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title: "Produire des documents reproductibles avec R Markdown"
subtitle: "Partager code et documentation"
author:
- "Ronan Ysebaert, Timothée Giraud, Nicolas Lambert - UMS RIATE"
- "École thématique CNRS Sciences de l'information géographique reproductibles - 2021-06-27 (Saint Pierre d'Oléron)"
date: "Dernière mise à jour: `r Sys.Date()`"
output:
xaringan::moon_reader:
self_contained: true
css: ["default", "css/styles.css", "css/rutgers-tidyverse.css","css/rutgers-fonts_og.css"]
lib_dir: libs
nature:
highlightStyle: github
highlightLines: true
highlightSpans: true
countIncrementalSlides: false
ratio: "16:9"
seal: true
editor_options:
chunk_output_type: console
---
```{r setup, include=FALSE}
options(htmltools.dir.version = FALSE, crayon.enabled = TRUE)
knitr::opts_chunk$set(cache = TRUE,
fig.align='center',
message = FALSE,
warning = TRUE)
# install.packages("devtools")
# devtools::install_github("gadenbuie/countdown")
# devtools::install_github("mitchelloharawild/icons")
library(countdown)
library(icons)
#download_fontawesome()
```
## Objectifs
### Éléments théoriques
- Initiation au literate programming avec R Markdown.
- Bonnes pratiques en matière de reproductibilité et documentation de méthodes.
- Fournir des ressources de référence pour approfondir l'apprentissage.
- *DoItYourSelf* / *Self gratification*.
<br>
### Déroulé
.pull-left[
[Partie 1 - Literate programming ?](#part1)
[Partie 2. Initier un projet R Markdown avec RStudio](#part2)
[Partie 3. La syntaxe Markdown](#part3)
]
.pull-right[
[Partie 4. Bonnes pratiques (code)](#part4)
[Partie 5. Jouer du code dans du R Markdown](#part5)
]
---
## L'atelier - 2 possibilités en fonction de votre niveau de pratique de R
.pull-left[
### Débutant
Mobiliser un jeu de données disponible avec R (cars).
]
.pull-right[
### Confirmé
Caractériser l'environnement géographique des centres de vacances CNRS
```{r, echo = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE, fig.height = 5, fig.width= 7}
library(sf) # Manipulation de données spatiales
library(mapsf) # Représentations cartographiques
# Géolocalisation des centres
cent <- read.csv(file = "data/cnrs.csv")
cnrs <- st_as_sf(cent, coords = c("longitude", "latitude"), crs = 4326)
cnrs <- st_transform(cnrs, 2154)
# France
fr <- st_read(dsn = "data/fr.gpkg", layer = "fr", quiet = TRUE)
# Et cartographie
par(mar = c(0,0,0,0))
mf_theme("nevermind")
mf_map(fr, border = NA)
mf_map(cnrs, bg = "red", pch = 21, cex = 2, add = T)
mf_label(x = cnrs, var = "lieu", halo = TRUE, pos = 1,
overlap = FALSE, lines = FALSE, bg = "white", cex = 1)
mf_layout(title = "Les villages du CNRS",
credits = "Ecole Thématique SIG-R, RIATE, 2021", arrow = FALSE)
```
]
---
## L'atelier - 2 possibilités en fonction de votre niveau de pratique de R
.pull-left[
### Débutant
Mobiliser un jeu de données disponible avec R (cars).
]
.pull-right[
### Confirmé
3 représentations cartographiques possibles (population, pollution lumineuse, équipements touristiques à proximité)
```{r, echo = FALSE, message = FALSE, warning = FALSE, fig.height = 5, fig.width= 7}
# Import libraries
library(sf)
library(mapsf)
# Data import
com <- st_read(dsn = paste0("data/oleron.gpkg"), layer = "com", quiet = TRUE)
buf <- st_read(dsn = paste0("data/oleron.gpkg"), layer = "cnrsBuf", quiet = TRUE)
# Cartography - Municipal population
mf_map(buf, col = "lightblue", border = NA) # Analysis perimeter
mf_map(com, col = "white", add = TRUE) # Display muncipalities
mf_map(com, type = "prop", var = "POP_2019", leg_pos = "topleft", col = "grey34",
border = "white", leg_title = "Population 2019") # Map
mf_map(buf, col = NA, lwd = 2, add = TRUE) # Analysis perimeter contour
# Order higher values and display them
com <- com[order(com$POP_2019, decreasing = TRUE),]
mf_label(x = com[1:5,], var = "LAU_NAME", halo = TRUE, overlap = FALSE,
lines = FALSE, bg = "white") # Label des 5 communes les plus peuplées
# Map layout
mf_layout(title = paste0(round(sum(com$POP_2019),-2),
" habitants dans les bourgs des environs"),
credits = paste0("Ecole Thématique SIG-R, RIATE, 2021\n",
"Source : Eurostat - GISCO, 2021"), arrow = FALSE)
```
]
