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DELLA VEDOVA GIANLUCA -- CV

Professore Associato-Confermato (SSD INF/01 - Informatica)

Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Comunicazione

Università degli Studi di Milano-Bicocca

Ruoli

10/2012-oggi : Professore Associato, Dip. Informatica, Sistemistica e Comunicazioni, Università degli Studi di Milano–Bicocca.

10/2005-09/2012 : Professore Associato, Facoltà di Scienze Statistiche, Università degli Studi di Milano–Bicocca.

05/2001-09/2005 : Ricercatore, Facoltà di Scienze Statistiche, Università degli Studi di Milano–Bicocca.

Abilitazione

08/2018-oggi : Abilitazione a Professore di I fascia, settore concorsuale 01/B1.

Titoli di studio

2001 : Dottorato di Ricerca in Informatica; Università degli Studi di Milano

Tesi: "Multiple Sequence Alignment and Phylogenetic Reconstruction: Theory and Methods in Biological Data Analysis". Advisors: Prof. Tao Jiang (UC Riverside), Prof. Giancarlo Mauri (Univ. Milano-Bicocca), Prof. Paola Bonizzoni (Univ. Milano-Bicocca).

1995 : Laurea in Scienze dell’Informazione; Università degli Studi di Milano.

Tesi: Algoritmi sequenziali e paralleli per la decomposizione di grafi.

Progetti di ricerca

Responsabile

2020-2023 : H2020-MSCA-RISE-2019 (importo Univ. Milano-Bicocca 197 800€) nell'ambito dell'azione Research Innovation Staff Exchange. Pan-genome Graph Algorithms and Data Integration (PANGAIA). In questo progetto, con coordinatore del progetto interno al mio laboratorio di ricerca, sono stato fra i principali estensori della proposta e sono il responsabile del WP5 Communication and Dissemination. Il progetto prevede la collaborazione fra 7 istituzioni beneficiarie (4 Università, 1 ente di ricerca e 2 aziende) di 6 nazioni europee e 4 partner in USA, Canada e Giappone.

2021-2024 : H2020-MSCA-ITN (importo Univ. Milano-Bicocca 261499,68€) nell'ambito dell'azione Innovative Training Network. ALgorithms for PAngenome Computational Analysis (ALPACA). In questo progetto ho la responsabilità di co-supervisionare un dottorando nel periodo 2021-2024. Il progetto vede 13 beneficiari (7 università, 5 enti di ricerca, 1 azienda) e 10 partner europei.

2013-2016 : Fondazione Cariplo 2013 Modulation of anti-cancer immune response by regulatory non-coding RNAs. Sono stato responsabile del WP bioinformatico. Il progetto prevedeva due unità: l'Istituto Nazionale di Genetica Molecolare e l'Univ. Milano-Bicocca. Il progetto mi ha portato ad essere responsabile Scientifico di due assegni di ricerca annuali e ho co-supervisionato le attività di un terzo assegno di ricerca annuale.

2011-2014 : MIUR/Regione Lombardia 2011 (importo Univ. Milano-Bicocca 199 991€). Piattaforma di Analisi TRaslazionale Integrata. In questo progetto sono stato il responsabile di tutti gli aspetti bioinformatici. Il progetto ha portato all'attivazione di un assegno di ricerca annuale (costo 23.000€) e 3 contratti di collaborazioni (ognuno di importo lordo al collaboratore fra 10.000€ e 12.000€). Ho co-supervisionato le attività relative all'assegno di ricerca, e sono stato unico responsabile scientifico delle attività relative ai contratti di collaborazione.

2016 : Fondo di Ateneo 2016 (12 490€). Modelli computazionali e algoritmi: aspetti teorici e sperimentali, con applicazioni alla Bioinformatica. Responsabile del progetto.

2015 : Fondo di Ateneo 2015 (10 980€). Algoritmi combinatori e modelli di calcolo: aspetti teorici e applicazioni in Bioinformatica. Responsabile del progetto.

2014 : Fondo di Ateneo 2014 (12 186€). Algoritmi e modelli computazionali: aspetti teorici e applicazioni nelle scienze della vita. Responsabile del progetto.

2013 : Fondo di Ateneo 2013 (9 337€). Metodi algoritmici e modelli: aspetti teorici e applicazioni in bioinformatica. Responsabile del progetto.

2011 : Fondo di Ateneo 2011 (4 055€). Tecniche algoritmiche avanzate in Biologia Computazionale. Responsabile del progetto.

2006 : Grandi Attrezzature 2006 (40000€). Laboratorio Virtuale Statistico-Territoriale. Questo progetto, condiviso fra il Dipartimento di Statistica e il Dipartimento di Sociologia, ha portato all'acquisto di 2 server per la fornitura di servizi di ricerca e didattica in ambiti di Sociologia del territorio e Statistica computazionale. Responsabile del progetto.

2005-2008 : MIUR/PRIN 2005, Potenzialità e ottimizzazione delle banche dati automatizzate in epidemiologia. In questo progetto sono stato il responsabile di tutti gli aspetti bioinformatici.

Partecipante

2013-2016 : Regione Lombardia. SPAC3 - Servizi smart della nuova Pubblica amministrazione per la Citizen-Centricity in cloud.

2011-2014 : MIUR/PRIN 2011 : Automi e Linguaggi Formali: Aspetti Matematici e Applicativi

2003 : MIUR/FIRB 2003. Bioinformatica per la Genomica e la Proteomica.

2000-2001 : NSF CCR-9988353, ITR-0085910.

1999-2001 : MURST COFIN 98 “Bioinformatica e ricerca genomica”.

1994-1995 : MURST 40% "Algoritmi e strutture di calcolo".

1994-1995 : ESPRIT-BRA ASMICS 2 n. 6317.

Ricerca

Ho pubblicato oltre 30 articoli su rivista scientifica con più di 1500 citazioni e h-index 17 (secondo Google Scholar). In particolare, 7 lavori hanno superato le 100 citazioni (fonte Google Scholar). Inoltre ho lavorato con 166 coautori (fonte Scopus).

