このチュートリアルを独習したい場合は、以下を視聴して学習してください。
- はじめに
- Blenderのインストールと Molecular Nodes アドオンの設定
- Blenderの起動と Molecular Nodes の有効化
- 分子の読み込み
- 表示スタイルの変更
- ライトとカメラの設定
- レンダリングと出力
- 終わりに
Blenderは、オープンソースの3DCG制作ソフトウェアとして広く知られているが、Molecular Nodesアドオンを使用することで、分子構造の可視化ツールとしても強力な機能を発揮する。このアドオンは、Brady Johnston氏によって開発されている。従来の分子可視化ソフトウェアとは異なり、Blenderの高度な3DCG機能を活用することで、写実的なレンダリングや複雑なアニメーションの作成が可能になっている。Blenderのノードベースのワークフローを使う。通常のBlenderの可視化と同じように、直感的な操作で(？)複雑な分子構造を表現し、高品質な画像やアニメーションを生成できる(はず)。
このチュートリアルでは、Molecular Nodesアドオンの基本的な使い方を学び、Blenderを用いた分子構造の可視化の基礎を習得することを目指す。
基本的にはドキュメントに沿って進めていく。
- Blenderの公式ウェブサイト( https://www.blender.org/ )にアクセスし、最新版をダウンロードする。
- ダウンロードしたインストーラを実行し、画面の指示に従ってBlenderをインストールする。
- Molecular Nodesアドオンの公式GitHubページ( https://github.com/BradyAJohnston/MolecularNodes )にアクセスする。
- 「Releases」ボタンをクリックし、「Download ZIP」を選択してアドオンをダウンロードする。その際に Blender と同じバージョン番号のものをインストールする。
- ダウンロードしたZIPファイルを解凍せずに保存しておく。(BlenderではZIPのままアドオンインストールするため)
- Blenderを起動する。
- 「Edit」→「Preferences」を選択する。
- 「Add-ons」タブを選択し、右上の「Install」ボタンをクリックする。
- 先ほどダウンロードしたMolecular NodesのZIPファイルを選択し、「Install Add-on」をクリックする。
- インストールが完了したら、検索欄に「Molecular」と入力し、「Molecular Nodes」アドオンのチェックボックスをオンにして有効化する。
- Preferencesウィンドウを閉じる。
- Blenderのメインウィンドウで、「Add」→「Molecular Nodes」→「Import PDB」を選択する。
- ファイルブラウザが開くので、読み込みたいPDBファイルを選択し、「Import PDB」をクリックする。
- 分子構造がシーンに読み込まれ、自動的に基本的な表示スタイルが適用される。
- 読み込んだ分子オブジェクトを選択する。
- 右側のプロパティパネルで「Molecular Nodes」タブを探す。
- 「Style」ドロップダウンメニューから、希望する表示スタイル（例：Ball and Stick、Spacefill、Ribbonなど）を選択する。
- 各スタイルに応じて表示される追加オプションを調整して、見た目をカスタマイズする。
https://youtu.be/S6aAvxUx2ko?si=_YDhf4kOHr50_We_&t=2980 を参考にする
- 「Output Properties」タブで、出力解像度、フレームレート、ファイル形式を設定する。
- 「Render Properties」タブで、レンダリングエンジン（EveeまたはCycles）を選択し、サンプル数などの品質設定を調整する。
- 「Render」→「Render Image」（静止画の場合）または「Render Animation」（動画の場合）を選択してレンダリングを開始する。
- レンダリングが完了したら、指定した出力先に保存されたファイルを確認する。
この文章はCaulde 3.5 Sonnet の Artifacts と協力して作成しました。