From 862208ea3a8c3c931f2a12661fab2d05222471e7 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Isaac Gravestock Date: Thu, 18 Jul 2024 12:14:53 +0200 Subject: [PATCH 1/2] add snapshot tests --- .pre-commit-config.yaml | 3 +- DESCRIPTION | 3 +- tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg | 1772 +++++++++++++++++ .../testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg | 991 +++++++++ .../_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg | 991 +++++++++ tests/testthat/test-plot_km.R | 81 + 6 files changed, 3839 insertions(+), 2 deletions(-) create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg create mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg diff --git a/.pre-commit-config.yaml b/.pre-commit-config.yaml index 9beaf36a..07f3482e 100644 --- a/.pre-commit-config.yaml +++ b/.pre-commit-config.yaml @@ -42,7 +42,8 @@ repos: .*\.rds| .*\.Rds| .*\.sh| - .*\.RData + .*\.RData| + .*\.svg )$ - id: lintr - id: readme-rmd-rendered diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 59d06623..31853e3c 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -32,7 +32,8 @@ Suggests: sandwich, survminer, flexsurv, - tibble + tibble, + vdiffr VignetteBuilder: knitr biocViews: diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg new file mode 100644 index 00000000..09f4e1d0 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg @@ -0,0 +1,1772 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +18 +20 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ + + ++ +A +C +A (weighted) +C (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs C) in the IPD trial +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +18 +20 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ +B +A +A (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs B) +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +18 +20 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ +C +B +Kaplan-Meier Curves +(B vs C) in the AgD trial +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +18 +20 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ +C (AgD) +C (IPD) +C (IPD,weighted) +Kaplan-Meier Curves of Common Comparator +C(IPD vs AgD Trial) +Endpoint: Overall Survival + + diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg new file mode 100644 index 00000000..1f03be94 --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg @@ -0,0 +1,991 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ +B +A +A (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs B) +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + +300 +136 +58 +30 +12 +8 +3 +1 +1 +500 +319 +211 +130 +84 +61 +31 +15 +12 +173 +120 +87 +61 +44 +35 +21 +11 +10 + + +- +- +- +Number at risk + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ +C (AgD) +C (IPD) +C (IPD,weighted) +Kaplan-Meier Curves of Common Comparator +C(IPD vs AgD Trial) +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + +500 +228 +128 +66 +35 +23 +8 +3 +2 +500 +232 +111 +67 +44 +28 +21 +13 +7 +500 +232 +111 +67 +44 +28 +21 +13 +7 + + +- +- +- +Number at risk + + diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg new file mode 100644 index 00000000..762aa3be --- /dev/null +++ b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg @@ -0,0 +1,991 @@ + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ + + ++ + + ++ +A +C +A (weighted) +C (weighted) +Kaplan-Meier Curves +(A vs C) in the IPD trial +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + +500 +232 +111 +67 +44 +28 +21 +13 +7 +500 +319 +211 +130 +84 +61 +31 +15 +12 +173 +120 +87 +61 +44 +35 +21 +11 +10 +173 +72 +39 +28 +18 +7 +6 +3 +2 + + +- +- +- +- +Number at risk + + + + + + + + + + + + + + + + + + + + ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ ++ + + + +0.00 +0.25 +0.50 +0.75 +1.00 + + + + + + + + + + + + + + + +0 +2 +4 +6 +8 +10 +12 +14 +16 +Time +Overall Survival + +Treatment + + ++ + + ++ +C +B +Kaplan-Meier Curves +(B vs C) in the AgD trial +Endpoint: Overall Survival + + + + + + + + + + + + + + + + + + +500 +228 +128 +66 +35 +23 +8 +3 +2 +300 +136 +58 +30 +12 +8 +3 +1 +1 + + +- +- +Number at risk + + diff --git a/tests/testthat/test-plot_km.R b/tests/testthat/test-plot_km.R index 5da6cd79..d9aa2f4a 100644 --- a/tests/testthat/test-plot_km.R +++ b/tests/testthat/test-plot_km.R @@ -22,3 +22,84 @@ test_that("ph_diagplot_schoenfeld works without error", { ) expect_equal(original_par, par()) }) + +test_that("kmplot2 works", { + skip_if_not_installed("vdiffr") + + data(weighted_twt) + data(adtte_twt) + data(pseudo_ipd_twt) + + # plot by trial + expect_warning( + vdiffr::expect_doppelganger( + title = "kmplot2_by_trial", + fig = function() { + kmplot2( + weights_object = weighted_twt, + tte_ipd = adtte_twt, + tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, + trt_ipd = "A", + trt_agd = "B", + trt_common = "C", + trt_var_ipd = "ARM", + trt_var_agd = "ARM", + endpoint_name = "Overall Survival", + km_conf_type = "log-log", + km_layout = "by_trial", + time_scale = "month", + break_x_by = 2 + ) + } + ), + "select_" + ) + + + + # plot by arm + vdiffr::expect_doppelganger( + title = "kmplot2_by_am", + fig = function() { + kmplot2( + weights_object = weighted_twt, + tte_ipd = adtte_twt, + tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, + trt_ipd = "A", + trt_agd = "B", + trt_common = "C", + trt_var_ipd = "ARM", + trt_var_agd = "ARM", + endpoint_name = "Overall Survival", + km_conf_type = "log-log", + km_layout = "by_arm", + time_scale = "month", + break_x_by = 2 + ) + } + ) + + # plot all + vdiffr::expect_doppelganger( + title = "kmplot2_all", + fig = function() { + kmplot2( + weights_object = weighted_twt, + tte_ipd = adtte_twt, + tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, + trt_ipd = "A", + trt_agd = "B", + trt_common = "C", + trt_var_ipd = "ARM", + trt_var_agd = "ARM", + endpoint_name = "Overall Survival", + km_conf_type = "log-log", + km_layout = "all", + time_scale = "month", + break_x_by = 2, + xlim = c(0, 20), + show_risk_set = FALSE + ) + } + ) +}) From 3867432c460e7fffffb5735fdf95190a54ba7150 Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: Isaac Gravestock Date: Thu, 18 Jul 2024 12:21:14 +0200 Subject: [PATCH 2/2] Revert "add snapshot tests" This reverts commit 862208ea3a8c3c931f2a12661fab2d05222471e7. --- .pre-commit-config.yaml | 3 +- DESCRIPTION | 3 +- tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg | 1772 ----------------- .../testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg | 991 --------- .../_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg | 991 --------- tests/testthat/test-plot_km.R | 81 - 6 files changed, 2 insertions(+), 3839 deletions(-) delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg delete mode 100644 tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg diff --git a/.pre-commit-config.yaml b/.pre-commit-config.yaml index 07f3482e..9beaf36a 100644 --- a/.pre-commit-config.yaml +++ b/.pre-commit-config.yaml @@ -42,8 +42,7 @@ repos: .*\.rds| .*\.Rds| .*\.sh| - .*\.RData| - .*\.svg + .*\.RData )$ - id: lintr - id: readme-rmd-rendered diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION index 31853e3c..59d06623 100644 --- a/DESCRIPTION +++ b/DESCRIPTION @@ -32,8 +32,7 @@ Suggests: sandwich, survminer, flexsurv, - tibble, - vdiffr + tibble VignetteBuilder: knitr biocViews: diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg deleted file mode 100644 index 09f4e1d0..00000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-all.svg +++ /dev/null @@ -1,1772 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -18 -20 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ - - -+ -A -C -A (weighted) -C (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs C) in the IPD trial -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -18 -20 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ -B -A -A (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs B) -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -18 -20 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ -C -B -Kaplan-Meier Curves -(B vs C) in the AgD trial -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -18 -20 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ -C (AgD) -C (IPD) -C (IPD,weighted) -Kaplan-Meier Curves of Common Comparator -C(IPD vs AgD Trial) -Endpoint: Overall Survival - - diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg deleted file mode 100644 index 1f03be94..00000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-am.svg +++ /dev/null @@ -1,991 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ -B -A -A (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs B) -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - -300 -136 -58 -30 -12 -8 -3 -1 -1 -500 -319 -211 -130 -84 -61 -31 -15 -12 -173 -120 -87 -61 -44 -35 -21 -11 -10 - - -- -- -- -Number at risk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ -C (AgD) -C (IPD) -C (IPD,weighted) -Kaplan-Meier Curves of Common Comparator -C(IPD vs AgD Trial) -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - -500 -228 -128 -66 -35 -23 -8 -3 -2 -500 -232 -111 -67 -44 -28 -21 -13 -7 -500 -232 -111 -67 -44 -28 -21 -13 -7 - - -- -- -- -Number at risk - - diff --git a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg b/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg deleted file mode 100644 index 762aa3be..00000000 --- a/tests/testthat/_snaps/plot_km/kmplot2-by-trial.svg +++ /dev/null @@ -1,991 +0,0 @@ - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ - - -+ - - -+ -A -C -A (weighted) -C (weighted) -Kaplan-Meier Curves -(A vs C) in the IPD trial -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - -500 -232 -111 -67 -44 -28 -21 -13 -7 -500 -319 -211 -130 -84 -61 -31 -15 -12 -173 -120 -87 -61 -44 -35 -21 -11 -10 -173 -72 -39 -28 -18 -7 -6 -3 -2 - - -- -- -- -- -Number at risk - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ -+ - - - -0.00 -0.25 -0.50 -0.75 -1.00 - - - - - - - - - - - - - - - -0 -2 -4 -6 -8 -10 -12 -14 -16 -Time -Overall Survival - -Treatment - - -+ - - -+ -C -B -Kaplan-Meier Curves -(B vs C) in the AgD trial -Endpoint: Overall Survival - - - - - - - - - - - - - - - - - - -500 -228 -128 -66 -35 -23 -8 -3 -2 -300 -136 -58 -30 -12 -8 -3 -1 -1 - - -- -- -Number at risk - - diff --git a/tests/testthat/test-plot_km.R b/tests/testthat/test-plot_km.R index d9aa2f4a..5da6cd79 100644 --- a/tests/testthat/test-plot_km.R +++ b/tests/testthat/test-plot_km.R @@ -22,84 +22,3 @@ test_that("ph_diagplot_schoenfeld works without error", { ) expect_equal(original_par, par()) }) - -test_that("kmplot2 works", { - skip_if_not_installed("vdiffr") - - data(weighted_twt) - data(adtte_twt) - data(pseudo_ipd_twt) - - # plot by trial - expect_warning( - vdiffr::expect_doppelganger( - title = "kmplot2_by_trial", - fig = function() { - kmplot2( - weights_object = weighted_twt, - tte_ipd = adtte_twt, - tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, - trt_ipd = "A", - trt_agd = "B", - trt_common = "C", - trt_var_ipd = "ARM", - trt_var_agd = "ARM", - endpoint_name = "Overall Survival", - km_conf_type = "log-log", - km_layout = "by_trial", - time_scale = "month", - break_x_by = 2 - ) - } - ), - "select_" - ) - - - - # plot by arm - vdiffr::expect_doppelganger( - title = "kmplot2_by_am", - fig = function() { - kmplot2( - weights_object = weighted_twt, - tte_ipd = adtte_twt, - tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, - trt_ipd = "A", - trt_agd = "B", - trt_common = "C", - trt_var_ipd = "ARM", - trt_var_agd = "ARM", - endpoint_name = "Overall Survival", - km_conf_type = "log-log", - km_layout = "by_arm", - time_scale = "month", - break_x_by = 2 - ) - } - ) - - # plot all - vdiffr::expect_doppelganger( - title = "kmplot2_all", - fig = function() { - kmplot2( - weights_object = weighted_twt, - tte_ipd = adtte_twt, - tte_pseudo_ipd = pseudo_ipd_twt, - trt_ipd = "A", - trt_agd = "B", - trt_common = "C", - trt_var_ipd = "ARM", - trt_var_agd = "ARM", - endpoint_name = "Overall Survival", - km_conf_type = "log-log", - km_layout = "all", - time_scale = "month", - break_x_by = 2, - xlim = c(0, 20), - show_risk_set = FALSE - ) - } - ) -})