Dal 2016 al 2019 sono stato responsabile del Laboratorio di Ricerca "AlgoLab - Experimental Algorithmics Lab", DIpartimento di Informatica, Sistemistica e Comunicazione, Università di Milano-Bicocca. Il laboratorio di ricerca si è caratterizzata per numerose collaborazioni internazionali. Il laboratorio si occupa del disegno di algoritmi, della loro implementazione e dell'analisi sperimentale su dataset di grandi dimensioni, pertanto l'ambito di ricerca riguarda sia aspetti metodologici che sperimentali: ciò ha portato alla realizzazione di vari strumenti software per risolvere vari problemi in bioinformatica.

La mia ricerca si è sempre focalizzata sullo sviluppo di algoritmi combinatori in Bioinformatica, con una forte componente fondazionale basata sullo studio delle proprietà formali dei problemi computazionali e passando per l'implementazione degli approcci proposti ed una validazione degli stessi sia da un punto di vista teorico che sperimentale.

Le principali tematiche investigate sono state:

Confronto di sequenze

Il confronto di sequenze è uno dei problemi fondamentali in Bioinformatica, in quanto sequenze simili corrispondono a parti di genoma con funzionalità simili. In questo campo ha ottenuto importanti risultati sulla complessità computazionale di alcune formulazioni del problema, disegnando algoritmi efficienti per il calcolo di soluzioni approssimate.

Le attività in questo ambito sono state svolte anche nell'ambito delle collaborazioni scientifiche con il Winfried Just (Dept. Mathematics, Ohio Univ.), Stéphane Vialette (LRI, Univ. Paris-Sud), Guillame Fertin (LINA, Univ. Nantes).

Ricostruzione storie evolutive

Il problema di ricostruire la storia evolutiva a partire da dati genomici di specie o cellule esistenti è stato uno dei principali ambiti della mia attività di ricerca. Inizialmente mi sono focalizzato su problematiche classiche di confronto di alberi evolutivi, ottenendo risultati sulla complessità di approssimazione, per poi descrivere algoritmi per la riconciliazione di alberi di geni e di specie (per individuare una storia evolutiva comune che sia una interpretazione ammissibile di alberi apparentemente incompatibili). Più recente ho contribuito a disegnare approcci efficienti per il problema della ricostruzione di storie evolutive tumorali, anche supervisionando le attività del gruppo di ricerca, oltre all'implementazione e l'analisi sperimentali di tali approcci.

Questa tematica di ricerca è stata svolta anche nell'ambito delle collaborazioni internazionali con Harold Todd Wareham (Dept. Computer Science, Memorial Univ. Newfoundlands), Tao Jiang (Dept. Computer Science, Univ. California at Riverside), Gabriella Trucco (Univ. Milano), Jesper Jansson (The Hong Kong Polytechnic University), Iman Hajirasouliha (Weill Cornell Medical College, New York). Responsabile della collaborazione scientifica con il prof. Vladimir Filipovic, Univ. Belgrado, che è in sabbatico presso l'Univ. Milano-Bicocca dal 20/1/18. La collaborazione riguarda lo sviluppo di metaeuristiche in Bioinformatica, ed in particolare per la ricostruzione di evoluzioni tumorali.

Ricostruzioni di aplotipi

Diverse specie, incluso l'uomo, sono diploidi: ogni cromosoma è presente in due copie distinte detti aplotipi. Le tecnologie attuali riescono solo con difficoltà a determinare l'aplotipo di provenienza. In questo ambito, approcci informatici sono essenziali per riuscere ad ottenere i singoli aplotipi ad un costo accettabile. Dopo avere ottenuti alcuni risultati sulla complessità computazionale del problema, mi sono dedicato al disegno di approcci euristici efficienti, seguendo anche gli aspetti di implementazione e di analisi sperimentale. Il codice prodotto è stato incorporato in uno dei principali programmi utilizzati dalla comunità scientifica (https://whatshap.readthedocs.io/en/latest/howtocite.html).

Le attività in questo ambito sono state svolte anche nell'ambito delle collaborazioni scientifiche con Tao Jiang (Univ. California at Riverside), Alessandra Stella (CNR), Tobias Marschall (Heinrich Heine Univ., Düsseldorf), Romeo Rizzi (Univ. Verona).

Splicing alternativo

Lo splicing alternativo è il fenomeno biologico che permette ad un singolo gene di esprime più proteine. Dal punto di vista computazionale, il problema principale è che non abbiamo in input l'intera sequenza che viene tradotta in proteine (detta trascritto), ma solo sue porzioni. Pertanto diventa necessario esaminare queste porzioni per costruire tutti i trascritti, tenendo conto che presentano ripetizioni ed errori. In questo ambito ho contributito a disegnare approcci efficienti, seguendo anche gli aspetti di implementazione e di analisi sperimentale.

Le attività in questo ambito sono state svolte anche nell'ambito delle collaborazioni scientifiche con Graziano Pesole (CNR e Head of Node di Elixir Italy IIB), Ernesto Picardi (Univ. Bari).

Algoritmi su Grafi

Gli aspetti combinatoriali di teoria dei grafi sono un ambito dove ho contribuito allo sviluppo di algoritmi efficienti, principalmente per il problema della decomposizione modulare, che è una tecnica che permette il disegno di algoritmi efficienti per diversi problemi. Più recentemente ho approfondito aspetti di teoria dei grafi, riuscendo a sfruttarli in diversi ambiti della Bioinformatica, sia per ottenere modelli computazionali più aderenti alla realtà biologica, sia per ottenere approcci efficienti. Ciò è stato fondamentale nell'attività inerente al settore innovativo della Pangenomica Computazionali, dove si intendono studiare insiemi di genomi tramite strutture a grafo. Tale ambito è l'oggetto dei progetti di ricerca europei PANGAIA (MSCA RISE 2019) e ALPACA (MSCA ITN 2020) indicati in precedenza.

