diff --git a/docs/manual_zh.md b/docs/manual_zh.md index bdf3f6c..e2b33cc 100644 --- a/docs/manual_zh.md +++ b/docs/manual_zh.md @@ -402,6 +402,9 @@ Options: ├── xxx_yyy_qtlseqr_raw_region.txt ├── xxx_yyy_qtlseqr_filter_region.txt ├── xxx_yyy_qtlseqr_filter_snpinfo.txt +├── xxx_yyy_qtlseqr_filter_indelinfo.txt +├── xxx_yyy_qtlseqr_filter_snp.bed +├── xxx_yyy_qtlseqr_filter_indel.bed ├── xxx_yyy_qtlseqr_SNPcounts_line.pdf ├── xxx_yyy_qtlseqr_SNPcounts_point.pdf ├── xxx_yyy_qtlseqr_SNPindex_line.pdf @@ -415,6 +418,9 @@ Options: - `xxx_yyy_qtlseqr_raw_region.txt` QTLseqr 通过 Delta SNPindex 分析得到的原始定位区间结果信息 - `xxx_yyy_qtlseqr_filter_region.txt` 通过筛选的高可信度定位区间信息 - `xxx_yyy_qtlseqr_filter_snpinfo.txt` 高可信度定位区间内的 SNP 信息 +- `xxx_yyy_qtlseqr_filter_indelinfo.txt` 高可信度定位区间内的 INDEL 信息 +- `xxx_yyy_qtlseqr_filter_snp.bed` 高可信度定位区间内的 SNP bed 格式文件,可以使用该文件在 Triti-Map 在线分析平台进行注释 +- `xxx_yyy_qtlseqr_filter_indel.bed` 高可信度定位区间内的 INDEL bed 格式文件 - `*.pdf` pdf 文件为分析结果可视化展示,包括所有染色体 Delta SNPindex 和 snp counts 图,每个高可信度定位区间的 Delta SNPindex 图 ### 序列组装模块的主要结果文件 diff --git a/tritimap_env.yaml b/tritimap_env.yaml index ae5ff08..955bbd8 100644 --- a/tritimap_env.yaml +++ b/tritimap_env.yaml @@ -13,7 +13,7 @@ dependencies: - fastp>=0.20.1 - bioawk - blast >=2.5.0 - - bedops >=2.4.39 + - bedops - bwa-mem2=2.2.1 - samtools=1.12 - seqkit>=0.15.0