add_data.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 6,
   "metadata": {
    "collapsed": true,
    "pycharm": {
     "name": "#%%\n"
    }
   },
   "outputs": [],
   "source": [
    "import os\n",
    "from pathlib import Path\n",
    "\n",
    "from monty.json import MontyDecoder\n",
    "\n",
    "import json\n",
    "\n",
    "from monty.serialization import loadfn\n",
    "from pymongo import MongoClient\n",
    "from tqdm import tqdm\n",
    "\n",
    "def get_database(config_file=None, settings=None, admin=False, **kwargs):\n",
    "    # copied from atomate\n",
    "    d = loadfn(config_file) if settings is None else settings\n",
    "\n",
    "    try:\n",
    "        user = d[\"admin_user\"] if admin else d[\"readonly_user\"]\n",
    "        passwd = d[\"admin_password\"] if admin else d[\"readonly_password\"]\n",
    "    except (KeyError, TypeError, ValueError):\n",
    "        user = None\n",
    "        passwd = None\n",
    "\n",
    "    if \"authsource\" in d and \"authsource\" not in kwargs:\n",
    "        kwargs[\"authsource\"] = d[\"authsource\"]\n",
    "\n",
    "    conn = MongoClient(host=d[\"host\"], port=d[\"port\"], username=user,\n",
    "                       password=passwd, **kwargs)\n",
    "    db = conn[d[\"database\"]]\n",
    "\n",
    "    return db"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 7,
   "outputs": [
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "0it [00:00, ?it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "K2PbO2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "1it [00:00,  1.28it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Cs3AlGe2O7\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "3it [00:01,  2.08it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "RbTlO2\n",
      "KTlO\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "5it [00:01,  3.80it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "LaCuO2\n",
      "NbBO4\n",
      "K2HgO2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "8it [00:02,  5.67it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "TiBi2O5\n",
      "Ga2PbO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "10it [00:02,  6.26it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "LiSbO3\n",
      "Sr5(AuO4)2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "12it [00:02,  6.95it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "MgV2O6\n",
      "ReAgO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "14it [00:02,  7.16it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Cs2CeO3\n",
      "Ba2Bi2O5\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "16it [00:03,  6.38it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "BaCeO3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "17it [00:03,  3.48it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CrPb2O5\n",
      "Na2MoO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "19it [00:04,  4.78it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Ba2ScCuO4\n",
      "RbNa2BO3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "21it [00:04,  5.31it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Mg3(AsO4)2\n",
      "Cd2Sb2O7\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "23it [00:04,  5.75it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "BaLa2PdO5\n",
      "LaAgO2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "25it [00:05,  6.46it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Ba2ZnWO6\n",
      "Y6WO12\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "27it [00:05,  7.09it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Na2ReO3\n",
      "SrPbO3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "28it [00:05,  7.21it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CsAlSiO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "30it [00:05,  6.22it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CaMg(SiO3)2\n",
      "SrSn(BO3)2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "31it [00:05,  6.94it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "K3Y(BO3)2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "33it [00:06,  5.79it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "As2PbO4\n",
      "RbNb(GeO3)3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "35it [00:06,  6.33it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "RbSc(MoO4)2\n",
      "Na2TiGeO5\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "37it [00:06,  6.91it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Sr2Mg(BO3)2\n",
      "TaTl(GeO3)3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "39it [00:07,  7.01it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CrHgO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "40it [00:07,  3.56it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Rb2ZrO3\n",
      "Al4Bi2O9\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "42it [00:08,  4.62it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Hg2WO4\n",
      "CdSnO3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "44it [00:08,  5.48it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "K4HfO4\n",
