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# Repositórios da Ciência Aberta {#sec-osf}

No contexto da CA, existem diversos repositórios disponíveis, cada um com suas funções e propósitos específicos. Esses repositórios são essenciais para promover a transparência, acessibilidade e colaboração na pesquisa científica. Eles assumem um papel crucial na democratização do conhecimento e na promoção da colaboração científica. Cada qual com suas particularidades, oferecem aos pesquisadores ferramentas para armazenar, compartilhar e gerenciar dados, publicações e outros materiais de pesquisa, ou se preferir, todo o ciclo de vida da pesquisa.

-   [**Zenodo**](https://www.zenodo.org): é um repositório gerido pelo CERN em colaboração com o projeto [OpenAIRE](https://www.openaire.eu/) da União Europeia. Oferece armazenamento gratuito e seguro para dados de pesquisa, com a capacidade de gerar DOIs para facilitar a citação dos dados.
-   [**Figshare**](https://www.figshare.com): é um repositório comercial que permite aos pesquisadores armazenar, compartilhar e descobrir dados de pesquisa. Oferece ferramentas para visualização de documentos, gráficos e outros tipos de dados diretamente no navegador, além de gerar DOIs para os projetos.
-   [**Mendeley Data**](https://data.mendeley.com): é um repositório de dados de pesquisa da Elsevier, permitindo o armazenamento, compartilhamento e citação de conjuntos de dados. Ele suporta uma ampla gama de tipos de dados e está integrado com a plataforma de referência Mendeley.
-   [**Harvard Dataverse**](https://dataverse.harvard.edu): é uma rede de repositórios que permite aos pesquisadores compartilhar, armazenar e citar dados de pesquisa. Ele oferece ferramentas avançadas para a gestão de dados, incluindo controle de versões e metadados ricos, essenciais para o gerenciamento do ciclo de vida da pesquisa.
-   [**arXiv**](https://arxiv.org): é um repositório de pré-impressões de artigos científicos em física, matemática, ciência da computação e outras áreas. Ele permite aos pesquisadores compartilhar seus trabalhos antes da revisão por pares, facilitando o acesso à pesquisa em estágios iniciais.
-   [**Github**](https://github.com): é uma plataforma de desenvolvimento colaborativo baseada em Git, amplamente utilizada por pesquisadores para compartilhar código, documentos e outros materiais de pesquisa. Ele oferece controle de versões, rastreamento de problemas e integração com outras ferramentas de desenvolvimento.

Além desses exemplos, poderíamos citar outras soluções que cumprem papeis semelhantes ou focado em certas disciplinas: [Databrary](https://databrary.org), [DataverseNO](https://dataverse.no), [DataONE](https://dataone.org), [DataCite](https://datacite.org), [DataHub](https://datahub.io), [DataMed](https://datamed.org), [DataShare](https://datashare.is.ed.ac.uk), [DataVerse](https://dataverse.org), [Dryad](https://datadryad.org), [EarthChem](https://earthchem.org), [EUDAT](https://eudat.eu), [European Nucleotide Archive (ENA)](https://www.ebi.ac.uk/ena/browser/home), [GenBank](https://ncbi.nlm.nih.gov/genbank), [Google Dataset Search](https://datasetsearch.research.google.com), [HathiTrust Research Center](https://hathitrust.org), [ICPSR](https://icpsr.umich.edu), [JSTOR Data for Research](https://jstor.org), [National Center for Biotechnology Information (NCBI)](https://ncbi.nlm.nih.gov), [National Institutes of Health (NIH) Data Sharing Repositories](https://nih.gov), [National Oceanographic Data Center (NODC)](https://data.noaa.gov), [PLOS ONE](https://plos.org), [PubMed Central](https://ncbi.nlm.nih.gov/pmc), [Research Data Australia](http://researchdata.ands.org.au) e [UK Data Service](https://ukdataservice.ac.uk); e em última instância, as redes sociais acadêmicas como [Academia.edu](https://academia.edu), [Google Scholar](https://scholar.google.com), [ORCID](https://orcid.org) e [ResearchGate](https://researchgate.net), também podem ser usadas para compartilhar e descobrir pesquisas.

A despeito de todas essas opções, vamos focar na plataforma [**Open Science Framework (OSF)**](https://osf.io/) para a realização do nosso curso. O **OSF** é uma plataforma de código aberto para colaboração em pesquisa, que oferece uma estrutura para conectar os fluxos de trabalho de pesquisa, desde a concepção do projeto até a publicação. O **OSF** é mantido pelo [Center for Open Science (COS)](https://www.cos.io/), uma organização sem fins lucrativos com sede nos Estados Unidos. O **OSF** é um dos principais produtos do COS e é usado por pesquisadores de todo o mundo para colaborar em projetos de pesquisa.

O **OSF** oferece uma série de recursos para ajudar os pesquisadores a gerenciar seus projetos de pesquisa, incluindo:

-   **Criar projetos de pesquisa**: organizar seus estudos, incluindo metadados, datasets, materiais de pesquisa e publicações.
-   **Carregar e publicar dados**: armazenar e compartilhar seus dados de forma segura e acessível.
-   **Colaboração em equipe**: convidar colaboradores para participar do projeto, atribuir tarefas e acompanhar o progresso.
-   **Integração com outras ferramentas**: conectar a armazenamentos nas nuvens (Box, DropBox, Google Drive e OneDrive), gerenciadores de referências (Zotero e Mendeley) e outros repositórios (Dataverse, Github, figsahre, etc).