---
name: part1
class: inverse, center, middle
# Partie 1 - Literate programming ?
---
## Literate programming ?
**Paradigme de programmation** qui consiste à associer ensemble du code source (pour les ordinateurs) à de la documentation (pour les humains).</p>
- Un processus d'explication de la pensée : *Expliquer à des êtres humains ce que nous voulons que l'ordinateur fasse* ([Knuth, 1970](https://www-cs-faculty.stanford.edu/~knuth/lp.html)).
- Des programmes qui gagnent en qualité : une explication ininterrompue de la logique, à la manière d'un essai.
- Rend les mauvaises décisions de conception plus évidentes (détails souvent omis dans le code source).
- Permet de reprendre des analyses ultérieurement sans se perdre, même longtemps après.
- Orienté vers la transmission et le partage de connaissance (tutoriels, manuels).
Un gain général en **reproductibilité** de la démarche et en **ouverture** des méthodes scientifiques.
---
## Literate programming ?
.pull-left-c[
Associe un langage de programmation à un langage de balisage léger, dans un environnement de développement ou un document.
Premier environnement de literate programming : WEB (1981), combinaison de Pascal et TeX.
Une application sur l'analyse des nombres premiers.
]
.pull-right-c[
.leg-fig[
Présentation du système de documentation *WEB* par [Donald E. Knuth, Computer Journal (1984)](http://literateprogramming.com/knuthweb.pdf)
]
]
---
## Plusieurs solutions existent
| Nom | Langage supporté | Langage de balisage | Date de création |
|----------------------|-----------------------|---------------------------------------------------|------------------|
| [WEB](http://infolab.stanford.edu/pub/cstr/reports/cs/tr/83/980/CS-TR-83-980.pdf) | Pascal | TeX | 1981 |
| [CWEB](http://tug.ctan.org/info/knuth/cwebman.pdf) | C et C++ | TeX, LaTeX | 1987 |
| [Sweave](https://rpubs.com/YaRrr/SweaveIntro) | R | PDF | 2002 |
| [Knitr](https://github.com/yihui/knitr/releases/download/doc/knitr-manual.pdf) | R | LaTeX, PDF, LyX, HTML, Markdown, AsciiDoc, | 2012 |
| [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) | R, Python, Julia, SQL | Markdown | 2014 |
| [Jupiter Notebook](https://jupyter-notebook.readthedocs.io/en/stable/) | Python (kernel de défaut) | Markdown | 2014 |
| [Observable](https://observablehq.com/@observablehq/how-observable-runs?collection=@observablehq/overview) | JavaScript (librairie D3) | Markdown / LaTeX | 2018 |
--
Leur usage dépend...
.pull-left-c[
- Du langage de programmation supporté.
- De l'usage de la communauté.
- De la variété des formats de sortie proposés.
]
.pull-right-c[
- Des évolutions technologiques.
- De l'intégration dans un environnement de développement intégré (IDE).
]
---
## R Markdown
.pull-left-c[
Format de document initié en 2012 par **Yihui Xie** avec [knitr](https://github.com/yihui/knitr/releases/download/doc/knitr-manual.pdf) puis étendu dans le package [rmarkdown](https://cran.r-project.org/web/packages/rmarkdown/index.html) en 2014. Fait aujourd'hui référence dans l'écosystème de R.
Plusieurs objectifs :
- Compiler des documents R Markdown dans différents formats de sortie : PDF, HTML, Word.
- Pouvoir jouer du code R dans la documentation.
- Produire des sorties interactives (dahshboards) et des sorties de document "attractives".
- Produire facilement des manuels, sites Web.