      "Sr2Zr7O16\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "46it [00:08,  5.70it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "SrSnO3\n",
      "Na4SnO3\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "47it [00:08,  5.69it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "NaInO2\n",
      "K2BeO2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
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      "49it [00:09,  6.77it/s]"
     ]
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "SrCrO4\n"
     ]
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     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
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      "51it [00:09,  4.41it/s]"
     ]
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "NaAlO2\n",
      "Ca2PbO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "53it [00:10,  5.32it/s]"
     ]
    },
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "K2ZrO3\n",
      "KNbWO6\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "55it [00:10,  5.58it/s]"
     ]
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Ba2LaBiO6\n",
      "Na3AgO2\n"
     ]
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      "57it [00:10,  5.85it/s]"
     ]
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     "text": [
      "Sr2YNbO6\n",
      "NaBi(MoO4)2\n"
     ]
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    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "59it [00:11,  5.53it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "RbTaO3\n",
      "SrGePbO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "61it [00:11,  5.30it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "NaSrBO3\n",
      "Ba2ZrO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "63it [00:12,  3.61it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "NaTaGeO5\n",
      "Li3AsO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "65it [00:12,  4.62it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Mg4Nb2O9\n",
      "Rb6CdO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "67it [00:12,  5.10it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "K2Zn(GeO3)2\n",
      "Rb2LiVO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "69it [00:13,  5.12it/s]"
     ]
    },
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "RbY(WO4)2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "71it [00:13,  5.61it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Na3Sc(BO3)2\n",
      "Li3AuO3\n",
      "BaTi(AsO4)2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "73it [00:13,  5.55it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CsBeAsO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "75it [00:14,  6.59it/s]"
     ]
    },
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CsTlO\n",
      "Ba4Bi2O\n",
      "HgO\n"
     ]
    },
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     "name": "stderr",
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      "77it [00:14,  7.47it/s]"
     ]
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     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Na2BeB2O5\n",
      "SrHgO2\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "79it [00:14,  7.97it/s]"
     ]
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    {
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     "output_type": "stream",
     "text": [
      "LaAsO3\n",
      "ScTl(MoO4)2\n"
     ]
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      "81it [00:14,  8.27it/s]"
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     "text": [
      "Cs2Pb2O3\n"
     ]
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     "name": "stderr",
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      "82it [00:15,  4.38it/s]"
     ]
    },
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      "408it [01:13,  8.24it/s]"
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      "680it [01:59,  7.30it/s]"
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      "KNaV2O6\n"
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      "681it [01:59,  4.44it/s]"
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     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Cs2Zr(SiO3)3\n",
      "InSbO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "920it [02:39,  6.23it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "RbTlO\n",
      "Rb6Ti2O7\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "922it [02:40,  5.58it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "KBi(WO4)2\n",
      "Ba2In2O5\n"
     ]
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      "924it [02:40,  5.45it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
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     "text": [
      "Cs3SbO3\n",
      "BaBe2(BO3)2\n"
     ]
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     "name": "stderr",
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     "text": [
      "925it [02:40,  5.83it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
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     "text": [
