Merge pull request #33 from ABCI-FJSE/fj20190409-00

mod file name:known-issu.md, -l resource_type and USE_BEEOND, known-issue and fix typos

en/docs/03.md

@@ -113,8 +113,8 @@ The major options of the `qsub` and the `qrsh` command are follows.
 | Option | Description |
 |:--|:--|
 | -g *group* | Specify ABCI user group |
-| -l *resource_type*[=*number*] | Specify resource type (mandatory) |
-| -l h_rt=[[*HH:*]*MM:*]*SS*] | Specify elapsed time by [[*HH:*]*MM:*]*SS*. When execution time of job exceed specified time, job is rejected. |
+| -l *resource_type*=*number* | Specify resource type (mandatory) |
+| -l h_rt=[*HH:MM:*]*SS* | Specify elapsed time by [*HH:MM:*]*SS*. When execution time of job exceed specified time, job is rejected. |
 | -N *name* | Specify job name. default is name of job script. |
 | -o *stdout_name* | Specify standard output stream of job |
 | -p *priority* | Specify POSIX priority for Spot service |
@@ -133,7 +133,7 @@ To execute an interactive job, use the `qrsh` command.
 If ABCI point is insufficient when executing interactive job, execution is failed.
 
 ```
-$ qrsh -g ABCI_UserGroup -l Resource_type[=number] [option]
+$ qrsh -g ABCI_UserGroup -l Resource_type=number [option]
 
 ```
 
@@ -349,7 +349,7 @@ jc_name      NONE
 ```
 
 The major fields of accounting information are follows.
-For more detail, use `man accounting` command.
+For more detail, use `man sge_accounting` command.
 
 | Field | Description |
 |:--|:--|
@@ -360,7 +360,7 @@ For more detail, use `man accounting` command.
 | end_time | Job end time |
 | failed | Job end code managed by job scheduler |
 | exit_status | Job end status |
-| ru_wallclock | Job running time(include pre/post process) |
+| wallclock | Job running time(include pre/post process) |
 
 ### 3.5.6. Environment Variable
 

en/docs/04.md

@@ -89,7 +89,7 @@ Note that the amount of the local storage you can use is determined by "Resource
 
 The set of NVMe storages of job assigned compute nodes can be used as a
 distributed shared file system (BeeGFS) on demand.
-When using on demand BeeGFS (BeeOND), you need to submit job with `-l USE_BEEOND` option.
+When using on demand BeeGFS (BeeOND), you need to submit job with `-l USE_BEEOND=1` option.
 And you need to specify `-l rt_F` option in this case, because node must be exclusively allocated to job.
 
 The created distributed shared file system area can be accessed from /beeond.
@@ -100,7 +100,7 @@ Example) sample of job script(use_beeond.sh)
 #!/bin/bash
 
 #$-l rt_F=2
-#$-l USE_BEEOND
+#$-l USE_BEEOND=1
 #$-cwd
 
 echo test1 > /beeond/foo.txt

en/docs/09.md

@@ -69,13 +69,9 @@ When you use Docker, you need to set up user environment by the `module` command
 The available Docker image can be referred by `show_docker_images` command.
 
 ```
-[username@es1 ~]$ show_docker_imags
+[username@es1 ~]$ show_docker_images
 REPOSITORY                TAG             IMAGE ID     CREATED       SIZE
 jcm:5000/dhub/ubuntu      latest          113a43faa138 3 weeks ago   81.2MB
-jcm:5000/ngc/digits       18.05           6a1f6f779ee7 6 weeks ago   6.3GB
-jcm:5000/ngc/cntk         18.05-py3       fc80364bb960 8 weeks ago   6.35GB
-jcm:5000/ngc/theano       18.05           152676dfc545 8 weeks ago   3.86GB
-jcm:5000/ngc/caffe2       18.05-py3       c60b8604c4bb 8 weeks ago   3.18GB
 ```
 
 !!! warning
@@ -92,7 +88,7 @@ The following job script executes `python3 ./test.py` on Docker container.
 #$-j y
 #$-l rt_F=1
 #$-l docker=1
-#$-l docker_images="*jcm:5000/ngc/caffe2:18.05-py3*"
+#$-l docker_images="*jcm:5000/dhub/ubuntu*"
 
 python3 ./sample.py
 ```

en/docs/index.md

@@ -5,4 +5,4 @@ All users who use this system are strongly recommended to read this document, as
 
 
 !!! notte
-    Please check restrictions before using.
+    Please check "Known issues" before using.

