Home

We discuss software infrastructure of the Imagen project.

Recruitment and acquisition centres

The Imagen project is a longitudinal study with 4 time points so far:

ID	Time point	Age
BL	baseline	14
FU1	follow-up 1	16
FU2	follow-up 2	19
FU3	follow-up 3	22

The databank team collect, curate, and publish data from the following recruitment and acquisition centres:

ID	CENTRE
01	LONDON
02	NOTTINGHAM
03	DUBLIN
04	BERLIN
05	HAMBURG
06	MANNHEIM
07	PARIS
08	DRESDEN

Documentation

Documentation inherited from the initial database team for baseline (BL) and follow-up 1 (FU1) is available via SFTP on the Imagen database server.

┌──────────────────────────────────────────────┬─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┐
│                                              │ Benjamin Thyreau                                    │ 2010-09-24 │
│ fmri_current_v1.pdf                          ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ fmri model setting and contrasts list                            │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Jean-Baptiste Poline                                │ 2010-10-18 │
│ QCgenotypeBatch12-1.pdf                      ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ This document describes the quality check on the SNP data        │
│                                              │ ie which subjects were removed and why.                          │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Alexis Barbot                                       │ 2010-11-03 │
│ Database_handling_Berlin_workshop_slides.pdf ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ Slides of the presentation done at Berlin workshop               │
│                                              │ on Database Handling ( 28th of October 2010 )                    │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Benjamin Thyreau                                    │ 2011-01-13 │
│ processings_faq.pdf                          ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ FAQ on imaging data processings                                  │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Alexis Barbot                                       │ 2011-03-08 │
│ Gender_and_age_inclusion_schema.pdf          ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ Some explanations regarding age and gender,                      │
│                                              │ where does it come from and how can it be missing.               │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Alexis Barbot                                       │ 2011-07-28 │
│ Genetic_qc_readme.txt                        ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ Description of the various files from the genetic qc.            │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Alexis Barbot                                       │ 2012-04-10 │
│ parzen_outlier_scores.txt                    ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ Details about the fMRI Contrasts Parzen outlier scores           │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Maren Struve                                        │ 2012-04-12 │
│ WP4_SOP_Annex_instruments_variable_names.pdf ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ This is a document describing the instruments and their variable │
│                                              │ names It can also be found in millarium as WP4_SOP_Annex.doc     │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Jean-Baptiste Poline                                │ 2012-04-25 │
│ freesurfer_QC.rst                            ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ A description of the freesurfer Quality Check data               │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Jean-Baptiste Poline                                │ 2012-08-01 │
│ check_estimable.py                           ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ A python script to help finding the non estimable contrast.      │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Jean-Baptiste Poline                                │ 2012-08-01 │
│ R_check_estimable.rc                         ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ An R extract to help finding the non estimable contrasts.        │
├──────────────────────────────────────────────┼─────────────────────────────────────────────────────┬────────────┤
│                                              │ Hervé Lemaître                                      │ 2013-11-28 │
│ DTIpreprocessing.pdf                         ├─────────────────────────────────────────────────────┴────────────┤
│                                              │ Processings details and authorships                              │
└──────────────────────────────────────────────┴──────────────────────────────────────────────────────────────────┘