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eqOcycle.m
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eqOcycle.m
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function [par, O2, Ox, Oxx] = eqOcycle_v2(x, par)
on = true; off = false;
global GO
pindx = par.pindx ;
% unpack the parameters to be optimized
% O2C_T
if (par.opt_O2C_T == on)
par.O2C_T = x(pindx.O2C_T) ;
end
% rO2C
if (par.opt_rO2C == on)
lrO2C = x(pindx.lrO2C) ;
par.rO2C = exp(lrO2C) ;
end
%
X0 = GO ;
options.iprint = 0 ;
options.atol = 1e-12 ;
options.rtol = 1e-12 ;
fprintf('Solving O model ...\n') ;
[O2,ierr] = nsnew(X0,@(X) O_eqn(X, par),options) ;
if (ierr ~= 0)
fprintf('O2model did not converge.\n') ;
F = O_eqn(O2, par) ;
if par.Cfailure == on
npx = par.npx ;
ncx = par.ncx ;
nox = par.nox ;
nx = npx + ncx + nox ;
Ox = sparse(par.nwet, nx) ;
Oxx = sparse(par.nwet, nchoosek(nx,2)+nx) ;
elseif ( par.Cfailure == off & norm(F) < 1e-6 )
options.atol = 1e-6 ;
options.rtol = 1e-6 ;
% Compute the gradient of the solution wrt the parameters
GO = real(O2) + 1e-7*randn(par.nwet,1) ;
[F, FD, Ox, Oxx] = O_eqn(O2, par) ;
end
else
% reset the global variable for the next call eqOcycle
GO = real(O2) + 1e-7*randn(par.nwet,1) ;
[F, FD, Ox, Oxx] = O_eqn(O2, par) ;
end
end
function [F, FD, Ox, Oxx] = O_eqn(O2, par)
on = true; off = false;
pindx = par.pindx ;
%
% fixed parameters
iwet = par.iwet ;
nwet = par.nwet ;
TRdiv = par.TRdiv ;
I = speye(nwet) ;
PO4 = par.po4obs(iwet) ;
% variables from C model
POC = par.POC ;
DOC = par.DOC ;
DOCl = par.DOCl ;
DOCr = par.DOCr ;
Tz = par.Tz ;
TZ = par.Tz*1e8 ;
Q10C = par.Q10C ;
kdC = par.kdC ;
kru = par.kru ;
krd = par.krd ;
etau = par.etau ;
etad = par.etad ;
UM = par.UM ;
DM = par.DM ;
WM = par.WM ;
cc = par.cc ;
dd = par.dd ;
%
% tunable parameters;
O2C_T = par.O2C_T ;
rO2C = par.rO2C ;
kappa_l = par.kappa_l ;
kappa_p = par.kappa_p ;
tf = (par.vT - 30)/10 ;
kC = d0( kdC * Q10C .^ tf ) ;
%
% O2 saturation concentration
vout = Fsea2air(par,'O2') ;
KO2 = vout.KO2 ;
o2sat = vout.o2sat ;
% rate of o2 production
O2C = O2C_T*TZ + rO2C ;
C2P = par.C2P ;
G = par.G ;
PO2 = d0(par.Cnpp(iwet))*O2C ;
% parobolic function for o2 consumption
R = 0.5 + 0.5*tanh(O2-5) ;
dRdO = 0.5 - 0.5*tanh(O2-5).^2 ;
d2RdO2 = -2*d0(dRdO)*tanh(O2-5) ;
% rate of o2 utilization
kappa_r = kru*UM + krd*DM ;
eta = etau*WM ;
% eta = etau*UM + etad*DM ;
LO2 = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + kappa_p*POC)*O2C.*R ;
dLdO = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + kappa_p*POC)*O2C.*dRdO ;
d2LdO2 = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + kappa_p*POC)*O2C.*d2RdO2 ;
% O2 function
F = TRdiv*O2 - PO2 + LO2 - KO2*(o2sat-O2) ;
%
if (nargout > 1)
FD = mfactor(TRdiv + d0(dLdO) + KO2) ;
end
%
%% ----------------- Gradient -------------------
if (par.optim == off)
Ox = [];
elseif (par.optim & nargout > 2)
npx = par.npx ;
ncx = par.ncx ;
nox = par.nox ;
nx = npx + ncx + nox ;
Ox = sparse(nwet, nx) ;
Gx = par.Gx ;
DICx = par.Cx(0*nwet+1:1*nwet,:) ;
POCx = par.Cx(1*nwet+1:2*nwet,:) ;
DOCx = par.Cx(2*nwet+1:3*nwet,:) ;
