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title: "Parámetros de DM"
author: "Joel Ricci López"
date: "10/10/2019"
output: html_document
---
```{#numCode .R .numberLines}
#############################################################
## MINIMIZACION: Prueba 1L2Y ##
#############################################################
# Archivo de parámetors para realizar dinámica molecular con namd
# NOTE: No incluir acentos
#############################################################
## PARÁMETROS AJUSTABLES ##
#############################################################
## Declara el nombre del archivo .pdb y psf (sin extenciones)
set inputname tc5b_wb
## Lee los archivos de coordenadas (pdb) y topologia (psf)
structure $inputname.psf
coordinates $inputname.pdb
## set restart min_eq
## Nombre de los archivos de salida
outputName ${inputname}_min
set temperature 0
# Continua una simulacion desde un archivo restart 0 = NO, 1 = SI
# En este caso no usamos archivos restart
if {0} {
binCoordinates $restart.restart.coor
# Si se incluyen velocidades se debe remover temperatura
# Pues esta esta ya dada por la velocidad de los atomos del archivo restart
binVelocities $restart.restart.vel
extendedSystem $restart.restart.xsc
}
binaryoutput off
firsttimestep 0
#############################################################
## PARAMETROS DE SIMULACION ##
#############################################################
# Archivos de parametros de Charmm
paraTypeCharmm on
# Dirección del archivo de parametros
parameters ./par_all27_prot_lipid.prm ;
## NOTE: No usar temperatura para velocidades iniciales
## si se ha especificado un archivo .vel!
## Considera que al minimizar, este parametro no es usado
temperature $temperature
## Condiciones periódicas de frontera
## NOTE: No especificar cell basis si tambien se especifica
## un archivo .xsc!
if {1} {
cellBasisVector1 61.51300048828125 0.0 0.0
cellBasisVector2 0.0 63.739999771118164 0.0
cellBasisVector3 0.0 0.0 51.224998474121094
cellOrigin 19.30879020690918 25.521724700927734 5.089336395263672
}
wrapWater on
wrapAll on
## Parámetros de campo de fuerza
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5
## Parámetros de integracion
timestep 1.0 # t de integracion en fs
rigidBonds water # all/ none /water
stepspercycle 10 # pasos por ciclo de eval.
nonbondedFreq 1 # Freq de eval. para pares no enlazados
fullElectFrequency 2 # Freq de eval. para inter. elec.