]
.pull-right-c[
.leg-fig[
Présentations de *Yihui Xie* sur [R Markdown](https://vimeo.com/94181521) et ses [origines](http://datascience.la/yihui-xie-the-user-2014-interview/)
]
]
---
## R Markdown
`rmarkdown` repose sur une **large communauté d'utilisateurs et de développeurs** :
- En évolution constante (Yihui Xie est développeur logiciel à RStudio).
- Très bien documenté, des exemples clé en main, des modèles de mise en page (*templates*)
- Recours important à `rmarkdown` par d'autres packages R.
```{r, echo= FALSE, message=FALSE}
library(tools)
library(dplyr)
library(stringr)
library(purrr)
library(cranlogs)
library(kableExtra)
pdb <- tools:::CRAN_package_db()
# Package and indicators of interest
pack <- c("rmarkdown", "knitr", "bookdown", "rticles", "blogdown", "xaringan")
meta_data <- pdb[, c(1,2, 46, 5, 17, 60, 61, 63)]
meta_data <- meta_data[meta_data$Package %in% pack,]
names(meta_data) <- c("Package","Version", "Maintainer", "Import", "AutNB", "RevDepends", "RevImports", "RevSuggest")
# CLEAN THE AUTHOR'S FIELD
# Function to remove all text between two brackets
clean <- function(x){
gsub("\\[[^]]*]", "",x)
}
# Function to remove line breaks
clean2 <- function(x){
gsub("[\r\n]", "", x)
}
# Clean Author's field
meta_data$AutNB <- meta_data$AutNB %>% map(clean) %>% map(clean2)
rm_na <- function(x){
list(na.omit(unlist(x)))
}
# Process the fields (aggregate number)
c_dat1 <- seq_len(nrow(meta_data)) %>%
map_df(~{
meta_data[.x, ] %>%
select(-Package,-Version,-Maintainer) %>%
map_df(~ifelse(is.na(.x), 0, length(str_split(.x, ",")[[1]]))) %>%
mutate(Package = meta_data$Package[.x])
}) %>%
select(Package,Import, AutNB, RevDepends, RevImports,RevSuggest)
# Exctract info
c_dat2 <- meta_data[,c(1:3)]
# Downloads
c_dat3 <- cran_downloads(packages = pack, from = "2015-01-01", to = Sys.Date())
c_dat3 <- aggregate(c_dat3[,"count"],
by = list(Down = c_dat3$package),
FUN = sum)
# Output results
output <- cbind(c_dat2, c_dat1[,-1], c_dat3[,-1])
colnames(output)[9] <- "Down"
output <- output[match(pack, output$Package),]
output %>%
kable("html", row.names = FALSE) %>%
kable_styling(font_size = 16)
```
.leg-fig[
**Statistiques liées aux packages de l'environnement R Markdown** (*Import* : packages importés au chargement, *AutNB* : nombre d'auteurs, *RevDepends* : autres packages qui dépendent du package, *RevImports* : autres packages qui importent des fonctions du package, *RevSuggest* : autres packages qui suggèrent l'usage du package, *Down* : téléchargements depuis le 1er janvier 2015)
]
---
## Repose sur...
.pull-left-c[
- **[Markdown](https://www.markdownguide.org/getting-started/)**, un langage de balisage léger reconnu pour sa simplicité (John Gruber et Aaron Swartz, 2004)
- **R Markdown** : une variation du markdown spécifique à R et qui permet d'incorporer du code et de l'exécuter dans des *chunks*. C'est aussi un package.
- **knitr** : un package qui interprète le code (R/Python/Julia) contenu dans les chunks *chunks* ([Yihui Xie](https://github.com/yihui/knitr/releases/download/doc/knitr-manual.pdf))
- **Pandoc** : Un logiciel qui convertit le markdown (faiblement structuré) en langage balisé (fortement structuré). Installé automatiquement avec RStudio.
]
.pull-right-c[
.leg-fig[
[Source : FinistR2018](https://stateofther.github.io/finistR2018/atelier3_advancedrmd.html)
]
]
---
## Un document R Markdown type
Un fichier R Markdown contient 3 parties essentielles.
.pull-left.c[
- Des **métadonnées** associées au document (YAML - Yet Another Markup Language) : configuration des fichiers de sortie (format, css, bibliographie, métadonnées auteur, date de création, etc.)
- Du **texte**, qui décrit le cheminement de pensée : langage Markdown.
