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1) Uma diferença é que o teste de unidade verifica se pequenos módulos ou funções estão se comportando de maneira esperada, por sua vez o teste funcional verifica se uma parte do sistema já em funcionamento cumpre seus requisitos.
2) Geralmente um comportamento da aplicação que será testado com apenas um teste de funcionalidade é formado por código que é testado por múltiplos teste de unidade, logo é possível ver em um comportamento da aplicação uma relação de muitos pra um nos testes de unidade e funcionais respectivamente.