Le attività in questo ambito sono state svolte anche nell'ambito delle collaborazioni scientifiche con Alexander Schönhuth (Univ. Bielefeld).

Clustering

Il clustering è uno dei problemi più studiati in Informatica, anche a causa delle sue molteplici varianti ed applicazioni pratiche. Oltre ad avere contribuito all'avanzamento delle conoscenze relative alla complessità computazionale del problema del confronto di cluterizzazioni, ho disegnato algoritmi efficienti per la clusterizzazione di fingerprint, problema che trova la sua motivazione nello studio di comunità microbiche. Inoltre ho contribuito a risultati sulla complessità computazionale sul problema di anonimizzare tabelle tramite l'omissione di dati, un problema che trova la sua motivazione nell'ambito della data privacy.

Didattica

Attività didattiche

La mia attività didattica è iniziata come Ricercatore Universitario presso la Facoltà di Scienze Statistiche nel 2001. Poichè in Facoltà non erano presenti altri docenti dell'area Informatica, una parte fondamentale della mia attività è stata la costruzione di nuovi insegnamenti pensati per coorti di studenti con buone competenze matematiche, ma non all'interno di Corsi di Laurea della classe Informatica. Questa attività si è ripetuta più volte, sia in seguito all'evoluzione dei corsi di studio di area statistica, che successivamente all'interno della laurea triennale in Informatica e della laurea magistrale in Data Science.

La mia modalità di insegnamento è centrata sulla metodologia di active learning, che richiede una forte e continua interazione fra docente e studente, oltre che fra studenti. Ciò implica normalmente la costruzione di problemi che gli studenti devono affrontare, da soli o in gruppo. Anche in questo caso l'attività progettuale del corso è innovativa, in quanto le pratiche preesistenti e il materiale didattico erano invece pensate per modalità più tradizionali, dove gli studenti avevano principalmente un ruolo di uditori e la componente di problem solving era confinata ad un ruolo secondario.

Corsi di dottorato di ricerca

2016, 2018, 2020 : "Advanced Algorithms", Dottorato di Ricerca in Informatica, Univ. Milano-Bicocca (20 ore). In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

Titolarità di Insegnamenti in Corsi di Studio

2017-oggi : "Foundations of Computer Science", Laurea Magistrale in Data Science, Univ. Milano-Bicocca. (6 CFU). In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento, in quanto il corso di studio era di nuova attivazione.

2014-oggi : "Elementi di Bioinformatica", Laurea Triennale in Informatica, Univ. Milano-Bicocca (8 CFU). In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2009-2020 : “Basi di Dati”, Laurea Triennale in Statistica e Gestione delle Informazioni, Laurea Triennale in Scienze Statistiche ed Economiche, Univ. Milano-Bicocca (6 CFU).

2007-oggi : “Bioinformatica”, Laurea Magistrale in Biostatistica, Univ. Milano-Bicocca (6 CFU). In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2010-2013 : "Algoritmi su stringhe", Laurea Triennale in Informatica, Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2008 : “Strumenti informatici per la statistica M”, Laurea Magistrale in Biostatistica, blended e-learning, Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2007-2009 : “Informatica Applicata S”, Laurea Specialistica in Biostatistica (2 CFU), Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2001-2008 : “Laboratorio Statistico-Informatico”, tutte le Lauree triennali della Facoltà di Scienze Statistiche (6 CFU), Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto riprogettare completamente l'insegnamento che era stato erogato in precedenza una sola volta, da un docente esterno non afferente ad alcuna Università.

2001-2008 : “Programmazione e Basi Dati”, tutte le Lauree triennali della Facoltà di Scienze Statistiche (6 CFU), Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto riprogettare completamente l'insegnamento che era mai stato erogato in precedenza. I contenuti sono stati nell'ambito di Basi di Dati (il corso ha poi cambiato nome in Basi di Dati) e in Italia è stato il primo insegnamento di Basi di Dati dedicato a studenti nell'area Statistica.

2008 : “Fondamenti di Informatica”, Laurea Magistrale in Biostatistica, Univ. Milano-Bicocca. In questo caso ho dovuto progettare completamente l'insegnamento che non era mai stato erogato in precedenza.

2006 : “Laboratorio di Informatica”, tutte le Lauree triennali della Facoltà di Scienze Statistiche (6 CFU), Univ. Milano-Bicocca.

Esercitatore di insegnamenti

2004-2005 : “Bioinformatica: tecniche di base (laboratorio)”, Laurea Magistrale in Bioinformatica (2 CFU), Univ. Milano-Bicocca.

Insegnamenti di Master Universitari

2003 : “Fondamenti di Informatica e Elementi di Programmazione” (Fundamentals of Computer Science and Elements of Programming), Master di primo livello in Bioinformatica, Univ. Milano-Bicocca.

2001-2002 : “Sistemi Informatici e Elementi di Programmazione”, Master di primo livello in Bioinformatica, Univ. Milano-Bicocca.

2012, 2014 : “Data Base e Sistemi Informativi, Master di primo livello in Amministratore di Sistema per la Diagnostica per Immagini, Univ. Milano-Bicocca.

2007, 2010, 2011 : “Fondamenti di Informatica”, Master di primo livello in Amministratore di Sistema per la Diagnostica per Immagini, Univ. Milano-Bicocca.

Supervisione

Assegnisti di ricerca

Sono stato responsabile scientifico dei seguenti assegni di ricerca:

2018-2019 : Murray Patterson. Assegno di ricerca biennale con argomento "Haplotype assembly from sequencing reads". Attualmente Assistant Professor (Tenure-track) presso Georgia State University.