- Des **blocs de code** structurés, pour rendre reproductible l'analyse.
Ces trois éléments sont paramétrables pour produire des documents uniques.
]
.pull-right-c[
<p align="center"><img src="fig/rmardown.PNG" height= 300px width = 600px/></p>
.leg-fig[
[Source : RStudio](https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html)
]
]
---
## Des possibilités de sorties mutliples
.fig[
]
.leg-fig[
[Source : RStudio](https://rmarkdown.rstudio.com/lesson-1.html)
]
---
## Document R Markdown
Le modèle de document R Markdown standard de R Studio.
.pull-left-c[
<p align="left"><img src="fig/rmadkown_document_input.PNG" height= 450px width = auto/></p>
]
.pull-right-c[
<p align="right"><img src="fig/rmadkown_document_output.PNG" height= 450px width = auto/></p>
]
---
## Présentations
Le modèle de présentation R Markdown standard de R Studio ([`ioslides_presentation`](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/ioslides-presentation.html)).
.pull-left-c[
]
.pull-right-c[
]
---
## Présentations
Des packages dédiés à la réalisation de présentations, comme [`xaringan`](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/xaringan.html) ou [`revealjs`](https://github.com/rstudio/revealjs)
.pull-left-c[
.fig[
<p align="center"><img src="fig/xaringan.PNG" width="100%" height="100%"/></p>
]
.leg-fig[
[Présentation xaringan, Xie, 2021](https://slides.yihui.org/xaringan/#1)
]
]
.pull-right-c[
.fig[
<p align="center"><img src="fig/reveal-js.png" width="200%" height="200%"/></p>
]
.leg-fig[
[Create Stunning Presentations on the Web](https://revealjs.com/)
]
]
---
## Bookdown
Un [package](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/books.html) dédié à l'écriture de rapports et livres numériques longs. Repose sur la compilation de documents R Markdown.
.pull-left-c[
<p align="center"><img src="fig/cover_bookdown1.png" height= 350px width = auto/></p>
]
.pull-right-c[
<p align="center"><img src="fig/cover_bookdown2.png" height= 350px width = auto/></p>
]
.leg-fig[
[RMarkdown Cookbook (Xie, Dervieux, Riederer, 2021)](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/)
]
---
## Bookdown
Un [package](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/books.html) dédié à l'écriture de rapports et livres numériques longs. Repose sur la compilation de documents R Markdown.
.pull-left-c[
<p align="center"><img src="fig/cover_bookdown3.png" height= 350px width = auto/></p>
]
.pull-right-c[
<p align="center"><img src="fig/cover_bookdown4.png" height= 350px width = auto/></p>
]
.leg-fig[
[Geocomputation with R (Lovelace, Nowosad, Muenchow, 2019)](https://geocompr.robinlovelace.net/)
]
---
## Rmardown's site generator
.pull-left-c[
<p align="center"><img src="fig/website1.PNG" height= 450px width = auto/></p>
]
.pull-right-c[
Transformer une collection de documents [R Markdown en site Web](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/rmarkdown-site.html). Chaque .Rmd devient une page du site Web.
La configuration de l'affichage de la collection de fichiers HTML s'effectue dans un fichier `_site.yml`.
<br><br><br><br><br><br>
.leg-fig[
Un [site Web](https://rcarto.gitpages.huma-num.fr/centralite/) d'un projet de recherche qui combine préparation des données, analyses et documentations (métadonnées).
]
]
---
## Blogdown
.pull-left-c[
<p align="center"><img src="fig/website2.PNG" height= 450px width = auto/></p>
]
.pull-right-c[
Un [package](https://github.com/rstudio/blogdown) dédié à la génération de site Webs :
- Utilise par défaut un générateur de sites Web open source, [Hugo](https://gohugo.io/), qui propose de nombreux [thèmes](https://themes.gohugo.io/).
- Possibilité d'organiser le contenu du site Web en sous-répertoires.
<br><br><br><br>
.leg-fig[
[Rzine](https://rzine.fr/collection/#publi_rzine), un site Web dédié au partage de ressources sur la pratique de R en sciences sociales.
]
]
---
## Journals
Le package [rticles](https://github.com/rstudio/rticles) intègre les modèles éditoriaux de plusieurs revues (sortie Rmd, pdf, TeX document). Recquiert l'installation d'outils permettant de compiler du LaTex, comme [TinyTex](https://yihui.org/tinytex/r/). Nécessite possiblement l'installation de packages [LaTex](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown-cookbook/install-latex-pkgs.html) manquants (quelques [tips](https://github.com/yihui/tinytex/issues/210)).