DOClx = par.Cx(5*nwet+1:6*nwet,:) ;
DOCrx = par.Cx(6*nwet+1:7*nwet,:) ;
% P model only parameters
for jj = 1:npx
tmp = d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
% C model only parameters
for jj = (npx+1) : (npx+ncx)
if ( par.opt_kru & jj == pindx.lkru )
tmp = d0( d0(kru*UM*DOCr)*O2C ) * R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_krd & jj == pindx.lkrd )
tmp = d0( d0(krd*DM*DOCr)*O2C ) * R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_kdC & jj == pindx.lkdC )
kC_kdC = par.kC_kdC ;
tmp = d0( d0(eta*kC_kdC*DOC)*O2C ) * R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_Q10C & jj == pindx.lQ10C )
kC_Q10C = par.kC_Q10C ;
tmp = d0( d0( d0(eta*kC_Q10C)*DOC )*O2C ) * R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_etau & jj == pindx.letau )
tmp = d0( etau*WM*(kC*DOC) )*O2C.*R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_etad & jj == pindx.letad )
tmp = d0( etad*DM*(kC*DOC) )*O2C.*R + ...
d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_cc & jj == pindx.lcc )
C2P_cc = par.C2P_cc;
tmp = d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
elseif ( par.opt_dd & jj == pindx.ldd )
C2P_dd = par.C2P_dd;
tmp = d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
else
tmp = d0( eta*kC*DOCx(:,jj) + kappa_r*DOCrx(:,jj) + ...
kappa_l*DOClx(:,jj) + kappa_p*POCx(:,jj))*O2C.*R ;
Ox(:,jj) = mfactor( FD, -tmp ) ;
end
end
% O model only parameters
if (par.opt_O2C_T == on)
O2C_O2C_T = d0(TZ) ;
tmp = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*R) ;
Ox(:,pindx.O2C_T) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
if (par.opt_rO2C == on)
O2C_rO2C = rO2C ;
tmp = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*R) ;
Ox(:,pindx.lrO2C) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
end
%% ------------------- Hessian -------------------------
if (par.optim == off)
Oxx = [];
elseif (par.optim & nargout > 3)
%
Gxx = par.Gxx ;
DICxx = par.Cxx(1:nwet,:) ;
POCxx = par.Cxx(1*nwet+1:2*nwet,:) ;
DOCxx = par.Cxx(2*nwet+1:3*nwet,:) ;
DOClxx = par.Cxx(5*nwet+1:6*nwet,:) ;
DOCrxx = par.Cxx(6*nwet+1:7*nwet,:) ;
Oxx = sparse(nwet,nchoosek(nx,2)+nx) ;
% P model parameters
kk = 0 ;
for ju = 1 : npx
for jo = ju : npx
kk = kk + 1 ;
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
Oxx(:,kk) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
end
%
% P C model parameters
for ju = 1 : npx
for jo = (npx+1) : (npx+ncx)
kk = kk + 1;
% check if hessian associated with kdC, if
% yes, use formula (1), otherwise use formula (2);
if (par.opt_Q10C & jo == pindx.lQ10C)
tmp = d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_kdC & jo == pindx.lkdC)
tmp = d0(eta*kC_kdC*R)*DOCx(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC_kdC*DOC)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_kru & jo == pindx.lkru)
tmp = d0(kru*UM*DOCrx(:,ju))*R.*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_krd & jo == pindx.lkrd)
tmp = d0(krd*DM*DOCrx(:,ju))*R.*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etau & jo == pindx.letau)
tmp = d0( etau*WM*(kC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C + ...