O **OSF** tem um foco mais amplo em todo o ciclo de vida da pesquisa, desde a concepção da ideia até a publicação dos resultados (@fig-osf-researchcycle). Já algumas das soluções citadas foca principalmente no compartilhamento de dados e publicações. O **OSF** oferece ferramentas mais robustas para colaboração em equipe, como wikis, painéis de discussão e ferramentas de gerenciamento de tarefas, e principalmente, possui uma comunidade mais ativa de pesquisadores e colaboradores.

[![OSF Research Lifecycle](img/osf-researchcycle.png){#fig-osf-researchcycle fig-align="center"}](https://help.osf.io/article/583-getting-to-know-the-osf-the-basics)

O material utilizado nesse módulo do curso segue de perto a proposta de @olson2022, um [projeto oficial do COS](https://osf.io/yaqe8/) que possui recursos, modelos e práticas para ajudar os pesquisadores a iniciar sua jornada **OSF**. Claro que ele foi adaptado para nossos fins, principalmente, em decorrência do tempo destinado ao módulo.

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## *Bifurcando ou duplicando um projeto*

Você sabia que é possível executar um "*forking*" (criar uma cópia do projeto existente) ou "*duplicate as template*" (duplicar apenas a estrutura do projeto e seus componentes) de um projeto público no OSF?\vspace{0.5em}

Você que se interessa em iniciar seu próprio projeto OSF com um modelo, pode criar sua própria duplicata do projeto @olson2022 para começar!\vspace{0.5em}

Neste [projeto](https://osf.io/yaqe8/), existem templates e recursos básicos para diversos casos de uso encontrados no OSF; coordenação de equipes de pesquisa, planejamento de gerenciamento de dados, documentos reprodutíveis e até mesmo gerenciamento de cursos.
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Para os alunos que desejam uma leitura sobre o **OSF** na prática, indicamos os artigos de @sullivan2019 e @soderberg2018. Apesar de o leitor poder encontrar *prints* das telas da plataforma desatualizadas, esses dois artigos podem ser um bom começo para entender a lógica da plataforma. E *off course*, recomendamos fortemente você dar uma olhada no [suporte do **OSF**](https://help.osf.io/article/342-getting-started-on-the-osf), onde podemos encontrar vídeos introdutórios excelentes.

Esse curso poderia ter sido concebido e gerenciado dentro do **OSF**, no entanto, devido a proposta de apresentarmos também o [Git/Github](https://phdpablo.github.io/curso-open-science/05-git.html) e sua integração com documentos reprodutíveis no [RStudio/Quarto](https://phdpablo.github.io/curso-open-science/06-quarto.html), optamos por priorizar o repositório do Github. Por isso, que também nesse módulo passamos pelo [Zenodo](https://phdpablo.github.io/curso-open-science/00-prework.html#sec-zenodoprework), que integra com o Github e tem a capacidade de gerar DOIs para as versões dos repositórios.

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## *Open and Reproducible Research on Open Science Framework* (@tip-prompt)

O artigo [@sullivan2019] apresenta um protocolo para a implementação de práticas de Ciência Aberta (CA), com foco no uso do Open Science Framework (OSF). As principais ideias do texto são as seguintes:\vspace{0.5em}

-   A CA é um movimento que promove a transparência, a reprodutibilidade e a acessibilidade dos resultados de pesquisa;

-   As práticas de CA podem contribuir para a melhoria da qualidade da pesquisa científica, tornando-a mais confiável e robusta;

-   O OSF é uma plataforma gratuita e de código aberto que pode ser usada para implementar práticas de CA;\vspace{0.5em}

O protocolo apresentado no texto fornece instruções passo a passo para as seguintes práticas de CA:\vspace{0.5em}

-   **Planejamento de gerenciamento de dados**: O planejamento de gerenciamento de dados é essencial para garantir que os dados de pesquisa sejam armazenados, organizados e gerenciados de forma eficiente e eficaz. O OSF fornece ferramentas para ajudar os pesquisadores a planejar e implementar seus planos de gerenciamento de dados.

-   **Pré-registro de estudos**: O pré-registro de estudos é uma prática que consiste em publicar um plano de pesquisa antes de iniciar o estudo. Isso ajuda a garantir que o estudo seja realizado de forma objetiva e transparente. O OSF fornece um recurso para pré-registrar estudos.

-   **Controle de versão**: O controle de versão é uma prática que consiste em rastrear as alterações feitas em arquivos de texto. Isso ajuda a garantir que os resultados de pesquisa sejam reprodutíveis e que as alterações feitas nos dados sejam rastreáveis. O OSF fornece ferramentas para gerenciar o controle de versão de arquivos de pesquisa.

-   **Compartilhamento de dados e materias**: O compartilhamento de dados e materiais de pesquisa é uma prática importante para aumentar a transparência e a reprodutibilidade da pesquisa. O OSF fornece um repositório para compartilhar dados e materiais de pesquisa.

-   **Publicação de pré-impressões**: As pré-impressões são versões preliminares de artigos científicos que são publicadas online antes de serem revisados por pares. As pré-impressões podem ajudar a acelerar a divulgação da pesquisa e a promover o debate científico. O OSF fornece um repositório para publicar pré-impressões.\vspace{0.5em}

O artigo fornece informações valiosas para os pesquisadores que desejam implementar práticas de CA. O protocolo apresentado pode ser usado como um guia para implementar essas práticas de forma eficaz.
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