en/docs/known-issues.md

@@ -0,0 +1,8 @@
+# Known Issues
+
+|date|content|status|
+|:--|:--|:--| 
+|2019/04/10| The following qsub option requires to specify argument due to job scheduler update (8.5.4 -> 8.6.3).<BR>resource type ( -l rt_F etc)<BR>$ qsub -g GROUP -l rt_F=1<BR>$ qsub -g GROUP -l rt_G.small=1|close|
+|2019/04/10| The following qsub option requires to specify argument due to job scheduler update (8.5.4 -> 8.6.3).<BR>use BEEOND ( -l USE_BEEOND)<BR>$ qsub -g GROUP -l rt_F=2 -l USE_BEEOND=1|close|
+|2019/04/05| Due to job scheduler update (8.5.4 -> 8.6.3), a comupte node can execute only up to 2 jobs each resource type "rt_G.small" and "rt_C.small" (normally up to 4 jobs ).This situation also occures with Reservation service, so to be careful when you submit job with "rt_G.small" or "rt_C.small".<BR>$ qsub -ar ARID -l rt_G.small=1 -g GROUP run.sh (x 3 times)<BR>$ qstat <BR>job-ID prior name user state<BR> --------<BR> 478583 0.25586 sample.sh username r<BR> 478584 0.25586 sample.sh username r<BR> 478586 0.25586 sample.sh username qw|open|
+

en/mkdocs.yml

@@ -24,7 +24,7 @@ nav:
     - '13. AWS': '13.md'
     - 'Appendix 1. Configuration of Installed Software': 'appendix1.md'
     - 'Appendix 2. Use of ABCI System for HPCI ': 'appendix2.md'
-  - 'Restriction': 'restriction.md'
+  - 'Known Issues': 'known-issues.md'
   - 'System Updates': 'system-updates.md'
   - 'Privacy Policy': 'https://portal.abci.ai/docs/privacy-policy/'
 theme:

ja/docs/03.md

@@ -112,8 +112,8 @@ Reservedサービス毎の使用ABCIポイントの計算式は以下の通り
 | オプション | 説明 |
 |:--|:--|
 | -g *group* | ABCI利用グループを*group*で指定します。 |
-| -l *resource_type*[=*num*] | 資源タイプ*resource_type*と、その個数*num*を指定します。本オプションは指定必須です。 |
-| -l h_rt=[[*HH:*]*MM:*]*SS* | 経過時間制限値を指定します。[[*HH:*]*MM:*]*SS*で指定することができます。ジョブの実行時間が指定した時間を超過した場合、ジョブは強制終了されます。 |
+| -l *resource_type*=*num* | 資源タイプ*resource_type*と、その個数*num*を指定します。本オプションは指定必須です。 |
+| -l h_rt=[*HH:MM:*]*SS* | 経過時間制限値を指定します。[*HH:*MM:*]*SS*で指定することができます。ジョブの実行時間が指定した時間を超過した場合、ジョブは強制終了されます。 |
 | -N *name* | ジョブ名を*name*で指定します。デフォルトは、ジョブスクリプト名です。 |
 | -o *stdout_name* | 標準出力名を*stdout_name*で指定します。 |
 | -p *priority* | SpotサービスでPOSIX優先度を*priority*で指定します。 |
@@ -132,7 +132,7 @@ Reservedサービス毎の使用ABCIポイントの計算式は以下の通り
 インタラクティブジョブ実行時にABCIポイントが不足している場合、インタラクティブジョブの実行に失敗します。
 
 ```
-$ qrsh -g group -l resource_type[=num] [options]
+$ qrsh -g group -l resource_type=num [options]
 
 ```
 
@@ -357,7 +357,7 @@ jc_name      NONE
 ```
 
 主な表示項目は以下の通りです。
-その他項目の詳細は`man accounting`を参照ください。
+その他項目の詳細は`man sge_accounting`を参照ください。
 
 | 項目 | 説明 |
 |:--|:--|
@@ -368,7 +368,7 @@ jc_name      NONE
 | end_time | ジョブの実行終了時刻 |
 | failed | ジョブスケジューラのジョブ終了コード |
 | exit_status | ジョブの終了ステータス |
-| ru_wallclock | ジョブの実行時間(前後処理を含む) |
+| wallclock | ジョブの実行時間(前後処理を含む) |
 
 ### 3.5.6. 環境変数
 

ja/docs/04.md

@@ -93,7 +93,7 @@ ABCIシステムでは各計算ノードに 1.6TB の NVMe ストレージが搭
 ジョブに割り当てられたすべての計算ノードの NVMe ストレージを、
 分散共有ファイルシステム(BeeGFS)としてオンデマンドで利用できます。
 オンデマンドの BeeGFS(BeeOND)を利用するジョブを投入するときは、
-`-l USE_BEEOND`オプションを指定する必要があります。
+`-l USE_BEEOND=1`オプションを指定する必要があります。
 また、BeeONDを利用する場合はノードを占有する必要があるため、
 `-l rt_F`オプションを指定する必要もあります。
 
@@ -105,7 +105,7 @@ ABCIシステムでは各計算ノードに 1.6TB の NVMe ストレージが搭
 #!/bin/bash
 
 #$-l rt_F=2
-#$-l USE_BEEOND
+#$-l USE_BEEOND=1
 #$-cwd
 
 echo test1 > /beeond/foo.txt

ja/docs/09.md

@@ -68,13 +68,9 @@ Dockerを利用する場合、ジョブ投入時に`-l docker`オプションと
 利用可能なDockerイメージは`show_docker_images`コマンドで参照可能です。
 