d0( etau*WM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + ...
kappa_l*DOClx(:,jo) + kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + ...
kappa_l*DOClx(:,ju) + kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etad & jo == pindx.letad)
tmp = d0( etad*DM*(kC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C + ...
d0( etad*DM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + ...
kappa_l*DOClx(:,jo) + kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + ...
kappa_l*DOClx(:,ju) + kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_cc & jo == pindx.lcc)
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + ...
kappa_l*DOClx(:,jo) + kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + ...
kappa_l*DOClx(:,ju) + kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_dd & jo == pindx.ldd)
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + ...
kappa_l*DOClx(:,jo) + kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + ...
kappa_l*DOClx(:,ju) + kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
else
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
Oxx(:,kk) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
end
% C model only parameters
for ju = (npx+1) : (npx+ncx)
for jo = ju : (npx+ncx)
kk = kk + 1 ;
if (par.opt_kru & ju == pindx.lkru & jo == pindx.lkru)
% kru kru
tmp = d0(kru*UM*DOCr)*R.*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCrx(:,ju))*R.*O2C*2 + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_krd & ju == pindx.lkrd & jo == pindx.lkrd)
% krd krd
tmp = d0(krd*DM*DOCr)*R.*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCrx(:,ju))*R.*O2C*2 + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_kru & par.opt_krd & ju == pindx.lkru & jo == pindx.lkrd)
% kru krd
tmp = d0(kru*UM*DOCrx(:,jo))*R.*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCrx(:,ju))*R.*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etau & ju == pindx.letau & jo == pindx.letau)
% etau etau
tmp = d0( etau*WM*(kC*DOC) )*R.*O2C + ...
d0( etau*WM*(kC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C*2 + ...
d0( etau*WM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + kappa_l*DOClxx(:,kk) + ...
kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etad & ju == pindx.letad & jo == pindx.letad)
% etad etad
tmp = d0( etad*DM*(kC*DOC) )*R.*O2C + ...
d0( etad*DM*(kC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C*2 + ...
d0( etad*DM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + kappa_l*DOClxx(:,kk) + ...
kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etau & par.opt_etad & ju == pindx.letau & jo == pindx.letad)
% etau etad
tmp = d0( kru*UM*(kC*DOCx(:,jo)) )*R.*O2C + ...
d0( krd*DM*(kC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C + ...
d0( kru*UM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0( krd*DM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + kappa_l*DOClxx(:,kk) + ...
kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_Q10C & ju == pindx.lQ10C & jo == pindx.lQ10C)
% Q10C Q10C
kC_Q10C_Q10C = par.kC_Q10C_Q10C ;
tmp = d0(eta*kC_Q10C_Q10C)*DOC.*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,ju).*R.*O2C*2 + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_kdC & ju == pindx.lkdC & jo == pindx.lkdC)
% kdC kdC
% kC_kdC_kdC = kC_kdC
tmp = eta*kC_kdC*DOC.*R.*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOCx(:,ju).*R.*O2C*2 + ...
eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C*2 + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% kru Q10C
elseif (par.opt_kru & par.opt_Q10C & ju == pindx.lkru & jo == pindx.lQ10C)
tmp = d0(kru*UM*DOCrx(:,jo))*O2C.*R + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% kru kdC
elseif (par.opt_kru & par.opt_kdC & ju == pindx.lkru & jo == pindx.lkdC)
tmp = d0(kru*UM*DOCrx(:,jo))*O2C.*R + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% krd Q10C
elseif (par.opt_krd & par.opt_Q10C & ju == pindx.lkrd & jo == pindx.lQ10C)
tmp = d0(krd*DM*DOCrx(:,jo))*O2C.*R + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% krd kdC
elseif (par.opt_krd & par.opt_kdC & ju == pindx.lkrd & jo == pindx.lkdC)
tmp = d0(krd*DM*DOCrx(:,jo))*O2C.*R + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etau & par.opt_Q10C & ju == pindx.letau & jo == pindx.lQ10C)
% etau Q10C
tmp = d0( etau*WM*kC*DOCx(:,jo) )*O2C.*R + ...
