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<!DOCTYPE html>
<html lang="" xml:lang="">
<head>
<title>chapter_15.knit</title>
<meta charset="utf-8" />
<meta name="author" content="" />
<script src="libs/header-attrs-2.21/header-attrs.js"></script>
<link href="libs/remark-css-0.0.1/default.css" rel="stylesheet" />
<link rel="stylesheet" href="css/Font_Style.css" type="text/css" />
</head>
<body>
<textarea id="source">
class: center, middle
<span style="font-size: 60px;">第十五章</span> <br>
<span style="font-size: 50px;">期末作业及Docker</span> <br>
<br>
<br>
<span style="font-size: 30px;">胡传鹏</span> <br>
<span style="font-size: 30px;">2023/06/5</span> <br>
---
class: center, middle
<span style="font-size: 60px;">Final project</span> <br>
---
# <h1 lang="zh-CN">Requirements</h1><br>
## 作业内容：
从下列期刊中选择本小组感兴趣且有公开数据的（最好是有公开原始数据）的论文，选择其中一个或者多个实验/研究的结果分析进行可重复性研究。期刊如下：
- Psychological Science
- Cognition
- Nature Human Behavior
- Science Advance
- Nature Communications
<br>
<br>
# <h4 lang="zh-CN">分析完成后需进行当堂展示，并最终提交项目。</h4><br>
---
# <h1 lang="zh-CN">Groups</h1><br>
|序号|组长|组员1|组员2|组员3|组员4|组员5|
|----|----|-----|-----|-----|-----|-----|
|1|何雨桐|林也|刘逸康|李先知|蔡亚静||
|2|闾莹|许言浩|李姗|万钰呈|崔鑫|卞一林|
|3|刘佳辰|江伊程|杨庆仁|张一林|||
|4|温佳慧|韩香|吴美慧|林王静|||
|5|张志强|赵源鑫|施静|施宇|李琳||
|6|王荣|刘洋|武婷婷||||
|7|林昕|宋丹丹|万心茹|陈娟|樊富强||
|8|吴雨|王笑笑|耿飘飘|熊汝玉|||
---
# <h1 lang="zh-CN">Groups</h1><br>
|序号|组长|组员1|组员2|组员3|组员4|组员5|
|----|----|-----|-----|-----|-----|-----|
|9|唐圆|安迪|谢梦菲||||
|10|沈桐|张孝怡|钱雨菲|赵芊芊|刘晨昕||
|11|陈宇沛|王一如|彭玉|夏明星|王纪来||
|12|王健| 艾骄阳|张雨婷|孙玉璇|王妍||
|13|邓善文|王旭|邱英姿|陈燕|侯丽雯||
|14|徐鹏|朱玉强|周莹洁|王伊琳|舒开颜||
|15|张新宇|杜桂琴|徐佳蓉|汪燕|洪文颉||
|16|姚梦晗|郗悦|牟凤青||||
<br>
### 小组长尽快将自己选择的文章信息汇总到群公共文件，汇总的信息包括：作者、年份、期刊、doi、要重复分析是第几个研究
---
# <h1 lang="zh-CN">About the final project</h1><br>
## 截止时间：
1、展示：待定，每小组**约8分钟+2分钟提问**<br>
2、代码及报告提交：2022.6.30<br>
3、需要上交如下内容：<br>
- 代码（RMD格式，最好使用papaja进行准备）
- 文档（PDF或者Word，采用APA格式撰写,推荐由Papaja生成）
- 报告（PPT或者HTML在课堂上展示）
---
# <h1 lang="zh-CN">Requirements</h1><br>
## 代码要求：
1、数据预处理流程<br>
2、完整的数据分析流程，包括
- 描述性统计结果 + 可视化（集中量数，离散量数，相关等）
- 与文献相一致的统计检验或模型验证
- 检验结果可视化
---
# <h1 lang="zh-CN">Requirements</h1><br>
## 文档要求：
- 标题《对XXX的可重复性研究》及作者
- 引言（对选取研究的简述，包含其假设、数据、方法、结果等）
- 研究复现思路及流程
- 复现结果
- 对结果的讨论及结论
- 参考文献
- 分工
---
# <h1 lang="zh-CN">Requirements</h1><br>
## 报告要求：
- 标题，作者
- 成员信息、分工
- 所选研究简介，包含其前言、方法、结果三个部分
- 研究复现思路及流程
- 复现结果
- 对结果的讨论及结论
---
# <h1 lang="zh-CN">Marking</h1><br>
| | 代码40% | 论文30% | 报告30% |
|---------|------|------|------|
| 基础要求 | 作为一个整体项目可运行 | 内容的完整性 | 时间分配的合理性 |
| | 分析方法的一致性 | 格式的标准性 | 讲述的清晰性 |
| | 代码的可读性（包括辅助文字以及对代码的注释） | 逻辑的连贯与一致性 | 团队分工的合理性 |
| 加分项 | 代码的可读性，图表的美观性 | 英文写作，Papaja生成 | 英文报告，R生成 |
<br>
###额外加分项：以小组为单位将三部分内容pull request到Repo(https://github.com/hcp4715/R4Psy/tree/main/homeworks)
- 对于报告的评分每组对其他组进行评分 + 胡传鹏老师和助教进行评分，对所有评分去
掉最高最低，取平均作为最终得分。