2015 : Hassan Mahmoud Mohamed Ramadan Mohamed. Assegno di ricerca annuale con argomento “Methodology for treatment and data analysis of NGS data for the detection of alternate splicing events”

Inoltre ho collaborato alla formazione dei seguenti assegnisti di ricerca:

  1. Marco Previtali
  2. Stefano Beretta

Dottorandi

Sono stato supervisor delle seguenti tesi di dottorato in Informatica

  1. Riccardo Dondi, “Computational Problems in the Study of Genomic Variations”, 2004 (attualmente Prof. Associato presso l'Università di Bergamo)

  2. Stefano Beretta, “Algorithms for Next Generation Sequencing Data Analysis”, 2012 (attualmente Bionformatico presso San Raffaele Telethon Institute for Gene Therapy)

  3. Marco Previtali, “Self-indexing for de novo assembly”, 2017

  4. Simone Ciccolella, "Algorithms for cancer phylogeny inference", termine previsto 2021

Inoltre ho collaborato attivamente alla formazione dei seguenti dottorandi:

  1. Anna Paola Carrieri, attualmente Research Staff Member presso IBM Research Lab, UK
  2. Simone Zaccaria, attualmente Group Leader presso Department of Oncology, Univ. College London
  3. Giulia Bernardini, attualmente postdoc press CWI, Amsterdam.

Studenti di laurea magistrale

Sono stato relatore o correlatore di oltre 10 studenti di laurea magistrale in Informatica, in Scienze Statistiche ed Economiche, in Biostatistica, in Data Science.

In particolare ho seguito le attività nell'ambito del programma Exchange mobility EXTRA UE dei seguenti studenti:

  1. Ramesh Rajaby che ha trascorso 6 mesi presso il gruppo di ricerca del prof. Jesper Jansson (Kyoto University, Giappone). Ramesh Rajaby è attualmente postdoc alla National University of Singapore.
  2. Simone Ciccolella che ha trascorso un periodo di 3 mesi presso il gruppo di ricerca del prof. Iman Hajirasouliha (Weill Cornell Medical College, New York). Simone Ciccolella è attualmente dottorando sotto la mia supervisione.

Studenti di laurea triennale

Ho supervisionato le attività di stage e di prova finale di oltre 40 studenti di Laurea Triennale in Statistica e Gestione delle Informazioni, in Informatica, in Scienze Statistiche ed Economiche, in Statistica.

Attività di servizio

Servizi per l'Ateneo

2020-oggi : Rappresentante dell'Università degli Studi di Milano-Bicocca nell'Assemblea Generale della Joint Research Unit ELIXIR IIB, nodo italiano di Elixir Europe, l'organizzazione intergovernativa per la Bioinformatica.

2019-oggi : Vice coordinatore del Dottorato di Ricerca in Informatica, Univ. Milano - Bicocca

2018-oggi : Assicuratore di Qualità del Corso di Laurea Magistrale in Data Science.

2019-oggi : Presidente della Commissione Didattica del Corso di Laurea Magistrale in Data Science. (check data)

2018-oggi : Responsabile per l'Università degli Studi di Milano-Bicocca della Convenzione quadro con l'Istituto Nazionale di Genetica Molecolare.

2020-oggi : Membro del Comitato Scientifico di Bicocca Ambiente Società Economia, in seguito a nomina rettorale.

2020-oggi : Membro del Comitato Scientifico del Master di secondo livello "qOmics: quantitative methods for Omics Data", Univ. di Milano-Bicocca e Univ. di Pavia.

2018-oggi : membro della Commissione Paritetica Docenti-Studenti del Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Comunicazione

2013-oggi : Membro del collegio docenti del Dottorato di Ricerca in Informatica, Univ. Milano - Bicocca

2011-oggi : Membro del Comitato direttivo del Centro di Produzione Multimediale di Ateneo, su nomina del Senato Accademico.

2015-2020 : Coordinatore Tecnico Locale per l'Univ. Milano-Bicocca delle attività inerenti Elixir IIB

2016-oggi : Responsabile delle attività di training per giovani ricercatori nell'ambito delle iniziative di Elixir IIB. In particolare ho organizzato corsi su "Genome Assembly and Annotation", "Data Carpentry Workshop", "Software Carpentry Workshop", "Docker Advanced", "Exome analysis with Galaxy".

2016-2018 : Membro della commissione orientamento del Dipartimento di Informatica, Sistemistica e Comunicazione

2002-2012 : Referente dell'area Informatica all'interno della Facoltà di Scienze Statistiche. L'incarico è terminato con lo scioglimento della Facoltà.

2004-2012 : Rappresentante della Facoltà di Scienze Statistiche all'interno del comitato di Ateneo per l'Informatica.

2010-2012 : Delegato del Preside della Facoltà di Scienze Statistiche per l'e-learning.

2007-2012 : Responsabile di tutti i laboratori informatici della Facoltà di Scienze Statistiche

2010-2012 : Membro della commissione per l'elearning della Facoltà di Scienze Statistiche.

2002-2004 : Referente dell'area Informatica nella commissione della Facoltà di Scienze Statistiche che ha disegnato il corso di Laurea Triennale in Statistica e Gestione delle Informazioni. Il CdL è ancora attivo.

2004 : Responsabile per la Facoltà di Scienze Statistiche del corso “Information Technology For Problem Solving (IT4PS)”, organizzato dalla Fondazione CRUI.

2003 : Responsabile del corso 167388 “Laboratorio Complementare di Informatica per Statistici”, all'interno del progetto FSE 156165 “Progetto Quadro Università degli Studi di Milano-Bicocca”. Il corso ha introdotto competenze informatiche di livello intermedio a studenti della Facoltà di Scienze Statistiche. L'iniziativa è stata interamente finanziata dall'Unione Europea.

Servizi per la comunità scientifica

2013-oggi : Membro del Program Commitee delle seguenti conferenze scientifiche: Computability in Europe (CiE2013, CiE2019, CiE 2020), Workshop on Algorithms in Bioinformatics (WABI 2020), ISCB European Conference on Computational Biology (ECCB 2019), Combinatorial Pattern Matching (CPM 2019), Symposium on String Processing and Information Retrieval (SPIRE 2017), Bioinformatics Open Source Conference (BOSC 2016-2019).