d0( etau*WM*kC_Q10C )*DOC.*R.*O2C + ...
d0( etau*WM*kC*DOC )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( eta*d0(kC_Q10C)*DOCx(:,ju) )*O2C.*R + ...
d0( eta*kC_Q10C )*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etau kdC
elseif (par.opt_etau & par.opt_kdC & ju == pindx.letau & jo == pindx.lkdC)
tmp = d0( etau*WM*kC*DOCx(:,jo) )*O2C.*R + ...
d0( etau*WM*kC_kdC*DOC )*R.*O2C + ...
d0( etau*WM*kC*DOC )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( eta*(kC_kdC*DOCx(:,ju)) )*R.*O2C + ...
d0( eta*(kC_kdC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etad Q10C
elseif (par.opt_etad & par.opt_Q10C & ju == pindx.letad & jo == pindx.lQ10C)
tmp = d0( etad*DM*kC*DOCx(:,jo) )*O2C.*R + ...
d0( etad*DM*kC_Q10C )*DOC.*R.*O2C + ...
d0( etad*DM*kC*DOC )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( eta*kC_Q10C )*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
d0( eta*kC_Q10C )*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etad kdC
elseif (par.opt_etad & par.opt_kdC & ju == pindx.letad & jo == pindx.lkdC)
tmp = d0(etad*DM*kC*DOCx(:,jo))*O2C.*R + ...
d0(etad*DM*kC_kdC*DOC)*R.*O2C + ...
d0(etad*DM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC_kdC*DOCx(:,ju))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_kdC*DOC)*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_etau & par.opt_kru & ju == pindx.letau & jo == pindx.lkru)
% etau kru
tmp = d0( etau*WM*(kC*DOCx(:,jo)) )*O2C.*R + ...
d0( etau*WM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( kru*UM*DOCrx(:,ju) )*R.*O2C + ...
d0( kru*UM*DOCr )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etau krd
elseif (par.opt_etau & par.opt_krd & ju == pindx.letau & jo == pindx.lkrd)
tmp = d0( etau*WM*(kC*DOCx(:,jo)) )*O2C.*R + ...
d0( etau*WM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( krd*DM*DOCrx(:,ju) )*R.*O2C + ...
d0( krd*DM*DOCr )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etad kru
elseif (par.opt_etad & par.opt_kru & ju == pindx.letad & jo == pindx.lkru)
tmp = d0( etad*DM*(kC*DOCx(:,jo)) )*O2C.*R + ...
d0( etad*DM*(kC*DOC) )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( kru*UM*DOCrx(:,ju) )*R.*O2C + ...
d0( kru*UM*DOCr )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% etad krd
elseif (par.opt_etad & par.opt_krd & ju == pindx.letad & jo == pindx.lkrd)
tmp = d0( etad*DM*DOCx(:,jo) )*O2C.*R + ...
d0( etad*DM*DOC )*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0( krd*DM*DOCrx(:,ju) )*R.*O2C + ...
d0( krd*DM*DOCr )*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% Q10C kdC
elseif (par.opt_Q10C & par.opt_kdC & ju == pindx.lQ10C ...
& jo == pindx.lkdC)
kC_kdC_Q10C = par.kC_kdC_Q10C ;
tmp = d0(eta*kC_kdC_Q10C)*DOC.*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,jo).*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOCx(:,ju).*R.*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one kru
elseif (par.opt_kru & (ju == pindx.lkru | jo == ...
pindx.lkru) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.lkru)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = d0(kru*UM*DOCrx(:,jk))*R.*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one krd
elseif (par.opt_krd & (ju == pindx.lkrd | jo == pindx.lkrd) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.lkrd)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = d0(krd*DM*DOCrx(:,jk))*R.*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCr)*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one etau
elseif (par.opt_etau & (ju == pindx.letau | jo == pindx.letau) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.letau)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = d0(etau*WM*kC*DOCx(:,jk))*R.*O2C + ...
d0(etau*WM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one etad
elseif (par.opt_etad & (ju == pindx.letad | jo == ...
pindx.letad) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.letad)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = d0(etad*DM*kC*DOCx(:,jk))*R.*O2C + ...