- 对于代码及论文的评分，将由胡传鹏老师和四位助教进行评分，并取平均作为最终得分
。
---
class: center, middle
<span style="font-size: 60px;">Docker——容器技术介绍</span> <br>
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker是什么？</h1><br>
Docker 是一个用于开发、传送和运行应用程序的开放平台。Docker 使您能够将应用程序与基础设施分开，以便您可以快速交付软件。使用 Docker，您可以像管理应用程序一样管理基础设施。通过利用 Docker 的快速交付、测试和部署代码的方法，您可以显着减少编写代码和在生产中运行代码之间的延迟。Docker(opens new window)是个划时代的开源项目，它彻底释放了计算虚拟化的威力，极大提高了应用的维护效率，降低了云计算应用开发的成本！使用 Docker，可以让应用的部署、测试和分发都变得前所未有的高效和轻松！无论是应用开发者、运维人员、还是其他信息技术从业人员，都有必要认识和掌握 Docker，节约有限的生命。<br>
Docker主要用来解决什么问题？<br>
Docker的出现主要就是为了解决：**在我的机器上运行时是正常的，但为什么到你的机器上就运行不正常了。**
---
# <h1 lang="zh-CN"对比Docker和虚拟机</h1><br>
---
# <h1 lang="zh-CN">对比Docker和虚拟机</h1><br>
容器更加的轻量级且占用的资源更少，与操作系统动辄几G的内存占用相比，容器技术只需数M空间，因此我们可以在同样规格的硬件上大量部署容器，这是虚拟机所不能比拟的，而且不同于操作系统数分钟的启动时间容器几乎瞬时启动，容器技术为打包服务栈提供了一种更加高效的方式，So cool。<br>
**注意，容器是一种通用技术，docker只是其中的一种实现。**
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker中的重要概念</h1><br>
## Dockerfile（自动化脚本）
主要是用来创建我们之间讲到的镜像，这个过程就好比我们在虚拟机中安装操作系统和软件一样，只不过是通过Dockerfile这个自动化脚本完成的。
**简单的讲，通过这个脚本我们将需要运行的环境配置好，比如R的版本，R包的版本等**
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker中的重要概念</h1><br>
## image(镜像)
操作系统分为内核和用户空间。对于Linux而言，内核启动后，会挂载root文件系统为其提供用户空间支持。而Docker镜像（Image），就相当于是一个root文件系统。Docker镜像是一个特殊的文件系统，除了提供容器运行时所需的程序、库、资源、配置等文件外，还包含了一些为运行时准备的一些配置参数（如匿名卷、环境变量、用户等）。 镜像不包含任何动态数据，其内容在构建之后也不会被改变。<br>
**你可以简单的把image理解为可执行程序**
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker中的重要概念</h1><br>
## Container(容器)
这里的容器就像是一台台运行起来的虚拟机，里面运行了你的应用程序，每个容器是独立运行的他们相互之间不影响。通过一个镜像，我们可以创建许多个不同的Container容器。<br>
镜像（Image）和容器（Container）的关系，就像是面向对象程序设计中的类和类的实例一样，镜像是静态的定义，容器是镜像运行时的实体。容器可以被创建、启动、停止、删除、暂停等 。容器的实质是进程，但与直接在宿主执行的进程不同，容器进程运行于属于自己的独立的命名空间。前面讲过镜像使用的是分层存储，容器也是如此。容器存储层的生存周期和容器一样，容器消亡时，容器存储层也随之消亡。因此，任何保存于容器存储层的信息都会随容器删除而丢失。<br>
**你可以简单的把container就是运行起来的进程**
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker中的重要概念</h1><br>
## Repository(仓储)
镜像构建完成后，可以很容易的在当前宿主上运行，但是， 如果需要在其它服务器上使用这个镜像，我们就需要一个集中的存储、分发镜像的服务（**就像Git仓库一样**），Docker Registry就是这样的服务。<br>
一个Docker Registry中可以包含多个仓库（Repository），每个仓库可以包含多个标签（Tag），每个标签对应一个镜像。所以说：镜像仓库是Docker用来集中存放镜像文件的地方类似于我们之前常用的代码仓库。通常，一个仓库会包含同一个软件不同版本的镜像，而标签就常用于对应该软件的各个版本 。我们可以通过<仓库名>:<标签>的格式来指定具体是这个软件哪个版本的镜像。如果不给出标签，将以latest作为默认标签。
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker管理工具</h1><br>
## Docker desktop
docker官方推出的管理工具，能够构建和共享容器化应用程序和微服务。
类似Github，我们在docker hub上注册账号并下载Docker desktop，方便我们获取需要的镜像并上传自己的镜像。
https://hub.docker.com/
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker管理工具</h1><br>
## Docker desktop安装
**不建议当堂尝试**
如今的docker基于wsl2而不是hyper-V，因此只需要在你的Windows系统中进行wsl2的配置以及虚拟机配置即可安装Docker。
具体安装过程请参考Microsoft官方教程：https://learn.microsoft.com/zh-cn/windows/wsl/install-manual#step-4---download-the-linux-kernel-update-package
虚拟机的安装建议选择最新的Ubuntu LTS版本，iso大小为4.6GB。