 ```
-[username@es1 ~]$ show_docker_imags
+[username@es1 ~]$ show_docker_images
 REPOSITORY                TAG             IMAGE ID     CREATED       SIZE
 jcm:5000/dhub/ubuntu      latest          113a43faa138 3 weeks ago   81.2MB
-jcm:5000/ngc/digits       18.05           6a1f6f779ee7 6 weeks ago   6.3GB
-jcm:5000/ngc/cntk         18.05-py3       fc80364bb960 8 weeks ago   6.35GB
-jcm:5000/ngc/theano       18.05           152676dfc545 8 weeks ago   3.86GB
-jcm:5000/ngc/caffe2       18.05-py3       c60b8604c4bb 8 weeks ago   3.18GB
 ```
 
 !!! warning
@@ -91,7 +87,7 @@ Dockerジョブのジョブスクリプト例）
 #$-j y
 #$-l rt_F=1
 #$-l docker=1
-#$-l docker_images="*jcm:5000/ngc/caffe2:18.05-py3*"
+#$-l docker_images="*jcm:5000/dhub/ubuntu*"
 
 python3 ./sample.py
 ```

ja/docs/index.md

@@ -6,4 +6,4 @@
 
 
 !!! note 
-    ご利用の際には、制限事項の項目も併せてご確認ください。
+    ご利用の際には、"既知の問題" も併せてご確認ください。

ja/docs/known-issues.md

@@ -0,0 +1,7 @@
+# 既知の問題
+
+|日時|内容|状況|
+|:--|:--|:--|
+|2019/04/10|ジョブスケジューラのアップデート(8.5.4 -> 8.6.3)に伴い、以下のジョブ投入オプションは引数が必須になりました。<BR>リソースタイプ(-l rt_F等)<BR>$ qsub -g GROUP -l rt_F=1<BR>  $ qsub -g GROUP -l rt_G.small=1|対応完了|
+|2019/04/10|ジョブスケジューラのアップデート(8.5.4 -> 8.6.3)に伴い、以下のジョブ投入オプションは引数が必須になりました。BEEOND使用する場合は、-l USE_BEEONDオプションに"1"を省略せず指定してください。<BR>BEEOND 実行 (-l USE_BEEOND)<BR>$ qsub -g GROUP -l rt_F=2 -l USE_BEEOND=1|対応完了|
+|2019/04/05|通常計算ノードで rt_C.small/rt_G.small はそれぞれ最大で4ジョブまで実行されますが、ジョブスケジューラの不具合により、それぞれ最大2ジョブまでしか実行できない事象が発生しています。<br>Reservedサービスでも同様の事象が発生しており、rt_C.small/rt_G.small を使用の場合はご注意ください。<BR>$ qsub -ar ARID -l rt_G.small=1 -g GROUP run.sh (x 3回) <BR>$ qstat<BR>job-ID     prior   name       user         state<BR>--------<BR>    478583 0.25586 sample.sh  username   r<BR>    478584 0.25586 sample.sh  username   r<BR>    478586 0.25586 sample.sh  username   qw|対応中|

ja/mkdocs.yml

@@ -24,7 +24,7 @@ nav:
     - '13. AWS の利用': '13.md'
     - '付録1. インストール済みソフトウェアの構成': 'appendix1.md'
     - '付録2. HPCIによるABCIシステム利用': 'appendix2.md'
-  - '制限事項': 'restriction.md'
+  - '既知の問題': 'known-issues.md'
   - 'システム更新履歴': 'system-updates.md'
   - 'プライバシーポリシー': 'https://portal.abci.ai/docs/privacy-policy/'
 theme: