Batch-Effect

Batch-Effect

1.step1-normlize

数据：GSE83521_and_GSE89143 箱线图显示GSE89143第三个样本异常，使用limma::normalizeBetweenArrays处理过，发现效果不如剔除该样本。

将该样本剔除。

2.使用sva::ComBat()和limma::removeBatchEffect()分别去除批次效应并做对比

前图时sva，后图是limma

1.校正箱线图

2.PCA图

3.火山图

4.差异基因热图

差异基因数量： sva：    down stable     up
   30   2108     52  limma：  down stable     up
   30   2099     61  阈值：p<0.05，|logfc|>1