<img src="fig/journals.PNG" height="350"><img src="fig/journals_2.PNG" height="350"><img src="fig/journals_3.PNG" height="350">
.leg-fig[
Une trentaine de revues et éditeurs référencés, dont [The R Journal](https://journal.r-project.org/) et [PLOS](https://plos.org/#journals). Ouvert aux contributions
]
---
name: part2
class: inverse, center, middle
# Partie 2 - Créer un projet R Markdown avec RStudio
---
## Préparer son espace de travail
RStudio propose d'organiser son travail en **projet** (File > New Project). L’idée principale consiste à réunir tous les fichiers / documents relatifs à un même projet dans un **répertoire dédié**.
.pull-left-c[
<p align="center"><img src="fig/New_project.png" width="350"/></p>
]
.pull-right-c[
A l'ouverture du projet :
- Le nom du projet est affiché à côté de l'icône projet.
- Une nouvelle session de R est exécutée.
- Le répertoire de travail de R est défini comme étant le répertoire du projet.
- Les objets créés (et sauvegardés dans le fichier .RData) sont chargés en mémoire.
- Les scripts ouverts lors d'une précédente séance de travail sont automatiquement ouverts.
]
Facilite le **travail discontinu**, améliore la **portabilité** et garantie la **reproductibilité** de son travail.
---
## Préparer son espace de travail
Disposer d'une organisation de dossiers et de fichiers claire et cohérente facilite l'appropriation du répertoire de travail par d'autres.
.pull-left-c[
**Organiser son espace de travail**
- Un R Project à la racine.
- Un dossier dédié au stockage des données.
- Un dossier qui contient les figures.
- ...
]
.pull-right-c[
<img src="fig/folder_orga.PNG" width="400"/></img>
]
---
## Initier un projet R Markdown dans RStudio
RStudio propose l'import de modèles [R Markdown](https://rmarkdown.rstudio.com/) (File > New File > R Markdown).
<p align="center"><img src="fig/rmarkdown3.PNG" height="400"/></p>
---
## Modèles additionnels
Une multitude ! Avec les packages [`rmdformats`](https://github.com/juba/rmdformats), [`prettydoc`](https://prettydoc.statr.me/themes.html) et [`tufte`](https://github.com/rstudio/tufte) (documents HTML), [`xaringan`](https://github.com/yihui/xaringan) et [`revealjs`](https://github.com/hakimel/reveal.js/) (présentations), [`rticles`](https://github.com/rstudio/rticles) (revues scientifiques), [`pagedown`](https://github.com/rstudio/pagedown) (posters, pages illustrées), [`flexdashboard`](https://pkgs.rstudio.com/flexdashboard/) et [`learnr`](https://rstudio.github.io/learnr/) (dashboards, tutoriels)...
<p align="center"><img src="fig/rmarkdown_templates.PNG" height="400"/></p>
---
## Des modèles paramétrables
Possibilité d'ajouter des paramètres dans les métadonnées du document.
.pull-left-c[
```yaml
---
title: Un R Markdown formidable en gestation
author: Un auteur qui semble maitriser cette technologie
date: 27 juin 2021
output:
html_document:
theme: united
toc: true
number_sections: true
---
```
]
.pull-right-c[
- **title, author, date** : Par défaut à la création d'un R Markdown
- **output** : type de sortie (`html_document` ou `ioslides_presentation`, ou modèles issus de certains packages comme `rmdformats::robobook:`)
- **theme** : [12 thèmes](https://www.datadreaming.org/post/r-markdown-theme-gallery/) additionnels pour personnaliser graphiquement son document.
- **toc** : table des matières
- **number_sections** : numéros de sections
- ... Et beaucoup d'autres options, présentées [ici](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html).
]
---
## "Tricoter" son R Markdown
.pull-left-c[
Le R Markdown est exporté en .HTML (ou .pdf, ou .doc) en réalisant un **`knit`** du .Rmd.
Cette action :
- Interprète les métadonnées du document (YAML)
- Transforme la syntaxe Markdown dans un balisage interprété par le fichier de sortie désiré.