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 通过Powershell(管理员模式)安装image
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 安装完成后生成容器
可以在Docker desktop中运行，但由此运行后只能在cmd中编译，因此选择更好的方法
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 使用jupyter notebook插件
安装Jupyter，并在cmd中输入如下代码，可以在浏览器中编译
https://jupyter-notebook.readthedocs.io/en/stable/notebook.html
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 使用jupyter notebook插件
调用成功，并复制该序列号
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 成功运行Container
此时Docker中该Image处于运行状态，生成Container
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 在浏览器中编译
此时可以在浏览器中使用脚本
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 在浏览器中编译
将之前复制的token粘贴
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 在浏览器中编译
使用Python3环境编译
---
# <h1 lang="zh-CN">Docker实例</h1><br>
## 在浏览器中编译
输入如下代码，运行该插件
</textarea>
<style data-target="print-only">@media screen {.remark-slide-container{display:block;}.remark-slide-scaler{box-shadow:none;}}</style>
<script src="https://remarkjs.com/downloads/remark-latest.min.js"></script>
<script>var slideshow = remark.create({
"highlightStyle": "github",
"highlightLines": true,
"countIncrementalSlides": false
});
if (window.HTMLWidgets) slideshow.on('afterShowSlide', function (slide) {
window.dispatchEvent(new Event('resize'));
});
(function(d) {
var s = d.createElement("style"), r = d.querySelector(".remark-slide-scaler");
if (!r) return;
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@page {size: " + r.style.width + " " + r.style.height +"; }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
(function(d) {
var el = d.getElementsByClassName("remark-slides-area");
if (!el) return;
var slide, slides = slideshow.getSlides(), els = el[0].children;
for (var i = 1; i < slides.length; i++) {
slide = slides[i];
if (slide.properties.continued === "true" || slide.properties.count === "false") {
els[i - 1].className += ' has-continuation';
}
}
var s = d.createElement("style");
s.type = "text/css"; s.innerHTML = "@media print { .has-continuation { display: none; } }";
d.head.appendChild(s);
})(document);
// delete the temporary CSS (for displaying all slides initially) when the user
// starts to view slides
(function() {
var deleted = false;
slideshow.on('beforeShowSlide', function(slide) {
if (deleted) return;
var sheets = document.styleSheets, node;
for (var i = 0; i < sheets.length; i++) {
node = sheets[i].ownerNode;
if (node.dataset["target"] !== "print-only") continue;
node.parentNode.removeChild(node);
}
deleted = true;
});
})();
// add `data-at-shortcutkeys` attribute to <body> to resolve conflicts with JAWS
// screen reader (see PR #262)
(function(d) {
let res = {};
d.querySelectorAll('.remark-help-content table tr').forEach(tr => {
const t = tr.querySelector('td:nth-child(2)').innerText;
