From be8c133d1c5dbde88594e7f89ecc74106f1f491c Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Matthew L. Fidler" Date: Tue, 28 Nov 2023 08:23:17 -0600 Subject: [PATCH 1/2] Update exports --- man/reexports.Rd | 1 + src/RcppExports.cpp | 106 ++++++++++++++++++++++---------------------- src/par_solve.cpp | 2 +- 3 files changed, 55 insertions(+), 54 deletions(-) diff --git a/man/reexports.Rd b/man/reexports.Rd index f1310e9e9..365c14ab7 100644 --- a/man/reexports.Rd +++ b/man/reexports.Rd @@ -82,3 +82,4 @@ below to see their documentation. \item{rxode2random}{\code{\link[rxode2random:dot-cbindOme]{.cbindOme}}, \code{\link[rxode2random:dot-expandPars]{.expandPars}}, \code{\link[rxode2random:dot-vecDf]{.vecDf}}, \code{\link[rxode2random]{cvPost}}, \code{\link[rxode2random]{invWR1d}}, \code{\link[rxode2random]{phi}}, \code{\link[rxode2random]{rinvchisq}}, \code{\link[rxode2random]{rLKJ1}}, \code{\link[rxode2random]{rxGetSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxGetSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxRmvn}}, \code{\link[rxode2random]{rxSeedEng}}, \code{\link[rxode2random]{rxSetSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxSetSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxSetSeed}}, \code{\link[rxode2random:rxWithSeed]{rxWithPreserveSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxWithSeed}}, \code{\link[rxode2random]{rxWithSeed}}} }} +\value{ Inherited from parent routine } diff --git a/src/RcppExports.cpp b/src/RcppExports.cpp index 0432f25fd..796b4ba1d 100644 --- a/src/RcppExports.cpp +++ b/src/RcppExports.cpp @@ -67,7 +67,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxExpandGrid_(SEXP c1SEXP, SEXP c2SEXP, SEXP typeSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -102,7 +102,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxExpandSens_(SEXP stateSEXP, SEXP calcSensSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -138,7 +138,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxExpandSens2_(SEXP stateSEXP, SEXP s1SEXP, SEXP s2SEXP) if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -175,7 +175,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxExpandFEta_(SEXP stateSEXP, SEXP netaSEXP, SEXP predSE if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -209,7 +209,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxRepR0_(SEXP netaSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -245,7 +245,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxExpandNesting(SEXP objSEXP, SEXP nestingInfoSEXP, SEXP if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -291,7 +291,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxIs(SEXP objSEXP, SEXP clsSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -325,7 +325,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_getRxFn(SEXP nameSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -359,7 +359,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_dynLoad(SEXP dllSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -393,7 +393,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxModelVars_(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -428,7 +428,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxState(SEXP objSEXP, SEXP stateSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -462,7 +462,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxParams_(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -496,7 +496,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxDfdy(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -530,7 +530,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxLhs(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -570,7 +570,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxInits(SEXP objSEXP, SEXP vecSEXP, SEXP reqSEXP, SEXP d if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -605,7 +605,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSetupIni(SEXP objSEXP, SEXP initsSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -641,7 +641,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSetupScale(SEXP objSEXP, SEXP scaleSEXP, SEXP extraArg if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -674,7 +674,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_atolRtolFactor_(SEXP factorSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -735,7 +735,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSimThetaOmega(SEXP paramsSEXP, SEXP omegaSEXP, SEXP om if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -768,7 +768,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolveFree() { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -809,7 +809,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolve_(SEXP objSEXP, SEXP rxControlSEXP, SEXP specPara if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -843,7 +843,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolveDollarNames(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -879,7 +879,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolveGet(SEXP objSEXP, SEXP argSEXP, SEXP exactSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -915,7 +915,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolveUpdate(SEXP objSEXP, SEXP argSEXP, SEXP valueSEXP if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -956,7 +956,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSolveSEXP(SEXP objSSEXP, SEXP rxControlSSEXP, SEXP spe if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -989,7 +989,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxRmModelLib_(SEXP strSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1023,7 +1023,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxGetrxode2(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1057,7 +1057,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxIsCurrent(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1090,7 +1090,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxAssignPtr(SEXP objectSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1124,7 +1124,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxDll(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1158,7 +1158,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxC(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1192,7 +1192,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxIsLoaded(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1226,7 +1226,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxDynLoad(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1260,7 +1260,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxLock(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1294,7 +1294,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxUnlock(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1328,7 +1328,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxAllowUnload(SEXP allowSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1361,7 +1361,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxUnloadAll_() { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1395,7 +1395,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxDynUnload(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1429,7 +1429,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxDelete(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1463,7 +1463,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_setRstudio(SEXP isRstudioSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1497,7 +1497,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_setProgSupported(SEXP isSupportedSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1530,7 +1530,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_getProgSupported() { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1566,7 +1566,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxUpdateTrans_(SEXP retSEXP, SEXP prefixSEXP, SEXP libNa if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1600,7 +1600,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_dropUnitsRxSolve(SEXP xSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1634,7 +1634,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSetSilentErr(SEXP silentSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1668,7 +1668,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxInv(SEXP matrixSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1705,7 +1705,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSymInvChol(SEXP invObjOrMatrixSEXP, SEXP thetaSEXP, SE if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1741,7 +1741,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxSymInvCholEnvCalculate(SEXP objSEXP, SEXP whatSEXP, SE if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1786,7 +1786,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_isNullZero(SEXP objSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1820,7 +1820,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_rxErf(SEXP vSEXP) { if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1859,7 +1859,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_binomProbsPredVec_(SEXP nSEXP, SEXP mSEXP, SEXP YSEXP, S if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1897,7 +1897,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_binomProbs_(SEXP xSEXP, SEXP probsSEXP, SEXP naRmSEXP, S if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; @@ -1936,7 +1936,7 @@ RcppExport SEXP _rxode2_meanProbs_(SEXP xSEXP, SEXP probsSEXP, SEXP naRmSEXP, SE if (rcpp_isError_gen) { SEXP rcpp_msgSEXP_gen = Rf_asChar(rcpp_result_gen); UNPROTECT(1); - Rf_error(CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); + Rf_error("%s", CHAR(rcpp_msgSEXP_gen)); } UNPROTECT(1); return rcpp_result_gen; diff --git a/src/par_solve.cpp b/src/par_solve.cpp index ad2a10fb0..31a828423 100644 --- a/src/par_solve.cpp +++ b/src/par_solve.cpp @@ -368,7 +368,7 @@ extern "C" SEXP _rxProgressAbort(SEXP str){ par_progress_0=0; if (rxt.d != rxt.n || rxt.cur != rxt.n){ rxSolveFreeC(); - Rf_errorcall(R_NilValue, CHAR(STRING_ELT(str,0))); + Rf_errorcall(R_NilValue, "%s", CHAR(STRING_ELT(str,0))); } return R_NilValue; } From e419c7a2b4765c01d704244b0fa0784893bb424d Mon Sep 17 00:00:00 2001 From: "Matthew L. Fidler" Date: Wed, 29 Nov 2023 13:37:03 -0600 Subject: [PATCH 2/2] xgxr fixes --- NEWS.md | 7 +++++++ R/plot.R | 28 +++++++++++++++++++++++++++- 2 files changed, 34 insertions(+), 1 deletion(-) diff --git a/NEWS.md b/NEWS.md index 8b75fdd5b..00e47ae03 100644 --- a/NEWS.md +++ b/NEWS.md @@ -11,6 +11,9 @@ - "dop853" now uses the `hmax`/`h0` values from the `rxControl()` or `rxSolve()`. This may change some ODE solving using "dop853" +- When not specified (and xgxr is available), the x axis is no longer + assumed to be in hours + ## New features - User defined functions can now be R functions. For many of these R @@ -151,6 +154,10 @@ mu-referencing style to run the optimization. - Bug fix for some covariate updates that may affect multiple compartment models (like issue #581) +## Maintenance fixes + +- Modify plot code to work with development `xgxr` + # rxode2 2.0.14 - CRAN requested that FORTRAN `kind` be changed as it was not portable; diff --git a/R/plot.R b/R/plot.R index 54512602b..2bb1f6175 100644 --- a/R/plot.R +++ b/R/plot.R @@ -121,6 +121,9 @@ rxTheme <- function(base_size = 11, base_family = "", if (!.xgxr) { return(NULL) } + if (is.null(.unit)) { + return(NULL) + } .timex <- xgxr::xgx_scale_x_time_units(.unit) if (inherits(.timex, "list")) { .w <- which(sapply(seq_along(.timex), function(x) { @@ -134,11 +137,34 @@ rxTheme <- function(base_size = 11, base_family = "", } if (inherits(.dat$time, "units")) { .unit <- as.character(units(.dat$time)) + .unitNames <- c(s="second", + sec="second", + second="second", + min="minute", + minute="minute", + h="hour", + hr="hour", + hour="hour", + d="day", + day="day", + days="day", + week="week", + weeks="week", + month="month", + months="month", + year="year", + years="year", + yr="year") + .unit <- setNames(.unitNames[.unit], NULL) + if (is.na(.unit)) { + .timex <- .xgxrT(NULL) + .xlab <- xlab(xlab) + } .dat$time <- .dropUnits(.dat$time) .timex <- .xgxrT(.unit) .xlab <- xlab(sprintf("%s [%s]", xlab, .unit)) } else { - .timex <- .xgxrT("h") + .timex <- .xgxrT(NULL) .xlab <- xlab(xlab) } list(timex=.timex, xlab=.xlab, dat=.dat)