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Oodnadatta's SaltStack configuration for bioinformatics

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Oodnadatta/salt-conf-bioinfo

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Configuration SaltStack pour Cookie

La configuration de SaltStack se trouve dans /srv/salt

Attention, ne pas utiliser pkg.installed pour les logiciels bioinformatiques ! Pourquoi ? Parce que l'on veut être indépendant des versions choisies par Debian / Ubuntu et des mises à jour. Il vaut mieux utiliser git clone ou wget dans les règles SaltStack.

Pour installer ma configuration Salt sur Ubuntu

  1. Télécharger et installer le paquet.
sudo apt install salt-minion
  1. Créer le répertoire pour salt.
sudo mkdir -p /srv
  1. Récupérer tous les fichiers de github et les mettre dans /srv/salt.
sudo git clone https://github.com/Oodnadatta/salt-conf-bioinfo.git /srv/salt #(pour les autres)
sudo git clone git@github.com:Oodnadatta/salt-conf-bioinfo.git /srv/salt #(pour moi)
  1. Lancer salt et appliquer la configuration saltstack sur la machine.
sudo apt update #(met à jour la liste des paquets disponibles à l'installation)
sudo salt-call --local state.highstate
sudo apt ugrade #(met à jour tous les paquets sur le système pour qu'ils soient tous à la dernière version)

Pour ajouter de nouveaux programmes à la configuration

Chaque fichier .sls dans /srv/salt contient des règles pour salt. Ils sont pris en compte uniquement s'ils sont listés dans le fichier top.sls. Il peut également s'agir de fichiers init.sls dans un répertoire.

  1. Ajouter le logiciel au fichier nom_du_fichier.sls

  2. Lancer salt-call pour installer le nouveau programme

sudo salt-call --local state.sls nom_du_fichier

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Oodnadatta's SaltStack configuration for bioinformatics

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