d0(etad*DM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one Q10C
elseif (par.opt_Q10C & (ju == pindx.lQ10C | jo == pindx.lQ10C) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.lQ10C)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = d0(eta*kC_Q10C)*DOCx(:,jk).*R.*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%parameter pairs with only one kdC
elseif (par.opt_kdC & (ju == pindx.lkdC | jo == pindx.lkdC) & ju ~= jo)
if (ju < pindx.lkdC)
jk = ju ;
else
jk = jo ;
end
%
tmp = eta*kC_kdC*DOCx(:,jk).*R.*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,jk).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% cc cc
elseif (par.opt_cc & ju == pindx.lcc & jo == pindx.lcc )
C2P_cc_cc = par.C2P_cc_cc ;
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% cc dd
elseif (par.opt_cc & par.opt_dd & ju == pindx.lcc & jo == pindx.ldd )
C2P_cc_dd = par.C2P_cc_dd ;
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% dd dd
elseif (par.opt_dd & ju == pindx.ldd & jo == pindx.ldd )
C2P_dd_dd = par.C2P_dd_dd ;
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
% parameter pairs without Q10C, kdC, kappa_r, cc, or dd
else
tmp = d0(eta*kC*DOCxx(:,kk) + kappa_r*DOCrxx(:,kk) + ...
kappa_l*DOClxx(:,kk) + kappa_p*POCxx(:,kk))*R.*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,jo) + kappa_r*DOCrx(:,jo) + kappa_l*DOClx(:,jo) + ...
kappa_p*POCx(:,jo))*dRdO.*Ox(:,ju).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
Oxx(:,kk) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
end
% P and O model only parameters
for ju = 1 : npx
for jo = (npx+ncx+1) : (npx+ncx+nox)
kk = kk + 1 ;
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
Oxx(:,kk) = mfactor(FD, -tmp) ;
end
end
% C and O model only parameters
for ju = (npx+1) : (npx+ncx)
for jo = (npx+ncx+1) : (npx+ncx+nox)
kk = kk + 1 ;
if (par.opt_kru == on & ju == pindx.lkru)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(kru*UM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCr)*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = d0(kru*UM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(kru*UM*DOCr)*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
else
tmp = d0(kru*UM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
%
elseif (par.opt_krd == on & ju == pindx.lkrd)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(krd*DM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCr)*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = d0(krd*DM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(krd*DM*DOCr)*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
else
tmp = d0(krd*DM*DOCr)*(dRdO.*Ox(:,jo)).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
%
elseif (par.opt_Q10C == on & ju == pindx.lQ10C)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
else
tmp = d0(eta*kC_Q10C)*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
%
elseif (par.opt_kdC == on & ju == pindx.lkdC)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
eta*kC_kdC*DOC.*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
else
tmp = eta*kC_kdC*DOC.*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
%
elseif (par.opt_etau == on & ju == pindx.letau)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(etau*WM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(etau*WM*kC*DOC)*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_O2C_T*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
elseif (par.opt_rO2C == on & jo == pindx.lrO2C)
tmp = d0(etau*WM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(etau*WM*kC*DOC)*(O2C_rO2C*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_rO2C*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*(O2C_rO2C*R) + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
%
else
tmp = d0(etau*WM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...
kappa_p*POCx(:,ju))*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
Ox(:,ju).*d2LdO2.*Ox(:,jo) ;
end
%
elseif (par.opt_etad == on & ju == pindx.letad)
if (par.opt_O2C_T == on & jo == pindx.O2C_T)
tmp = d0(etad*DM*kC*DOC)*dRdO.*Ox(:,jo).*O2C + ...
d0(etad*DM*kC*DOC)*(O2C_O2C_T*R) + ...
d0(eta*kC*DOC + kappa_r*DOCr + kappa_l*DOCl + ...
kappa_p*POC)*(O2C_O2C_T*dRdO.*Ox(:,ju)) + ...
d0(eta*kC*DOCx(:,ju) + kappa_r*DOCrx(:,ju) + kappa_l*DOClx(:,ju) + ...