- Exécute les `chunks` (lire, afficher, exécuter ou non le code inclut dans le .Rmd).
]
.pull-right-c[
.leg-fig[
Réaliser un `Knit` du R Markdown dans R Studio.
]
]
---
## "Tricoter" son R Markdown
.pull-left-c[
Le R Markdown est exporté en .HTML (ou .pdf, ou .doc) en réalisant un **`knit`** du .Rmd.
Cette action :
- Interprète les métadonnées du document (YAML)
- Transforme la syntaxe Markdown dans un balisage interprété par le fichier de sortie désiré.
- Exécute les `chunks` (lire, afficher, exécuter ou non le code inclut dans le .Rmd).
]
.pull-right-c[
Ceci...
]
---
## "Tricoter" son R Markdown
.pull-left-c[
Le R Markdown est exporté en .HTML (ou .pdf, ou .doc) en réalisant un **`knit`** du .Rmd.
Cette action :
- Interprète les métadonnées du document (YAML)
- Transforme la syntaxe Markdown dans un balisage interprété par le fichier de sortie désiré.
- Exécute les `chunks` (lire, afficher, exécuter ou non le code inclut dans le .Rmd).
]
.pull-right-c[
Génère cela
]
---
class: action
## A vous de jouer !
.pull-left-c[
###Débutant
**Créez un document R Markdown depuis un modèle**
- Créer un dossier pour l'atelier.
- Créez un document R Markdown (*file > New File > R Markdown > Document*).
- Enregistrez le fichier .Rmd dans ce dossier.
- Renseignez les métadonnées du .Rmd (nom, date).
- Knitez le document.
- Testez plusieurs thèmes en modifiant les métadonnées (`cerulean`, `cosmo`, `flatly`, `journal`,
`lumen`, `paper`, `readable`, `sandstone`)
```yaml
---
title: Un R Markdown formidable en gestation
author: Un auteur qui semble maitriser cette technologie
date: 27 juin 2021
output:
html_document:
* theme: united
toc: true
number_sections: true
---
```
]
.pull-right-c[
###Confirmé
**Préparez un espace de travail reproductible pour l'analyse**
- Téléchargez et décompressez les données associées à l'exercice : [bit.ly/2U0KppL](https://bit.ly/2U0KppL)
- Choisissez un modèle de document issu du package `rmdformats`.
- Nommez le .Rmd **index**, le placer à la racine du dossier précédemment téléchargé.
- Renseignez les métadonnées du .Rmd (YAML), et jouez avec les [options](https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/html-document.html)
]
`r countdown(minutes = 10, seconds = 00, top = 0)`
---
name: part3
class: inverse, center, middle
# Partie 3. La syntaxe Markdown
---
## Markdown
Un langage de balisage léger largement utilisé dans les blogs, forum, outils collaboratifs (OpenStreetMap ou GitHub utilisent des dérivés du [Markdown](https://www.markdownguide.org/tools/) pour faciliter les échanges entre les utilisateurs, par exemple).
<p align="center"><img src="fig/markdown.PNG" height="400"/></p>
---
## En-têtes
Le signe **`#`** introduit les niveaux de titres (jusqu'à 5 niveaux).
.pull-left[
.inline-c[#Europe] devient
.out-t[
# Europe
]
.inline-c[## France] devient
.out-t[
## France
]
]
.pull-right[
.inline-c[### Nouvelle-Aquitaine] devient
.out-t[
### Nouvelle-Aquitaine
]
.inline-c[#### Charentes-Maritimes] devient
.out-t[
#### Charentes-Maritimes
]
.inline-c[##### Saint-Pierre d'Oléron] devient
.out-t[
##### Saint-Pierre d'Oléron
]
]
---
## Accentuations
Les signes **`*`** et **`_`** gèrent les accentuations.
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;">**Un mot important**</span> devient .out-t[**Un mot important**]
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;">*Une citation*</span> devient .out-t[*Une citation*]
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;">***Une citation importante***</span> devient .out-t[***Une citation importante***]
---
## Listes
Les lignes introduites par **`*`**, **`+`** ou **`-`** génèrent des listes.
