom left part of the image- xmax: x-coordinate of the top right part of the image- ymin: y-coordinate of the bottom left part of the image- ymax: y-coordinate of the top right part of the image- labels : Encoded cell-type **(Yolo - label input-1)**- width : width of that bbox- height : height of that bbox- x_center : bbox center (x-axis)- y_center : bbox center (y-axis)- x_center_norm : x_center normalized (0-1) **(Yolo - label input-2)**- y_center_norm : y_center normalized (0-1) **(Yolo - label input-3)**- width_norm : width normalized (0-1) (**Yolo - label input-4)**- height_norm : height normalized (0-1) **(Yolo - label input-5)**
我已经编写了一些代码,将我们现有的数据框转换成上面代码片段中指定的结构。
经过预处理后,我们的数据框看起来像这样,这里我们可以看到单个图像文件存在许多行(例如 BloodImage_0000.jpg),现在我们需要收集该单个图像文件的所有(标签,x_center_norm,y_center_norm,width_norm,height_norm )值,并将其保存为. txt 文件。
预处理的数据帧
现在,我们将数据集分为训练和验证,并保存相应的图像,然后对其进行标记。txt 文件。为此,我写了一小段代码。
运行代码后,我们应该有了预期的文件夹结构,并准备好训练模型。
No. of Training images 364
No. of Training labels 364No. of valid images 270
No. of valid labels 270&&- BCCD
- Images
- Train (364 .jpg files)
- Valid (270 .jpg files)- Labels
- Train (364 .txt files)
- Valid (270 .txt files)
数据预处理结束。
为了开始训练过程,我们需要克隆官方的 Yolo-v5 的权重和配置文件。这里有。
然后安装他们在 requirements.txt 文件中指定的所需包。
Yolov5 结构
bcc.yaml :
现在我们需要创建一个 Yaml 文件,其中包含训练和验证的目录、类的数量及其标签名称。稍后我们需要移动。yaml 文件复制到我们克隆的 yolov5 目录中。
## Contents inside the .yaml filetrain: /content/bcc/images/train
val: /content/bcc/images/validnc: 3
names: ['Platelets', 'RBC', 'WBC']
车型— YAML :
现在我们需要从中选择一个型号(小、中、大、xlarge)。/models 文件夹。
下图描述了各种特征,如参数数量等。,适用于可用型号。您可以根据手头任务的复杂性选择任何模型,默认情况下,它们都可以作为。来自克隆存储库的模型文件夹中的 yaml 文件
Ultralytics 的 Yolo 模型参数
模型的 YAML 文件 x 4
现在我们需要编辑*。我们选择的模型的 yaml 文件。我们只需要替换我们案例中的类的数量,以匹配模型的 YAML 文件中的类的数量。为了简单起见,我选择 yolov5s.yaml 来加快处理速度。
## parametersnc: 3 # number of classesdepth_multiple: 0.33 # model depth multiplewidth_multiple: 0.50 # layer channel multiple# anchors
anchors:
- [10,13, 16,30, 33,23] # P3/8
- [30,61, 62,45, 59,119] # P4/16
...............