2018-oggi : Executive Officer dello Steering Committee della conferenza Computability in Europe

1997-oggi : Revisore di articoli per le seguenti riviste scientifiche: ACM/IEEE Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, Algorithmica, Algorithms, Bioinformatics, Briefings in Bioinformatics, Graphs and Combinatorics, Information Processing Letters, INFORMS J. Computing, Journal of Computer Science and Technology, Theoretical Computer Science, Theory of Computing Systems.

2020 : Chair del Workshop Data Structure in Bioinformatics (DSB 2020)

2020 : Editor degli atti del convegno Computability in Europe 2020, LNCS 12098.

2020 : Organizzazione, insieme con Iman Hajirasouliha (Weill-Cornell Medical College) della sessione speciale "Large Scale Bioinformatics and Computational Sciences" della conferenza Computability in Europe 2020

2016-2019 : Membro dell'Editorial Board della rivista scientifica "Advances in Bioinformatics".

2018 : Membro del comitato di valutazione della Tesi di Dottorato di Mattia Gastaldello, Univ. Roma la Sapienza.

2018 : Membro del comitato di valutazione della Tesi di Dottorato di Luca Ferrari, Univ. Milano.

2017 : Membro della commissione giudicatrice in valutazione comparativa per una posizione di RTDb, Univ. Milano

2004 : editor di special issue del Journal of Computer Science and Technology.

Relazioni a convegni

Ho presentato i risultati della mia attività di ricerca a diverse conferenze tra cui, in qualità di invited speaker della sessione speciale "Algorithmics for Biology", alla conferenza Computability in Europe 2017, e, in qualità di primo autore (e unico autore del mio Ateneo), alla conferenza internazionale Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB) 2001: si tratta della principale conferenza in Bioinformatica (CORE: A, Microsoft Academic: A+).

Terza Missione

Incarichi da enti esterni

2003-2004 : Incarico per studi relativi agli aspetti informatici relativi al progetto INTERREG IIIB (2000-2006) W.E.S.T. WOMEN EAST SMUGGLING TRAFFICKING (WP.2.2). Committente: Fondazione Ismu-Iniziative e Studi sulla Multietnicità. Sono stato l'unico ricercatore informatico coinvolto nel progetto.

2005 : Incarico per studi relativi agli aspetti informatici relativi al progetto “Indagine Finalizzata all'Analisi degli Effetti Prodotti dai Processi di Regolarizzazione dei Lavoratori Extracomunitari, con Particolare Riferimento al Mercato del Lavoro e all'Integrazione Sociale nelle Regioni Ob. 1”, finanziato nell’ambito della Misura I.2 FESR “Adeguamento del Sistema di Controllo Tecnologico del Territorio” del PON Sicurezza 2000/2006. Committente: Fondazione Ismu-Iniziative e Studi sulla Multietnicità. Sono stato l'unico ricercatore informatico coinvolto nel progetto.

Pubblicazioni

Articoli in riviste internazionali

  1. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi Computing the multi-string BWT and LCP array in external memory, Theoretical Computer Science (2020)

  2. Simone Ciccolella, Camir Ricketts, Mauricio Soto Gomez, Murray Patterson, Dana Silverbush, Paola Bonizzoni, Iman Hajirasouliha, Gianluca Della Vedova Inferring cancer progression from Single-Cell Sequencing while allowing mutation losses Bioinformatics (2020)

  3. Luca Denti, Yuri Pirola, Marco Previtali, Tamara Ceccato, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Paola Bonizzoni Shark: fishing relevant reads in an RNA-Seq sample Bioinformatics (2020)

  4. Simone Ciccolella, Mauricio Soto Gomez, Murray D. Patterson, Gianluca Della Vedova, Iman Hajirasouliha, Paola Bonizzoni. gpps: an ILP-based approach for inferring cancer progression with mutation losses from single cell data. BMC Bioinformatics., 21-S(1):413, (2020).

  5. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi. Multithread Multistring Burrows-Wheeler Transform and Longest Common Prefix Array. Journal of Computational Biology, 26(9):948--961 (2019).

  6. Raffaella Rizzi, Stefano Beretta, Murray Patterson, Yuri Pirola, Marco Previtali, Gianluca Della Vedova, Paola Bonizzoni. Overlap graphs and de Bruijn graphs: data structures for de novo genome assembly in the big data era. Quantitative Biology, 7(4):278--292 (2019).

  7. Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Mauricio Soto. Does Relaxing the Infinite Sites Assumption Give Better Tumor Phylogenies? An ILP-Based Comparative Approach. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 16(5):1410--1423 (2019).

  8. Stefano Beretta, Murray Patterson, Simone Zaccaria, Gianluca Della Vedova, Paola Bonizzoni. HapCHAT: adaptive haplotype assembly for efficiently leveraging high coverage in long reads. BMC Bioinformatics, 19(1):252:1--252:19 (2018).

  9. Luca Denti and Raffaella Rizzi, Stefano Beretta, Gianluca Della Vedova, Marco Previtali and Paola Bonizzoni. ASGAL: aligning RNA-Seq data to a splicing graph to detect novel alternative splicing events BMC Bioinformatics, 19(1):444:1--444:21 (2018).

  10. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali and Raffaella Rizzi An External-Memory Algorithm for String Graph Construction. Algorithmica, 78(2):394--424 (2017).

  11. Paola Bonizzoni, Anna Paola Carrieri, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Gabriella Trucco Species-Driven Persistent Phylogeny. Fundamenta Informaticae, 154(1-4):47--63 (2017).

  12. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali and Raffaella Rizzi FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly. Journal of Computational Biology, 24(10):953--968 (2017).

  13. Paola Bonizzoni, Anna Paola Carrieri, Gianluca Della Vedova, Raffaella Rizzi, Gabriella Trucco A colored graph approach to perfect phylogeny with persistent characters. Theoretical Computer Science, 658:60--73 (2017).