## PME (for full-system periodic electrostatics)
## El tamaño del grid determina parcilamente la exactitud
## y eficiencia del PME. Por velocidad, PMEGridSize_ deberia
## tener dimensiones cuyos factores sean enteros pequeños (2, 3 and 5).
if {1} {
PME yes
PMEGridSizeX 64 ;# 2**6
PMEGridSizeY 64 ;# 2**6
PMEGridSizeZ 64 ;# 2**6
}
#############################################################
## EXECUTION SCRIPT ##
#############################################################
# Minimization de 10000 pasos
minimize 10000
exit
```
```{#numCode .R .numberLines}
#############################################################
## CALENTAMIENTO NVT: Prueba 1L2Y ##
#############################################################
## Escribe aquí los comentarios necesarios para describir el trabajo
#############################################################
## PARÁMETROS AJUSTABLES ##
#############################################################
## Declara el nombre del archivo .pdb y psf (sin extenciones)
set inputname tc5b_wb
## Lee los archivos de coordenadas (pdb) y topologia (psf)
structure $inputname.psf
coordinates $inputname.pdb
## Ahora si se utiliza un archivo restart, el de la minimizacion
set restart ${inputname}_min
## Nombre de los archivos de salida
outputName ${inputname}_heat
set temperature 0
# Continua una simulacion desde un archivo restart 0 = NO, 1 = SI
if {1} {
binCoordinates $restart.restart.coor
## Si se incluyen velocidades se debe remover temperatura
## Pues esta esta ya dada por la velocidad de los atomos del archivo restart
## No se utilizan velocidades pues el restart de la minimizacion no las genera
## Pero si usamos el archivo .xsc con los datos de las dimensiones de la caja
# binVelocities $restart.restart.vel
extendedSystem $restart.restart.xsc
}
binaryoutput off
firsttimestep 0
#############################################################
## PARAMETROS DE SIMULACION ##
#############################################################
# Archivos de parametros de Charmm
paraTypeCharmm on
parameters ./par_all27_prot_lipid.prm
## NOTE: No usar temperatura para velocidades iniciales
## si se ha especificado un archivo .vel!
temperature $temperature
## Condiciones periódicas de frontera
## NOTE: No especificar cell basis si tambien se especifica
## un archivo .xsc! En este caso ponemos "0" pues el archivo
## restart contiene también las dim del sistema
if {0} {
cellBasisVector1 61.51300048828125 0.0 0.0
cellBasisVector2 0.0 63.739999771118164 0.0
cellBasisVector3 0.0 0.0 51.224998474121094
cellOrigin 19.30879020690918 25.521724700927734 5.089336395263672
}
wrapWater on
wrapAll on
## Parámetros de campo de fuerza
exclude scaled1-4
1-4scaling 1.0
cutoff 12.
switching on
switchdist 10.
pairlistdist 13.5
## Parámetros de integracion
timestep 1.0 # t de integracion en fs
rigidBonds water # all/ none /water
stepspercycle 10 # pasos por ciclo de eval.
nonbondedFreq 1 # Freq de eval. para pares no enlazados
fullElectFrequency 2 # Freq de eval. para inter. elec.
## PME (for full-system periodic electrostatics)
## El tamaño del grid determina parcilamente la exactitud
## y eficiencia del PME. Por velocidad, PMEGridSize_ deberia
## tener dimensiones cuyos factores sean enteros pequeños (2, 3 and 5).
if {1} {
PME yes
PMEGridSizeX 64 ;# 2**6
PMEGridSizeY 64 ;# 2**6
PMEGridSizeZ 64 ;# 2**6
}
# Termostato
langevin on ;# do langevin dynamics
langevinDamping 5 ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps
langevinTemp $temperature
langevinHydrogen no ;# don't couple langevin bath to hydrogens
## Barsostato: Constant Pressure Control (variable volume)
## Si estos parametros se ejecutan ( = "1") se realizara una simulacion NPT
## De otro modo, si = "0", se realiza una simulacion NVT
# Para SA usaremos NVT
if {0} {
useGroupPressure yes ;# needed for 2fs steps
useFlexibleCell no ;# no for water box, yes for membrane
useConstantArea no ;# no for water box, yes for membrane
langevinPiston on
langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm
langevinPistonPeriod 100.0
langevinPistonDecay 50.0
langevinPistonTemp $temperature
}
## Intervalo de guardado de las coordenadas y archivos
restartfreq 10000 ;# 500steps = every 1ps
dcdfreq 10000
xstFreq 10000
outputEnergies 10000
outputPressure 10000
#############################################################
## SCRIPT DE EJECUCION: SIMULATED ANNEALING ##
#############################################################
## Asigna velocidades a la temperatura dada
reinitvels $temperature
## Ejecuta por 10000 pasos = 10 ps
## run 10000
## temperatura mínima de inicio
set temp_min 0
## tempratura máxima
set temp_max 400
## temperatura final de la DM
set temp_final 310
## ------------------------
## PARTE 1: Incrementar en 50 intervalos de 0 a 400K durante 100 ps
### Número total de pasos, intervalos, incremento y pasos por intervalo para dcada ciclo
set stps 100000
set intv 50
set incremento_temp [expr ($temp_max - $temp_min)/$intv]
set stps_by_intv [expr $stps/$intv]
for { set temperature $temp_min } { $temperature <= $temp_max } { incr temperature $incremento_temp } {
reassignTemp $temperature
langevinTemp $temperature
run $stps_by_intv
}
# -------------------------
# PARTE 2: Mantiene la temperatura a 400K por 100 ps
run 100000
# -------------------------
# PARTE 3: Disminuye en 50 intervalos la Temp de 400K a 310K en 0.2 ns
# temperature == 400
set temp_final 310
set stps 200000
set intv 50
set decremento_temp [expr ($temp_final - $temp_max)/$intv]
set stps_by_intv [expr $stps/$intv]
for { set temperature $temp_max } { $temperature >= $temp_final } { incr temperature $decremento_temp } {
reassignTemp $temperature
langevinTemp $temperature
run $stps_by_intv
}
# -------------------------
# PARTE 4: Templado - > Mantiene a 310K por 600 000 fs por 0.6 ns
run 600000
# -----
# Tiempo total de Simulated annealing : 1 ns
```