Projet final de Visualisation de Données Biologique

Ce projet a pour but la creation d'un poster se basant sur les données de l'artcle "Microbial Biogeography of Public Restroom Surfaces" de Gilberto E. Flores, Scott T. Bates, Dan Knights, Christian L. Lauber, Jesse Stombaugh, Rob Knight, Noah Fierer. Le but est de constuire des visualisations simples & interactives. Pour cela nous avons créé un notebook Jupyter (pyhton 3).

Données :

Une table de comptage (abondance) de chaque OTU dans chaque échantillon avec son affiliation taxonomique

Packages :

• pandas
• re
• plotly
• sklearn
• jupyter_dash
• ipywidgets

Creation d'un environnement virtuel python

python3 -m venv env1
source env1/bin/activate

Installation des packages

pip install pandas
pip install regex
pip install plotly
pip install sklean
pip install jupyter-dash
pip install ipywidgets
jupyter nbextension enable --py widgetsnbextension

Interactivité

Le package plotly, ipywidget permettent d'obtenir de l'interactivité dans les figures. Le package jupyter-dash permet de créer une "pseudo-application" dans le notebook.

Figures

L'ensemble des figures créées est disponible dans le dossier figures/de ce dépot. On notera que les figures intéractives disponible dans le notebook ne sont pas dans ce dossier, car sans l'interactivité celles-ci sont moins lisibles.

Auteurs

Arnaud DUVERMY et Romuald MARIN