  14. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi LSG: An External-Memory Tool to Compute String Graphs for Next-Generation Sequencing Data Assembly. Journal of Computational Biology, 23(3):137--149 (2016).

  15. Jon C. Ison, Kristoffer Rapacki, Hervé Ménager, Matús Kalas Emil Rydza, Piotr Chmura, Christian Anthon, Niall Beard, Karel Berka, Dan M. Bolser, Tim Booth, Anthony Bretaudeau, Jan Brezovsky, Rita Casadio, Gianni Cesareni, Frederik Coppens, Michael Cornell, Gianmauro Cuccuru, Kristian Davidsen, Gianluca Della Vedova, Tunca Dogan, Olivia Doppelt-Azeroual, Laura Emery, Elisabeth Gasteiger, Thomas Gatter, Tatyana Goldberg, Marie Grosjean, Björn A. Grüning, Manuela Helmer-Citterich, Hans Ienasescu, Vassilios Ioannidis, Martin Closter Jespersen, Rafael C. Jimenez, Nick S. Juty, Peter Juvan, Maximilian Koch, Camille Laibe, Jing-Woei Li, Luana Licata, Fabien Mareuil, Ivan Micetic, Rune Møllegaard Friborg, Sébastien Moretti, Chris Morris, Steffen Möller, Aleksandra Nenadic, Hedi Peterson, Giuseppe Profiti, Peter M. Rice, Paolo Romano, Paola Roncaglia, Rabie Saidi, Andrea Schafferhans, Veit Schwämmle, Callum Smith, Maria Maddalena Sperotto, Heinz Stockinger, Radka Svobodová Vareková, Silvio C. E. Tosatto, Victor de la Torre, Paolo Uva, Allegra Via, Guy Yachdav, Federico Zambelli, Gert Vriend, Burkhard Rost, Helen E. Parkinson, Peter Løngreen, Søren Brunak. Tools and data services registry: a community effort to document bioinformatics resources. Nucleic Acids Research, 44(Database-Issue):38--47 (2016).

  16. Stefano Beretta, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi Modeling Alternative Splicing Variants from RNA-Seq Data with Isoform Graphs. Journal of Computational Biology, 21(1):16--40 (2014).

  17. Paola Bonizzoni, Anna Paola Carrieri, Gianluca Della Vedova, Gabriella Trucco Explaining evolution via constrained persistent perfect phylogeny.. BMC Genomics 15:S10 (2014).

  18. Corrao, G., Ghirardi, A., Segafredo, G., Zambon, A., Della Vedova, G., Lapi, F., Cipriani, F., Caputi, A., Vaccheri, A., Gregori, D., Gesuita, R., Vestri, A., Staniscia, T., Mazzaglia, G., Di Bari, M. User-only design to assess drug effectiveness in clinical practice: Application to bisphosphonates and secondary prevention of fractures Pharmacoepidemiology and Drug Safety 23(8):859-867 (2014).

  19. Arianna Ghirardi, Mauro Di Bari, Antonella Zambon, Lorenza Scotti, Gianluca Della Vedova, Francesco Lapi, Francesco Cipriani, Achille P. Caputi, Alberto Vaccheri, Dario Gregori, Rosaria Gesuita, Annarita Vestri, Tommaso Staniscia, Giampiero Mazzaglia, Giovanni Corrao. Effectiveness of oral bisphosphonates for primary prevention of osteoporotic fractures. European Journal of Clinical Pharmacology 70:1129–1137 (2014).

  20. Arianna Ghirardi, Lorenza Scotti, Gianluca Della Vedova, Luca Cavalieri D'Oro, Francesco Lapi, Francesco Cipriani, Achille P Caputi, Alberto Vaccheri, Dario Gregori, Rosaria Gesuita, Annarita Vestri, Tommaso Staniscia, Giampiero Mazzaglia, Giovanni Corrao Oral bisphosphonates do not increase the risk of severe upper gastrointestinal complications: a nested case-control study. BMC Gastroenterology 14:5 (2014).

  21. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi and Yuri Pirola Parameterized complexity of k-anonymity: hardness, tractability. Journal of Combinatorial Optimization, 26(1):19--43 (2013).

  22. Arianna Ghirardi, Lorenza Scotti, Antonella Zambon, Gianluca Della Vedova, Luca Cavalieri D'oro, Francesco Lapi, Francesco Cipriani, Achille P. Caputi, Alberto Vaccheri, Dario Gregori, Rosaria Gesuita, Annarita Vestri, Tommaso Staniscia, Giampiero Mazzaglia, Giovanni Corrao Risk of Severe Upper Gastrointestinal Complications among Oral Bisphosphonate Users PLOS One (2013)

  23. Yuri Pirola, Raffaella Rizzi, Ernesto Picardi, Graziano Pesole, Gianluca Della Vedova, Paola Bonizzoni PIntron: a fast method for detecting the gene structure due to alternative splicing via maximal pairings of a pattern and a text. BMC Bioinformatics, 13(S-5):S2 (2012).

  24. Yuri Pirola, Gianluca Della Vedova, Stefano Biffani, Alessandra Stella, Paola Bonizzoni A Fast and Practical Approach to Genotype Phasing and Imputation on a Pedigree with Erroneous and Incomplete Information. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 9(6):1582--1594 (2012).

  25. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi A randomized PTAS for the minimum Consensus Clustering with a fixed number of clusters. Theoretical Computer Science, 429:36--45 (2012).

  26. Paul M. Ruegger, Gianluca Della Vedova, Tao Jiang, James Borneman Improving Probe Set Selection for Microbial Community Analysis by Leveraging Taxonomic Information of Training Sequences. BMC Bioinformatics 12:394, (2011).

  27. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi Anonymizing binary and small tables is hard to approximate Journal of Combinatorial Optimization. 22(1):97--119 (2011).

  28. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi and Giancarlo Mauri Fingerprint Clustering with Bounded Number of Missing Values. Algorithmica, 58(2):282--303 (2010).