```{r eval=FALSE}
- books
- articles
- reports
```
.out-t[
- books
- articles
- reports
]
---
## Tables
Créer des tables (syntaxe simple)
<br>
.pull-left[
```{r eval=FALSE, tidy=FALSE}
Centered Right-Aligned
---------------- ----------------
First cell First cell
Second cell Second cell
Third cell Third cell
#<<
: A hand-made table with R Markdown
#<<
```
]
.pull-right[
<center>Table 1: A hand-made table with R Markdown</center>
<br>
| Centered | Right-Aligned |
|:----------------------------------------------: | --------------------------------------------------: |
| First cell | First cell |
| Second cell| Second cell |
| Third cell | Third cell |
]
---
## Tables
[Tables Generator](https://www.tablesgenerator.com/) est utile pour mettre en forme sa table et la transformer en diverses syntaxes de balisage, dont Markdown.
<p align="center"><img src="fig/table_generator.PNG" height="400"/></p>
---
## Liens
Associer du texte à des URL
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;">[La Vieille Perrotine](https://www.caes.cnrs.fr/sejours/la-vieille-perrotine/)</span> devient .out-t[[La Vieille Perrotine](https://www.caes.cnrs.fr/sejours/la-vieille-perrotine/)]
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;"><https://www.caes.cnrs.fr/sejours/la-vieille-perrotine/></span> devient .out-t[<https://www.caes.cnrs.fr/sejours/la-vieille-perrotine/>] aussi
--
Associer une adresse mail
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;">[me contacter](mailto:ronan.ysebaert@cnrs.fr)</span><sup></sup> devient .out-t[[me contacter](mailto:ronan.ysebaert@cnrs.fr)]
<span style="background-color: #e5e5e5; border-radius: 3px; padding: 4px; font-family: 'Source Code Pro', 'Lucida Console', Monaco, monospace;"><ronan.ysebaert@cnrs.fr></span> devient .out-t[<ronan.ysebaert@cnrs.fr>]
---
## Image
``
---
## Limites de Markdown
Il est parfois nécessaire d'introduire du code html pour dimensionner des éléments graphiques sur mesure.
`<p align="center"><img src="fig/boyard.jpg" height="60%" width="60%"/></p>`
<p align="center"><img src="fig/boyard.jpg" height="60%" width="60%"/></p>
---
class: action
## A vous de jouer !
**Enrichissez le .Rmd précédemment généré avec de la syntaxe Markdown**
.pull-left[
### Débutant
- **Titres**. Rajouter 3 titres de niveau 2 : *Description du jeu de données*, *Résumé statistique*, *Représentation graphique*
- **Contenu**. Rappeler dans la première partie (syntaxe Markdown) l'origine du jeu de données : *Proposé par McNeil en 1977, ce jeu de données délivre la vitesse d'une voiture et la distance requise pour s'arrêter dans les années 1920*.
- Un élément de texte en gras, un élément en italique.
]
.pull-right[
###Confirmé
- **Titres**. 4 titres de niveau 2 : *Sources*, *Import des données*, *La population dans les environs*, *Session info*.
- **Figures **. Incorporez l'image du centre CNRS choisi (dossier fig), adaptez sa taille.
- **Table**. Créez une table dans la première partie (Sources) rappelant les sources mobilisées dans l'exercice (data-sources.png)
]
`r countdown(minutes = 10, seconds = 00, top = 0)`
---
name: part4
class: inverse, center, middle
# Partie 4. Bonnes pratiques (code)
---
## Un code exécutable et lisible
Un code **propre** et **fonctionnel** peut être lu et amélioré par un autre auteur (ou par soi-même) longtemps après.
**Un code fonctionnel**
- S'assurer au préalable que son code fonctionne sans erreur.
- N'est pas redondant : pour des opérations répétitives, créer des fonctions ou des boucles.
Un code [bien écrit](https://dl.leneveu.fr/public/Coder_Proprement.pdf) est :
- [Bien structuré](https://www.r-bloggers.com/2018/09/r-code-best-practices/).
- Facile à lire, par soi-même et par les autres (indentation, noms d'objets)
- Organisé de façon logique (simplicité).
- Explicite et montre les intentions du développeur (commentaires).
- A jour (utiliser la dernière version des packages, si ce n'est pas le cas, l'expliquer).
---
## Un code clair et lisible
.pull-left[
Une carte de la population communale 30 km autour du centre CNRS de Saint-Pierre d'Oléron.
```{r, eval = TRUE, echo = FALSE, warning = FALSE, message = FALSE, fig.height = 5}