analyse-R/analyse-des-correspondances-multiples

[utterances-bot]

Analyse des correspondances multiples (ACM)

http://larmarange.github.io/analyse-R/analyse-des-correspondances-multiples.html

[petitscarabee010]

bonjour, merci pour ces explications et présentation de différentes fonctions. Avec FactomineR, il y a possibilité d'indiquer des variables explicatives qui ne participent pas à la construction des axes, Par exemple ici cela aurait pu être le sexe et le niveau d'étude. Or il semble qu'ici, vous indiquiez toutes les variables au même niveau (activités, sexe, niveau d'étude...). Du coup je m'interroge : quand est-il utile ou non de différencier ces types de variables ? Et est-ce qu'ade4 permet la même différenciation ? Merci beaucoup pour ce support

[larmarange]

Bonjour,

l'intérêt de ces variables additionnelles est justement de ne pas les prendre en compte dans l'analyse, notamment si on utilise l'ACM pour construire ensuite un indicateur composite (voir CAH).

Par exemple, on pourrait faire une ACM avec seulement des variables d'activités et n'utiliser des variables sociodémographiques qu'en variable additionnelle.

Avec ade4, vous pouvez déjà voir comment se projette une variable additionnelle avec des fonctions graphiques comme s.class().

Si vous voulez calculer les coordonnées de ces variables additionnelles, alors vous pouvez utiliser la fonction ade4::supcol().

Bien cordialement

[guillaumeandeol]

Bonjour,
lorsque vous dites que l'ACM est sensible aux effectifs faibles, à partir de quel effectif (par exemple en % de la population totale) faut il se méfier à votre avis ?
Cordialement

[larmarange]

L'ACM est sensible aux classes peu représentées dans la population, puisque la distance entre individus dépend des distributions marginales (voir le chapitre sur la CAH).

Dès lors, les classes peu présentes dans l'échantillon ont tendance à être très excentrées dans le plan factoriel. Ce n'est pas forcément un problème, tout dépend de ce que l'on cherche à regarder. Est-on plus intéressé à identifier les atypiques ou cherche-t-on plutôt à identifier les tendances générales ?

Selon les cas de figure, on cherchera à regrouper certaines modalités peu représentées ensemble. Mais il n'y a pas de règle particulière.

Vous pouvez également réaliser deux ACM, l'une sans regroupement et l'autre avec regroupements, pour voir dans quelle mesure les résultats changent et si cela change votre lecture des résultats.

Cordialement

[ley59]

Bonjour,

Tout d'abord un grand merci pour les aides fournies, qui ont accéléré ma compréhension lors de mon apprentissage de R.

J'aurais voulu savoir quelles étaient les manipulations à réaliser pour effectuer une ACM sur des données pondérées.

En vous remerciant d'avance,
Cordialement
Leïla Ramiz

[larmarange]

Vous pouvez indiquer des poids avec l'argument row.w des fonctions ade4::dudi.acm() et FactoMineR::MCA()

[carlaalten]

Bonjour,

Je rebondis sur la réponse à cette question.
J'essaye également de faire une ACM sur données pondérées avec la fonction MCA. Cependant, je ne parviens pas à comprendre ce que l'on doit indiquer à la suite de row.w. S'agit-il de la variable de pondération ? auquel cas, comment la renseigner dans l'objet utilisé pour faire l'ACM dans la mesure où la prendre en compte rajoute une colonne non prise dans en compte (ni comme variable active ni supplémentaire) ?

En espérant que ma question est clairement posée, je vous remercie par avance pour votre aide.
Cordialement,
Carla Altenburger

[larmarange]

Vous indiquez un vecteur de poids.

Supposons que vous avez un tableau d avec 4 variables nommées v1, v2, v3 et v4 (variables que vous voulez inclure dans l'ACM) et une colonne poids (votre tableau de données a donc 5 colonnes).

