数据:GSE83521_and_GSE89143 箱线图显示GSE89143第三个样本异常,使用limma::normalizeBetweenArrays处理过,发现效果不如剔除该样本。
将该样本剔除。
前图时sva,后图是limma
差异基因数量:
sva:
down stable up
30 2108 52
limma:
down stable up
30 2099 61
阈值:p<0.05,|logfc|>1
数据:GSE83521_and_GSE89143 箱线图显示GSE89143第三个样本异常,使用limma::normalizeBetweenArrays处理过,发现效果不如剔除该样本。
将该样本剔除。
前图时sva,后图是limma
差异基因数量:
sva:
down stable up
30 2108 52
limma:
down stable up
30 2099 61
阈值:p<0.05,|logfc|>1