Molecular Parser

Где парсер? А он тут.

Запуск парсера

Нужна версия PHP 7.1 или новее. Версии, выпущенные раннее этой не проверялись.

$ php parser.php FILE

Где FILE это файл, который нужно распарсить.

Требование к входным данным

Входные данные должны быть подобного форматирования:

COMMENT
88
4vfe-AA_1-conf.sdf-run-6-lig-13,8,-10.2634677612,12.738872553,grejiwopr,mytre,trew,tjerkwybr,utreio,ytre
C        -68.489840     -46.422473      85.772567
O      60.681269   -38.876192    -13.890082
[...]
89
3ags-AA_3-conf.sdf-run-6-lig-97,2,-10.7934516536,14.8010239664,grejiwopr,mytre,trew,tjerkwybr,utreio,ytre
H         -74.616993      -2.741216       -60.301228
F       89.803438    -84.892089     -34.827049
[...]

Формат данных после обработки

Внимание! В сгенерированном файле все данные приводятся к единому формату:

MolID	Target	Ligand	Run	Pose	Rank	dG	VS	Atom	X	Y	Z

Для примера, строки:

4vfe-AA_1-conf.sdf-run-6-lig-13,8,-10.2634677612,12.738872553,grejiwopr,mytre,trew,tjerkwybr,utreio,ytre
C        -68.489840     -46.422473      85.772567
O      60.681269   -38.876192    -13.890082

После генерации файла будут иметь структуру:

MolID;Target;Ligand;Run;Pose;Rank;dG;VS;Atom;X;Y;Z;
1;4vfe;AA_1;6;13;8;-10.2634677612;12.738872553;C;-68.489840;-46.422473;85.772567;
1;4vfe;AA_1;6;13;8;-10.2634677612;12.738872553;O;60.681269;-38.876192;-13.890082;

Известные ошибки

• @$array .= $form.$at.';'.PHP_EOL;, который создается во время foreach вызывает предупреждения типа undefined variable.