Vous ne passez que les 4 premières colonnes à dudi.acm() dans le paramètre df et vous passez le vecteur de poids d$poids à row.w

dudi.acm(
  df = d %>% select(starts_with("v")), 
  row.w = d$poids
)

[valb5]

Bonjour
Merci pour cette présentation. Suite à l'ACM, nous souhaiterions réaliser des régressions en utilisant les facteurs associés à chacune des dimensions. Quel paramètre doit-on prendre ? et comment les extraire sous R ? Merci

[adrienACM]

Bonjour,
Comment faire pour indiquer le nom des individus (ou de certains individus) dans les nuages de points ? Autrement dit, comment remplacer les étiquettes individuelles sous forme de nombre (1, 20, 81, etc.) par des étiquettes sous forme de texte (Jean, Pierre, Vincent, etc.) ?
Merci

[larmarange]

Avant d'appeler dudi.acm(), vous pouvez donner un nom à chaque individu avec row.names (chaque nom doit être unique). Ce nom sera utilisé par fviz_mca_ind().

Cdlt

[lisakaly]

Merci pour ce manifique site!
Comment peut-on appliquer une analyse en composante principale (ACP) à une série temporelle ?

[larmarange]

Voir https://fr.quora.com/Comment-peut-on-appliquer-une-analyse-en-composante-principale-ACP-%C3%A0-une-s%C3%A9rie-temporelle

De la même façon qu’à tout autre jeu de données multivariable, la coordonnée “temps” sera juste traitée comme un variable classique ajoutée dans la liste (ou pas).

Si vous voulez traiter le temps comme coordonnée,il faut aller vers autre chose que l’ACP. Voir vers les Statistiques Spatiales ou la Géostatistique par exemple.

[priestmuhindo]

Merci pour ce didacticiel très enrichissant!
Comment pouvons-nous utiliser les résultats d'une acm pour construire l'index composite du quintile du bien être ;de la même manière que les analystes des EDS construisent cet index oh combien important dans dans la détermination de la richesse d'un ménage dans les pays en voie de développement?

[larmarange]

La méthode classique consiste à regarder la position des individus sur le premier axe de l'ACM. Cela donne un score numérique que l'on peut diviser en quintiles.
Cordialement

[priestmuhindo]

supposons que l'on veuille calculer cet index après avoir fait une acm.l'output de cette acm est stocké dans la variable a.a étant une liste de plusieurs objets ,lequel doit-on prendre pour la variable des scores.Faudrait-il prendre le sous-objet Li ou L1 et comment doit-on déterminer les limites des classes pour le classement des ménages?
Merci d'avance pour votre réponse

[larmarange]

Si vous avez utilisé ade4 (comme dans le chapitre), les coordonnées des individus sur le premier axe s'obtient avec acm$li[,1]

Cdlt

[priestmuhindo]

Merci pour cette orientation!!!!!!!Et pour les limites des classes ,comment se comporter?

[Eleanorpat]

Bonjour,
Une question par apport au modalité rare pour une Acm. Si parmi nos variables actives pour l'AcM beaucoup sont binaires (yes no) et que souvent une des deux modalités et nettement plus importante que l'autre (exemple plus de no que yes) dans ces cas là on ne peut regrouper les deux modalités (ou même faire une ventilation car on perdra le sens de la variable) donc cela pose til vraiment problème ?

[larmarange]

Le but de l'ACM est de visualiser les modalités dans un plan factoriel. Si pour une variable binaire, vous avez peu de oui (ou peu de non) cela veut dire qu'il y a des personnes atypiques sur cette variable et le but de l'ACM est justement de le visualier.

[larmarange]

Est-ce que c'est possible de faire de l'AFCM avec les données pondérées "svy" ?

La fonction weights() (https://rdrr.io/cran/survey/man/weights.survey.design.html) appliquée à un objet survey permet de récupérer les poids des individus.

Lors de la réalisation de l'ACM, il est possible de passer à dudi.acm() cette liste de poids via l'argument row.w (cf. https://rdrr.io/cran/ade4/man/dudi.acm.html)

[lisakaly]

Est-il possible de faire une Analyse du composant principal dans le but de reduire des nombreuses variables a l'essentiel pour des mesures repetees?

[larmarange]

euhhhhh vous auriez un exemple plus concret ?

[AngeAT]

Bonjour Mr Larmarange. Svp je suis entrain de faire une analyse multiniveau, et j'aimerai créer une variable contextuelle à partir d'une ACM afin de l'inclure dans un modèle linéaire généralisé mixte, j'ai vu que cela se faisait avec le logiciel Stata, et j'aimerai le faire avec R, mais je n'arrive pas à m'en sortir. Je voudrais donc savoir si vous aviez une idée, que vous m'aidiez svp.
J'espère que vous me suivez un peu, il s'agit d'une base de données dans laquelle les individus sont dans une zone démographique, et un individu par exemple peut vivre dans un milieu pauvre alors que ce dernier a un indice de richesse elevé. cela me permettra de savoir si son milieu a une impact sur son comportement. Merci beaucoup Mr Larmarange.

[larmarange]

Je ne suis pas sur de bien comprendre ce que vous cherchez à faire.

Vous voulez créer une typologie des zones de recensement ? Dans ce cas, vous devez créer un tableau des zones de recensement avec vos variables d'intérêt, réaliser une ACM puis une CAH à partir des résultats de l'ACM.

[AngeAT]

Merci de me répondre Mr. Je m'explique. L'objectif est d'attribuer une nouvelle variable à chaque individu en s'appuyant sur les résultats de l'ACM. Pour placer les zones de dénombrement sur une échelle de richesse relative continue (afin que chaque zone de dénombrement ait un niveau de richesse précis), je veux créer une variable composite statut de richesse à partir de l'ACM. Désolé de vous ennuyer. Le jeu. 30 mars 2023 à 13:33, Joseph Larmarange ***@***.***> a écrit :

…

Je ne suis pas sur de bien comprendre ce que vous cherchez à faire. Vous voulez créer une typologie des zones de recensement ? Dans ce cas, vous devez créer un tableau des zones de recensement avec vos variables d'intérêt, réaliser une ACM puis une CAH à partir des résultats de l'ACM. — Reply to this email directly, view it on GitHub <#145 (reply in thread)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/A63H6GAVPK2RZEAGPEVEV4LW6WDS5ANCNFSM5IY6SFFA> . You are receiving this because you commented.Message ID: ***@***.***>

[larmarange]

Vous avez deux possibilités :

• soit utiliser le score de chaque individu sur le premier axe 1 de l'ACM (ce que l'on fait typiquement pour les quintiles de richesse)
• soit réaliser une CAH à la suite pour créer un etypologie

[AngeAT]

Ok Mr. C'est parfait et comment pourrais je le faire si ce n'est pas trop vous demander car vous en aviez fait assez. Juste une piste sur les codes et je vais me débrouiller pour la suite vu que c'est une nouvelle poste pour moi. Merci beaucoup Mr. Le jeu. 30 mars 2023, 15:00, Joseph Larmarange ***@***.***> a écrit :

…

Vous avez deux possibilités : - soit utiliser le score de chaque individu sur le premier axe 1 de l'ACM (ce que l'on fait typiquement pour les quintiles de richesse) - soit réaliser une CAH à la suite pour créer un etypologie — Reply to this email directly, view it on GitHub <#145 (reply in thread)>, or unsubscribe <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/A63H6GAAAQK6B5ITESIZMW3W6WN2NANCNFSM5IY6SFFA> . You are receiving this because you commented.Message ID: ***@***.***>

[AngeAT]

Merci Mr pour les indications, je pense avoir fait ce que vous aviez dit. Merci encore pour votre promptitude. Le jeu. 30 mars 2023 à 15:08, Ariane Tako ANGE ***@***.***> a écrit :

…

Ok Mr. C'est parfait et comment pourrais je le faire si ce n'est pas trop vous demander car vous en aviez fait assez. Juste une piste sur les codes et je vais me débrouiller pour la suite vu que c'est une nouvelle poste pour moi. Merci beaucoup Mr. Le jeu. 30 mars 2023, 15:00, Joseph Larmarange ***@***.***> a écrit : > Vous avez deux possibilités : > > - soit utiliser le score de chaque individu sur le premier axe 1 de > l'ACM (ce que l'on fait typiquement pour les quintiles de richesse) > - soit réaliser une CAH à la suite pour créer un etypologie > > — > Reply to this email directly, view it on GitHub > <#145 (reply in thread)>, > or unsubscribe > <https://github.com/notifications/unsubscribe-auth/A63H6GAAAQK6B5ITESIZMW3W6WN2NANCNFSM5IY6SFFA> > . > You are receiving this because you commented.Message ID: > ***@***.***> >

[AngeAT]

Bonjour Mr Larmarange.
Svp j'aimerai savoir comment on fait pour vérifier la colinearité entre les variables à partir d'une ACM si cela est possible.
Merci

[A1991b16]

Bonjour Mr Larmarange.
Je voudrais construire l'indice de richesse pour les enquêtés dans le cadre d'une étude que nous avons réalisée grâce à l'ACP. Vous avez un exemple de code à me proposé pour avoir une idée sur la faisabilité.

