fix tests

NMautoverse · Aug 12, 2024 · 1e806e1 · 1e806e1
1 parent 1dda219
commit 1e806e1
Show file tree

Hide file tree

Showing 2 changed files with 64 additions and 45 deletions.
diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION
@@ -1,7 +1,7 @@
 Package: NMdata
 Type: Package
 Title: Preparation, Checking and Post-Processing Data for PK/PD Modeling
-Version: 0.1.6.913
+Version: 0.1.6.914
 Authors@R:
   c(person(given="Philip", family="Delff",
      email = "philip@delff.dk",
@@ -23,6 +23,7 @@ Suggests:
   testthat,
   knitr,
   NMsim,
+  NMcalc,
   formatR,
   mime,
   rmarkdown,

diff --git a/tests/testthat/test_NMdataConf.R b/tests/testthat/test_NMdataConf.R
@@ -2,18 +2,24 @@ context("NMdataConf")
 
 NMdataConf(reset=TRUE)
 
+dropFuns <- function(x){
+    x$as.fun <- NULL
+    x$file.mod <- NULL
+    x$file.cov <- NULL
+    x$file.ext <- NULL
+    x$file.phi <- NULL
+    x$file.shk <- NULL
+    x$modelname <- NULL
+    x
+}
+
 test_that("defaults",{
 
     fileRef <- "testReference/NMdataConf_01.rds"
     ## ref <- readRDS(fileRef)
 
     defaults <- NMdataConf()
-    defaults$as.fun <- NULL
-    defaults$file.mod <- NULL
-    defaults$file.cov <- NULL
-    defaults$file.ext <- NULL
-    defaults$file.phi <- NULL
-    defaults$modelname <- NULL
+    defaults <- dropFuns(defaults)
 
     expect_equal_to_reference(defaults,fileRef)
 
@@ -28,18 +34,22 @@ test_that("reset",{
     NMdataConf(reset=TRUE)
     defaults2 <- NMdataConf()
 
-    defaults$as.fun <- NULL
-    defaults$file.mod <- NULL
-    defaults$file.cov <- NULL
-    defaults$file.ext <- NULL
-    defaults$file.phi <- NULL
-    defaults$modelname <- NULL
-    defaults2$as.fun <- NULL
-    defaults2$file.mod <- NULL
-    defaults2$file.cov <- NULL
-    defaults2$file.ext <- NULL
-    defaults2$file.phi <- NULL
-    defaults2$modelname <- NULL
+    defaults <- dropFuns(defaults)
+    defaults2 <- dropFuns(defaults2)
+    ## defaults$as.fun <- NULL
+    ## defaults$file.mod <- NULL
+    ## defaults$file.cov <- NULL
+    ## defaults$file.ext <- NULL
+    ## defaults$file.phi <- NULL
+    ## defaults$file.shk <- NULL
+    ## defaults$modelname <- NULL
+    ## defaults2$as.fun <- NULL
+    ## defaults2$file.mod <- NULL
+    ## defaults2$file.cov <- NULL
+    ## defaults2$file.ext <- NULL
+    ## defaults2$file.phi <- NULL
+    ## defaults2$file.shk <- NULL
+    ## defaults2$modelname <- NULL
 
 
     expect_equal(defaults,defaults2)
@@ -83,19 +93,23 @@ test_that("change fun in globalenv does not affect NMdataConf()",{
     afun <- class
     defaults2 <- NMdataConf()
 
-    defaults$as.fun <- NULL
-    defaults$file.mod <- NULL
-    defaults$file.cov <- NULL
-    defaults$file.ext <- NULL
-    defaults$file.phi <- NULL
-    defaults$modelname <- NULL
-    defaults2$as.fun <- NULL
-    defaults2$file.mod <- NULL
-    defaults2$file.cov <- NULL
-    defaults2$file.ext <- NULL
-    defaults2$file.phi <- NULL
-    defaults2$modelname <- NULL
+    defaults <- dropFuns(defaults)
+    defaults2 <- dropFuns(defaults2)
 
+    ## defaults$as.fun <- NULL
+    ## defaults$file.mod <- NULL
+    ## defaults$file.cov <- NULL
+    ## defaults$file.ext <- NULL
+    ## defaults$file.phi <- NULL
+    ## defaults$file.shk <- NULL
+    ## defaults$modelname <- NULL
+    ## defaults2$as.fun <- NULL
+    ## defaults2$file.mod <- NULL
+    ## defaults2$file.cov <- NULL
+    ## defaults2$file.ext <- NULL
+    ## defaults2$file.phi <- NULL
+    ## defaults2$file.shk <- NULL
+    ## defaults2$modelname <- NULL
 
     expect_equal(defaults,defaults2)
 })
@@ -126,19 +140,24 @@ test_that("change fun in globalenv does not affect NMdataConf()",{
     afun <- class
     defaults2 <- NMdataConf()
 
-    defaults$as.fun <- NULL
-    defaults$file.mod <- NULL
-    defaults$file.cov <- NULL
-    defaults$file.ext <- NULL
-    defaults$file.phi <- NULL
-    defaults$modelname <- NULL
-
-    defaults2$as.fun <- NULL
-    defaults2$file.mod <- NULL
-    defaults2$file.cov <- NULL
-    defaults2$file.ext <- NULL
-    defaults2$file.phi <- NULL
-    defaults2$modelname <- NULL
+    defaults <- dropFuns(defaults)
+    defaults2 <- dropFuns(defaults2)
+
+    ## defaults$as.fun <- NULL
+    ## defaults$file.mod <- NULL
+    ## defaults$file.cov <- NULL
+    ## defaults$file.ext <- NULL
+    ## defaults$file.phi <- NULL
+    ## defaults$file.shk <- NULL
+    ## defaults$modelname <- NULL
+
+    ## defaults2$as.fun <- NULL
+    ## defaults2$file.mod <- NULL
+    ## defaults2$file.cov <- NULL
+    ## defaults2$file.ext <- NULL
+    ## defaults2$file.phi <- NULL
+    ## defaults2$file.shk <- NULL
+    ## defaults2$modelname <- NULL
 
     expect_equal(defaults,defaults2)
 })
@@ -162,7 +181,6 @@ test_that("deprecated use.rds",{
     new$file.phi <- NULL
     new$file.shk <- NULL
     new$modelname <- NULL
-
 
     expect_equal_to_reference(new,fileRef)
     compareCols(readRDS(fileRef),new)