  29. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi and Yuri Pirola Variants of constrained longest common subsequence. Information Processing Letters, 110(20):877--881 (2010).

  30. Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Tao Jiang, Giulio Pavesi, Yuri Pirola, Lusheng Wang Beyond evolutionary trees. Natural Computing, 9(2):421--435 (2010).

  31. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Yuri Pirola, Romeo Rizzi Pure Parsimony Xor Haplotyping. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 7(4):598--610 (2010).

  32. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Tao Jiang On the Approximation of Correlation Clustering and Consensus Clustering. Journal of Computer and System Sciences 74(5):671--696 (2008).

  33. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Guillaume Fertin, Raffaella Rizzi, Stèphane Vialette Exemplar Longest Common Subsequence. IEEE-ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics, 4(4):535--543 (2007).

  34. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Lorenzo Mariani Experimental analysis of a new algorithm for partial haplotype completion. International Journal of Bioinformatics Resources and Applications. 1(4):461--473 (2005).

  35. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi Reconciling a gene tree to a species tree under the duplication cost model. Theoretical Computer Science 347(1-2):36--53 (2005).

  36. Winfried Just, Gianluca Della Vedova Multiple Sequence Alignment as a Facility-Location Problem. INFORMS Journal of Computing 16(4):430--440 (2004).

  37. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Tao Jiang Foreword - Special Issue on Bioinformatics. Journal of Computer Science and Technology 19(1):1 (2004).

  38. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Jing Li The Haplotyping Problem: An Overview of Computational Models and Solutions. Journal of Computer Science and Technology 18(6):675--688 (2003).

  39. Gianluca Della Vedova, Todd Wareham Optimal algorithms for local vertex quartet cleaning. Bioinformatics 18(10):1297--1304 (2002).

  40. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova The complexity of multiple sequence alignment with SP-score that is a metric. Theoretical Computer Science 259(1-2):63--79 (2001).

  41. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Giancarlo Mauri Experimenting an approximation algorithm for the LCS. Discrete Applied Mathematics 110(1):13--24 (2001)

  42. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Giancarlo Mauri Approximating the Maximum Isomorphic Agreement Subtree is Hard. International Journal on the Foundations of Computer Science 11(4):579--590 (2000).

  43. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova An Algorithm for the Modular Decomposition of Hypergraphs. Journal of Algorithms 32(2):65--86 (1999).

Articoli in atti di convegno internazionali

  1. Simone Ciccolella, Murray D. Patterson, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova Effective Clustering for Single Cell Sequencing Cancer Data. Proceedings of the 10th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Health Informatics, BCB 2019, Niagara Falls, NY, USA, September 7-10, 2019:437--446 (2019).

  2. Giulia Bernardini, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Murray Patterson A Rearrangement Distance for Fully-Labelled Trees. 30th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching, CPM 2019, June 18-20, 2019, Pisa, Italy:28:1--28:15 (2019).

  3. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Serena Nicosia, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi Divide and Conquer Computation of the Multi-string BWT and LCP Array. Sailing Routes in the World of Computation - 14th Conference on Computability in Europe, CiE 2018, Kiel, Germany, July 30 - August 3, 2018, Proceedings:107--117 (2018).

  4. Simone Ciccolella, Mauricio Soto Gomez, Murray Patterson, Gianluca Della Vedova, Iman Hajirasouliha, Paola Bonizzoni gpps: an ILP-based approach for inferring cancer progression with mutation losses from single cell data. 8th IEEE International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences, ICCABS 2018, Las Vegas, NV, USA, October 18-20:1 (2018).

  5. Paola Bonizzoni, Simone Ciccolella, Gianluca Della Vedova, Mauricio Soto Gomez Beyond Perfect Phylogeny: Multisample Phylogeny Reconstruction via ILP. Proceedings of the 8th ACM International Conference on Bioinformatics, Computational Biology, and Health Informatics, BCB 2017, Boston, MA, USA, August 20-23, 2017:1--10 (2017).

  6. Gianluca Della Vedova, Murray Patterson, Raffaella Rizzi, Mauricio Soto Gomez Character-Based Phylogeny Construction and Its Application to Tumor Evolution. Unveiling Dynamics and Complexity - 13th Conference on Computability in Europe, CiE 2017, Turku, Finland, June 12-16, 2017, Proceedings:3--13 (2017).

  7. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi FSG: Fast String Graph Construction for De Novo Assembly of Reads Data. Bioinformatics Research and Applications - 12th International Symposium, ISBRA 2016, Minsk, Belarus, June 5-8, 2016, Proceedings:27--39 (2016).

  8. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Marco Previtali, Raffaella Rizzi Constructing String Graphs in External Memory. Algorithms in Bioinformatics - 14th International Workshop, WABI 2014, Wroclaw, Poland, September 8-10, 2014. Proceedings:311--325 (2014).

  9. Yuri Pirola, Gianluca Della Vedova, Paola Bonizzoni, Alessandra Stella, Filippo Biscarini Haplotype-based prediction of gene alleles using pedigrees and SNP genotypes. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedical Informatics. ACM-BCB 2013, Washington, DC, USA, September 22-25:33 (2013).

  10. Stefano Beretta, Paola Bonizzoni, Raffaella Rizzi, Gianluca Della Vedova Reconstructing isoform graphs from RNA-Seq data. 2012 IEEE International Conference on Bioinformatics, Biomedicine, BIBM 2012, Philadelphia, PA, USA, October 4-7:1--4 (2012).

  11. Yuri Pirola, Gianluca Della Vedova, Stefano Biffani, Alessandra Stella, Paola Bonizzoni A fast and practical approach to genotype phasing and imputation on a pedigree with erroneous and incomplete information. IEEE 2nd International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences, ICCABS 2012, Las Vegas, NV, USA, February 23-25:1--6 (2012).

