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Hirotaka Ogawa edited this page Jul 16, 2019 · 4 revisions

Q. インタラクティブ利用時にCtrl+Sを入力するとそれ以降のキー入力ができない

macOS、Windows、Linuxなどの標準のターミナルエミュレータでは、デフォルトでCtrl+S/Ctrl+Qによる出力制御が有効になっているためです。無効にするためには、ローカルPCのターミナルエミュレータで以下を実行してください。

$ stty -ixon

インタラクティブノードにログインした状態で実行しても同等の効果があります。

Q. グループ領域が実サイズ以上に消費されてしまう

一般にファイルシステムにはブロックサイズがあり、どんなに小さいファイルであってもブロックサイズ分の容量を消費します。

ABCIでは、グループ領域のブロックサイズは128KB、ホーム領域のグループサイズは4KBとしています。このため、グループ領域に小さいファイルを大量に作ると利用効率が下がります。例えば、4KB未満のファイルを作る場合には、ホーム領域の約32倍の容量が必要になります。

Q. 認証が必要なコンテナレジストリをSingularityで利用できない

Singularity version 2.6にはdocker login相当の機能として、環境変数で認証情報を与える機能があります。

[username@es ~]$ export SINGULARITY_DOCKER_USERNAME='username'
[username@es ~]$ export SINGULARITY_DOCKER_PASSWORD='password'
[username@es ~]$ singularity pull docker://myregistry.azurecr.io/namespace/repo_name:repo_tag

Singularity version 2.6の認証に関する詳細は、以下をご参照ください。

https://www.sylabs.io/guides/2.6/user-guide.pdf

  • 14.6 How do I specify my Docker image?
  • 14.7 Custom Authentication

Q. NGC CLIが実行できない

ABCI上で、NGC Catalog CLIを実行すると、以下のエラーメッセージが出て実行できません。これはNGC CLIがUbuntu 14.04以降用にビルドされているためです。

ImportError: /lib64/libc.so.6: version `GLIBC_2.18' not found (required by /tmp/_MEIxvHq8h/libstdc++.so.6)
[89261] Failed to execute script ngc

以下のようなシェルスクリプトを用意することで、Singularityを使って実行させることができます。NGC CLIに限らず、一般的に使えるテクニックです。

#!/bin/sh
source /etc/profile.d/modules.sh
module load singularity/2.6.1

NGC_HOME=$HOME/ngc
singularity exec $NGC_HOME/ubuntu-18.04.simg $NGC_HOME/ngc $@

Q. 複数の計算ノードを割り当て、それぞれの計算ノードで異なる処理をさせたい

qrshやqsubで-l rt_F=Nオプションを与えると、N個の計算ノードを割り当てることができます。割り当てられた計算ノードでそれぞれ異なる処理をさせたい場合にもMPIが使えます。

$ module load openmpi/2.1.6
$ mpirun -hostfile $SGE_JOB_HOSTLIST -np 1 command1 : -np 1 command2 : ... : -np1 commandN
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