[larmarange]

Bonjour,

voici un example de code, à adapter à votre contexte :

library(ade4)
library(tidyverse)

# Sélection des variables et réalisation d'une Analyse factorielle
# avec dudi.mix() si variables catégorielles et continues
# avec dudi.acm() si variables catgéorielles seulement

acm <- 
  jeu_de_donnees |>
  select(everything())|> # adapter selon le cas
  dudi.acm(scannf = FALSE)

# récupération du score sur l'axe 1
jeu_de_donnees$wealthness_score <- acm$li$Axis1

# création des quintiles
jeu_de_donnees <- 
  jeu_de_donnees |> 
  mutate(
    wealthness_quintiles = cut(
      wealthness_score, 
      breaks = c(-Inf, quantile(wealthness_score, probs = c(.2, .4, .6, .8)), Inf)
    )
    
# il faut vérifier ensuite l'ordre des quintiles (le premier correspond-il
# aux ménages riches ou pauvres) en croisant les quintiles avec les variables
# ayant servi à la construction du score

[A1991b16]

Merci

[ftkaz001]

Pour déterminer l’indice de richesse voici les questions qui ont été posées :

• Quelle est la principale source d'eau potable pour les membres de votre ménage ? (Eau du Robinet, Puits à pompe ou forage, Puits creusé : Puits protégé, Puits creusé : Puits non protégé, Eau de source : Source protégée, Eau de source : Source non protégée, Eau de pluie, Camion-citerne, Eau de surface (rivière / barrage/ lac / Bassin / cours d’eau / canal / canaux d’irrigation), Eau en bouteille, Eau en sachet, Ne sait pas)

• Quelle sont les matériaux principaux utilisés dans la construction des murs extérieures de votre logement ? (Pas de mur Bambou/cane/palme/tronc, Terre battue, Bambou avec boue, Pierres avec boue, Adobe non recouvert, Contre-plaqué, Carton, Bois de récupération, Ciment, Pierres avec chaux/ciment, Briques, Blocs de ciment, Adobe recouvert, Planche en bois/shingles, Autres, Ne sait pas)

• Quel est le matériau principal du sol de votre logement ? (Terre/Sable, Bouse, Planches En Bois, Palmes/Bambou, Parquet Ou Bois Ciré, Bandes De Vinyle/Asphalte, Carrelage, Ciment, Moquette, Autres, Ne sait pas)

• Quel type de combustible votre ménage utilise-t-il principalement pour cuisiner ? (Charbon, Bois, Plaque, Réchaud à gaz, Autres)

• Quel sont les matériaux principaux du toit de votre logement ? (Pas de Toit, Chaume/Palmes/Feuilles, Mottes De Terre, Nattes, Palmes/Bambou, Planches En Bois, Carton, Tôle, Bois, Zinc/Fibre de Ciment, Tuiles, Ciment, Shingles, Autres)

• Pouvez-vous m'indiquer quels éléments possède votre ménage ? (Electricité, Poste radio, Télévision, Montre, Téléphone portable, Panneau solaire, Batterie) (réponse à plusieurs choix).

1. J'ai fait une ACP avec les modalités codées en numérique et le score sur le premier axe a été considéré comme l'indice de richesse. Mon problème se situe au niveau de l'interprétation. Est ce que les individus qui ont des scores élevés seront considérés plus riche que ceux qui ont un score moins élevé? Ensuite si nous interchangeons de codage en numérique, est ce que nous obtiendrons toujours les mêmes résultats par rapport aux individus?

2. La classification ascendante hiérarchique n'est pas plus adaptée qu'une ACP?

[larmarange]

Pour le point 1 : on ne peut pas le savoir a priori. Il faut croiser votre score avec vos variables de départ pour déterminer si une valeur positive représente les riches ou les pauvres.

Pour le point 2 : j'aurais plutôt fait une ACM ou une Analyse Mixte qu'une ACP car vos variables sont catégorielles. Ensuite, la classification vous donnera des classes qui ne seront pas forcément hiérarchisées. Votre score permet d'avoir un seul axe des plus pauvres aux plus riches et de calculer des quintiles