tr.querySelectorAll('td:first-child .key').forEach(key => {
const k = key.innerText;
if (/^[a-z]$/.test(k)) res[k] = t; // must be a single letter (key)
});
});
d.body.setAttribute('data-at-shortcutkeys', JSON.stringify(res));
})(document);
(function() {
"use strict"
// Replace <script> tags in slides area to make them executable
var scripts = document.querySelectorAll(
'.remark-slides-area .remark-slide-container script'
);
if (!scripts.length) return;
for (var i = 0; i < scripts.length; i++) {
var s = document.createElement('script');
var code = document.createTextNode(scripts[i].textContent);
s.appendChild(code);
var scriptAttrs = scripts[i].attributes;
for (var j = 0; j < scriptAttrs.length; j++) {
s.setAttribute(scriptAttrs[j].name, scriptAttrs[j].value);
}
scripts[i].parentElement.replaceChild(s, scripts[i]);
}
})();
(function() {
var links = document.getElementsByTagName('a');
for (var i = 0; i < links.length; i++) {
if (/^(https?:)?\/\//.test(links[i].getAttribute('href'))) {
links[i].target = '_blank';
}
}
})();
// adds .remark-code-has-line-highlighted class to <pre> parent elements
// of code chunks containing highlighted lines with class .remark-code-line-highlighted
(function(d) {
const hlines = d.querySelectorAll('.remark-code-line-highlighted');
const preParents = [];
const findPreParent = function(line, p = 0) {
if (p > 1) return null; // traverse up no further than grandparent
const el = line.parentElement;
return el.tagName === "PRE" ? el : findPreParent(el, ++p);
};
for (let line of hlines) {
let pre = findPreParent(line);
if (pre && !preParents.includes(pre)) preParents.push(pre);
}
preParents.forEach(p => p.classList.add("remark-code-has-line-highlighted"));
})(document);</script>
<script>
slideshow._releaseMath = function(el) {
var i, text, code, codes = el.getElementsByTagName('code');
for (i = 0; i < codes.length;) {
code = codes[i];
if (code.parentNode.tagName !== 'PRE' && code.childElementCount === 0) {
text = code.textContent;
if (/^\\\((.|\s)+\\\)$/.test(text) || /^\\\[(.|\s)+\\\]$/.test(text) ||
/^\$\$(.|\s)+\$\$$/.test(text) ||
/^\\begin\{([^}]+)\}(.|\s)+\\end\{[^}]+\}$/.test(text)) {
code.outerHTML = code.innerHTML; // remove <code></code>
continue;
}
}
i++;
}
};
slideshow._releaseMath(document);
</script>
<!-- dynamically load mathjax for compatibility with self-contained -->
<script>
(function () {
var script = document.createElement('script');
script.type = 'text/javascript';
script.src = 'https://mathjax.rstudio.com/latest/MathJax.js?config=TeX-MML-AM_CHTML';
if (location.protocol !== 'file:' && /^https?:/.test(script.src))
script.src = script.src.replace(/^https?:/, '');
document.getElementsByTagName('head')[0].appendChild(script);
})();
</script>
</body>
</html>