注意:如果我们没有替换模型的 YAML 文件中的 nc(我替换了),这一步不是强制性的,它会自动覆盖我们之前创建的 nc 值(bcc.yaml),并且在训练模型时,您会看到这一行,它确认我们不必改变它。
谓压倒一切。/yolov 5/models/yolov 5s . YAML NC = 80 带 nc=3"
我们需要配置训练参数,如时期数、批量大小等。,
**Training Parameters** !python
- <'location of train.py file'>
- --img <'width of image'>
- --batch <'batch size'>
- --epochs <'no of epochs'>
- --data <'location of the .yaml file'>
- --cfg <'Which yolo configuration you want'>(yolov5s/yolov5m/yolov5l/yolov5x).yaml | (small, medium, large, xlarge)
- --name <'Name of the best model to save after training'>
此外,如果我们愿意,我们可以在 tensorboard 中查看日志。
这将启动培训过程,需要一段时间才能完成。
我贴出一些我训练过程的摘录,
培训过程摘录
培训过程摘录
**METRICS FROM TRAINING PROCESS****No.of classes, No.of images, No.of targets, Precision (P), Recall (R), mean Average Precision (map)**- Class | Images | Targets | P | R | mAP@.5 | mAP@.5:.95: |- all | 270 | 489 | 0.0899 | 0.827 | 0.0879 | 0.0551
因此,从 P(精度)、R(召回)和 mAP(平均精度)的值,我们可以知道我们的模型做得好不好。尽管我只训练了 100 个纪元的模型,但性能还是很好的。
张量板可视化
模特训练结束。
现在是检验我们模型的激动人心的时刻,看看它是如何做出预测的。但是我们需要遵循一些简单的步骤。
**Inference Parameters**!python
- <'location of detect.py file'>
- --source <'location of image/ folder to predict'>
- --weight <'location of the saved best weights'>
- --output <'location to store the outputs after prediction'>
- --img-size <'Image size of the trained model'>(Optional)- --conf-thres <"default=0.4", 'object confidence threshold')>
- --iou-thres <"default=0.5" , 'threshold for NMS')>
- --device <'cuda device or cpu')>
- --view-img <'display results')>
- --save-txt <'saves the bbox co-ordinates results to *.txt')>
- --classes <'filter by class: --class 0, or --class 0 2 3')>## And there are other more customization availble, check them in the detect.py file. ##
运行以下代码,对文件夹/图像进行预测。
效果不错,一些摘录。
样本输出
样本输出
为了以防万一,假设您正在进行人脸检测和人脸识别,并希望将您的过程向前推进一步,假设您希望使用 opencv 使用 bbox 坐标裁剪人脸,并将它们发送到人脸识别管道中,在这种情况下,我们不仅需要如上图所示的输出,还需要每个人脸的坐标。那么有什么办法呢?答案是肯定的,跟着读。
(我只是用人脸检测和识别作为例子,Yolo-V5 也可以用来做)
此外,我们可以将输出保存到一个. txt 文件,其中包含一些输入图像的 bbox 坐标。
# class x_center_norm y_center_norm width_norm height_norm #
1 0.718 0.829 0.143 0.193
...
运行下面的代码,获取输出。txt 文件,
成功运行代码后,我们可以看到输出存储在这里的推理文件夹中,
输出标签
很好,现在输出在。txt 文件的格式,
**[ class x_center_norm y_center_norm width_norm height_norm ]** "we need to convert it to the form specified below" **[ class, x_min, y_min, width, height ]**
【class,X_center_norm,y_center_norm,Width_norm,Height_norm】,我们需要把这个转换成→【class,x_min,y_min,Width,Height】,(也是非规格化的)以便于绘图。
为此,只需运行下面执行上述转换的代码。
然后输出的打印图像看起来像这样,伟大的不是。
前面代码的输出
为了以防万一,如果您希望将模型转移到产品中或者部署到任何地方,您必须遵循这些步骤。
首先,安装运行 yolov5 的依赖项,我们需要 yolov5 文件夹中的一些文件,并将它们添加到 python 系统路径目录中以加载 utils。所以把它们复制到你需要的地方,然后移动到你需要的地方。
所以在下面的图-1 中,我已经把一些文件夹和文件打包了,你可以下载它们并把它们保存在一个单独的文件夹中,就像图-2 一样。
图片-1
图片-2 生产中加载的必要文件。
现在我们需要告诉 python 编译器把上面的文件夹位置考虑进去,这样当我们运行我们的程序时,它将在运行时加载模型和函数。
在下面的代码片段中,在第 9 行,我添加了 sys.path…命令,在其中,我指定了我将这些文件移动到的文件夹位置,您可以用您的替换它。
然后启动这些代码开始预测。
生产产量
这篇文章到此结束。我希望你对如何在其他数据集上训练 Yolo-v5 有所了解。如果你在训练和推理中遇到任何困难,请在评论中告诉我。
要详细了解 Yolo-v5,查看官方 Github repo。
我已经在 Colab 笔记本上训练了整个密件抄送模型,如果你想看一看的话,可以在下面的链接中找到。
Google Colab 笔记本—训练与验证: 链接
Google Colab 笔记本—推理: 链接
所有其他支持文件和笔记本也可以在我的 GitHub repo 这里:https://GitHub . com/Bala-codes/Yolo-V5 _ Object _ Detection _ Blood _ Cell _ Count _ and _ Detection
还可以在这里查看 neptune.ai 的最新博客-YOLO 物体探测:动手教程
在那之前,下次见。
文章作者:
BALAKRISHNAKUMAR V