  12. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi PIntron: A fast method for gene structure prediction via maximal pairings of a pattern and a text. IEEE 1st International Conference on Computational Advances in Bio and Medical Sciences, ICCABS 2011, Orlando, FL, USA, February 3-5:33--39 (2011).

  13. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Yuri Pirola Parameterized Complexity of $k$-Anonymity: Hardness and Tractability. Combinatorial Algorithms - 21st International Workshop, IWOCA 2010, London, UK, July 26-28, 2010, Revised Selected Papers:242--255 (2010).

  14. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi The $k$-Anonymity Problem Is Hard. Fundamentals of Computation Theory, 17th International Symposium, FCT 2009, Wroclaw, Poland, September 2-4, 2009. Proceedings:26--37 (2009).

  15. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi A PTAS for the Minimum Consensus Clustering Problem with a Fixed Number of Clusters. Theoretical Computer Science, 11th Italian Conference, ICTCS 2009, Cremona, Italy, September 28-30, 2009, Proceedings:55--58 (2009).

  16. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Yuri Pirola, Romeo Rizzi Pure Parsimony Xor Haplotyping. Bioinformatics Research and Applications, 5th International Symposium, ISBRA 2009, Fort Lauderdale, FL, USA, May 13-16, 2009, Proceedings:186--197 (2009).

  17. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Yuri Pirola, Raffaella Rizzi Minimum Factorization Agreement of Spliced ESTs. Algorithms in Bioinformatics, 9th International Workshop, WABI 2009, Philadelphia, PA, USA, September 12-13, 2009. Proceedings:1--12 (2009).

  18. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Giancarlo Mauri Fingerprint Clustering with Bounded Number of Missing Values. Combinatorial Pattern Matching, 17th Annual Symposium, CPM 2006, Barcelona, Spain, July 5-7, 2006, Proceedings:106--116 (2006).

  19. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Guillaume Fertin, Stèphane Vialette Exemplar Longest Common Subsequence. Computational Science - ICCS 2006, 6th International Conference, Reading, UK, May 28-31, 2006, Proceedings, Part II:622--629 (2006).

  20. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Lorenzo Mariani Experimental Analysis of a New Algorithm for Partial Haplotype Completion. Computational Science - ICCS 2005, 5th International Conference, Atlanta, GA, USA, May 22-25, 2005, Proceedings, Part II:952--959 (2005).

  21. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Tao Jiang Correlation Clustering and Consensus Clustering. Algorithms and Computation, 16th International Symposium, ISAAC 2005, Sanya, Hainan, China, December 19-21, 2005, Proceedings:226--235 (2005).

  22. Sergio Pozzi, Gianluca Della Vedova, Giancarlo Mauri An Explicit Upper Bound for the Approximation Ratio of the Maximum Gene Regulatory Network Problem. Computational Methods in Systems Biology, International Conference, CMSB 2004, Paris, France, May 26-28, 2004, Revised Selected Papers:1--8 (2004).

  23. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi Reconciling Gene Trees to a Species Tree. Algorithms and Complexity, 5th Italian Conference, CIAC 2003, Rome, Italy, May 28-30, 2003, Proceedings:120--131 (2003).

  24. Gianluca Della Vedova, Todd Wareham Optimal algorithms for local vertex quartet cleaning. Proceedings of the 2002 ACM Symposium on Applied Computing (SAC), March 10-14, 2002, Madrid, Spain:173--177 (2002).

  25. Gianluca Della Vedova, Tao Jiang, Jing Li, Jianjun Wen Approximating minimum quartet inconsistency (abstract). Proceedings of the Thirteenth Annual ACM-SIAM Symposium on Discrete Algorithms, January 6-8, 2002, San Francisco, CA, USA:894--895 (2002).

  26. James Borneman, Marek Chrobak, Gianluca Della Vedova, Andres Figueroa, Tao Jiang Probe selection algorithms with applications in the analysis of microbial communities. Proceedings of the Ninth International Conference on Intelligent Systems for Molecular Biology, July 21-25, 2001, Copenhagen, Denmark:39--48 (2001).

  27. Paolo Barone, Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Giancarlo Mauri An approximation algorithm for the shortest common supersequence problem: an experimental analysis. Proceedings of the 2001 ACM Symposium on Applied Computing (SAC), March 11-14, 2001, Las Vegas, NV, USA:56--60 (2001).

  28. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova, Giancarlo Mauri Approximating the Maximum Isomorphic Agreement Subtree Is Hard. Combinatorial Pattern Matching, 11th Annual Symposium, CPM 2000, Montreal, Canada, June 21-23, 2000, Proceedings:119--128 (2000).

  29. Winfried Just, Gianluca Della Vedova Multiple Sequence Alignment as a Facility Location Problem. Proceedings of the Prague Stringology Club Workshop 2000, Prague, Czech Republic, September 2, 2000:60--70 (2000).

  30. Paola Bonizzoni, Gianluca Della Vedova Modular Decomposition of Hypergraphs. Graph-Theoretic Concepts in Computer Science, 21st International Workshop, WG '95, Aachen, Germany, June 20-22, 1995, Proceedings:303--317 (1995).

Capitoli di libro

  1. Bonizzoni P., Vedova G.D., Pesole G., Picardi E., Pirola Y., Rizzi R. Transcriptome Assembly and Alternative Splicing Analysis. In: Picardi E. (eds) RNA Bioinformatics. Methods in Molecular Biology, vol 1269. Humana Press, New York, NY.

  2. Paola Bonizzoni, Anna Paola Carrieri, Gianluca Della Vedova, Riccardo Dondi, Teresa M. Przytycka, When and How the Perfect Phylogeny Model Explains Evolution In Discrete and Topological Models in Molecular Biology, pp. 67--83, Springer Berlin Heidelberg (2014).

gianluca.dellavedova@unimib.it • http://gianluca.dellavedova.org +39 026448 7881 • viale Sarca 336, Milano(Italy)

Milano, 02/02/2021

F.to Gianluca Della Vedova