From 23b331f3c29a780d8265b0a4aa7eff3fd2a9e12b Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: iprada Date: Mon, 26 Aug 2019 15:56:47 +0200 Subject: [PATCH] Update numba requirements on setup.py --- circlemap/__version__.py | 2 +- setup.py | 2 +- tests/profiling_output.txt | 7978 ------------------- tests/profiling_output_v2.txt | 7978 ------------------- tests/profiling_output_v3.txt | 8869 ---------------------- tests/temp_files_1/peaks.bed | 3551 --------- tests/temp_files_1/profiling_output.bed | 0 tests/temp_files_1/test_chunk_sorting.py | 30 - 8 files changed, 2 insertions(+), 28408 deletions(-) delete mode 100644 tests/profiling_output.txt delete mode 100644 tests/profiling_output_v2.txt delete mode 100644 tests/profiling_output_v3.txt delete mode 100644 tests/temp_files_1/peaks.bed delete mode 100644 tests/temp_files_1/profiling_output.bed delete mode 100644 tests/temp_files_1/test_chunk_sorting.py diff --git a/circlemap/__version__.py b/circlemap/__version__.py index 6df8ed0..e9e169e 100644 --- a/circlemap/__version__.py +++ b/circlemap/__version__.py @@ -1 +1 @@ -__version__ = '1.1.0' \ No newline at end of file +__version__ = '1.1.1' \ No newline at end of file diff --git a/setup.py b/setup.py index 4ef47bb..1949b04 100644 --- a/setup.py +++ b/setup.py @@ -31,7 +31,7 @@ packages=find_packages(), install_requires=[ 'pysam>=0.15.2','pybedtools>=0.8.0','pandas>=0.24.2','biopython>=1.73','numpy>=1.16.3', - 'edlib>=1.2.3','numba>=0.43.1','tqdm>=4.31.1','scipy>=1.2.1' + 'edlib>=1.2.3','numba>=0.45.0','tqdm>=4.31.1','scipy>=1.2.1' ], entry_points={ 'console_scripts': [ diff --git a/tests/profiling_output.txt b/tests/profiling_output.txt deleted file mode 100644 index f1f8b40..0000000 --- a/tests/profiling_output.txt +++ /dev/null @@ -1,7978 +0,0 @@ - -Running Circle-Map realign - -Clustering structural variant reads - - -Splitting coverage file to cores - - 393538332 function calls (392006433 primitive calls) in 183.394 seconds - - Ordered by: standard name - - ncalls tottime 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