      "RbAlSiO4\n"
     ]
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    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "927it [02:41,  5.42it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
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     "text": [
      "MgAlBO4\n",
      "Si2Hg6O7\n"
     ]
    },
    {
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     "output_type": "stream",
     "text": [
      "929it [02:41,  6.45it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "CdMoO4\n",
      "Ba2InCuO4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "931it [02:41,  5.86it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "Ba3MgTaNbO9\n",
      "Cs2HfO3"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "933it [02:42,  5.81it/s]"
     ]
    },
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "\n",
      "KLaTiO4\n",
      "La3HfGa5O14\n"
     ]
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     "text": [
      "935it [02:42,  4.89it/s]"
     ]
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     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "NaLiV2O6\n",
      "RbMgBO3\n"
     ]
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     "output_type": "stream",
     "text": [
      "937it [02:42,  5.75it/s]"
     ]
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    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "YAl3(BO3)4\n"
     ]
    },
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "db = get_database(\"/Users/kumagai/pacman_db.json\", admin=True)\n",
    "decoder = MontyDecoder()\n",
    "\n",
    "path = \"/Users/kumagai/oxy_vac_data/oxygen_vacancies_db_data\"\n",
    "\n",
    "for dvd in tqdm(db.defect_visual_data.find({}, {\"_id\": 0})):\n",
    "    formula = dvd[\"formula\"]\n",
    "\n",
    "#    with open(f'{path}/{formula}/defect_visual_data.json', 'w') as fp:\n",
    "#        json.dump(dvd, fp)\n",
    "\n",
    "#    if os.path.exists(f'{path}/{formula}'):\n",
    "#        continue\n",
    "    print(formula)\n",
    "#    os.mkdir(f'data/{formula}')\n",
    "\n",
    "#    d = db.chem_pot_diag_data.find_one({\"formula\": formula}, {\"_id\": 0})[\"chem_pot_diag\"]\n",
    "#    with open(f'{path}/{formula}/chem_pot_diag.json', 'w') as fp:\n",
    "#        json.dump(d, fp)\n",
    "\n",
    "    d = db.bulk_visual_data.find_one({\"formula\": formula}, {\"_id\": 0})\n",
    "    d.pop(\"optical_gap\", None)\n",
    "    d.pop(\"diele_func\", None)\n",
    "    d.pop(\"shifted_diele_func\", None)\n",
    "    d.pop(\"effective_mass_pbesol\", None)\n",
    "    d.pop(\"ave_p_mass\", None)\n",
    "    d.pop(\"ave_n_mass\", None)\n",
    "    d.pop(\"p_mass_tensor\", None)\n",
    "    d.pop(\"n_mass_tensor\", None)\n",
    "    with open(f'{path}/{formula}/bulk_visual_data.json', 'w') as fp:\n",
    "        json.dump(d, fp)"
   ],
   "metadata": {
    "collapsed": false,
    "pycharm": {
     "name": "#%%\n"
    }
   }
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 32,
   "outputs": [
    {
     "name": "stderr",
     "output_type": "stream",
     "text": [
      "937it [01:59,  7.81it/s]\n"
     ]
    }
   ],
   "source": [
    "from glob import glob\n",
    "import shutil\n",
    "\n",
    "for dvd in tqdm(db.defect_visual_data.find({}, {\"_id\": 0})):\n",
    "    formula = dvd[\"formula\"]\n",
    "    for x in glob(f\"/Users/kumagai/psi/pacman/vesta_files/{formula}*tar.gz\"):\n",
    "#    for x in glob(f\"/Users/kumagai/psi/pacman/vesta_files/{formula}*vesta\"):\n",
    "        name = x.split(\"/\")[-1]\n",
    "        shutil.copyfile(x, f'data/{formula}/{name}')"
   ],
   "metadata": {
    "collapsed": false,
    "pycharm": {
     "name": "#%%\n"
    }
   }
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 33,
   "outputs": [],
   "source": [
    "# from pydefect.input_maker.supercell_info import SupercellInfo\n",
    "# for dvd in tqdm(db.defect_visual_data.find({}, {\"_id\": 0})):\n",
    "#     formula = dvd[\"formula\"]\n",
    "#     if os.path.exists(f'structure_info/{formula}'):\n",
    "#         continue\n",
    "#     os.mkdir(f'structure_info/{formula}')\n",
    "#     print(formula)\n",
    "#     d = db.defect_info.find_one({\"formula\": formula}, {\"_id\": 0})[\"supercell_info\"]\n",
    "#     supercell_info = SupercellInfo.from_dict(d)\n",
    "#     Path(f'structure_info/{formula}/cell_info.txt').write_text(supercell_info.__str__())\n",
    "#     Path(f'structure_info/{formula}/supercell.cif').write_text(supercell_info.structure.to(fmt=\"cif\"))"
   ],
   "metadata": {
    "collapsed": false,
    "pycharm": {
     "name": "#%%\n"
    }
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 "metadata": {
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   "display_name": "Python 3",
   "language": "python",
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  "language_info": {
   "codemirror_mode": {
    "name": "ipython",
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   "name": "python",
   "nbconvert_exporter": "python",
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