ToxF!nder

Per eseguire il programma:

per eseguire il programma in locale: installa i requirements ed esegui

streamlit run PubChem.py

Da remoto: toxicity.streamlit.app

Pagine dell'app

PubChem

• Funziona sempre.
• Ricerca in locale
  • Effettua query con DuckDB ad un csv (convertito da json) con numerevoli valori LD50. Risulta instantaneo.
• Ricerca in rete
  • Effettua Request a PubChem. Dato il nome di una sostanza ne ottiene una tabella con i vari LD50. Non instantaneo ma neanche lento.

ECHA

• Se esiste un dossier tossicologico funziona quasi sempre. Ogni tanto potrebbe avere qualche problema di formattazione del testo o della tabella. In fondo al README è presenta una lista delle sostanze testate.
• Ora è presente anche una ricerca in locale instantanea

In qualche modo complicato recupera un dossier attivo (o inattivo) dal sito dell'ECHA e, in un modo ancora piu' complicato, ne estrae il riassunto tossicologico e l'acute toxicity. Ottenere le tabelle dai riassunti tossicologici dall'html del dossier si è rivelato un incubo.

CIR

• A causa della fonte estremamente lenta e delle allucinazioni di Gemini il CIR risulta il meno affidabile.

Data una sostanza verifica se esista un dossier sul sito del CIR. Se esiste ne estrae le pagine dal pdf e cerca i valori LD50 / NOAEL. Queste pagine le fa interpretare da Gemini.

nota: Gemini non funziona in locale perchè richiede IP non italiano

Struttura dei file:

• PubChem.py Pagina iniziale per PubChem
• .pages/Echa.py Pagina dell'ECHA
• .pages/CIR.py Pagina del CIR
• echa_summary.py funzioni per creare delle tabelle dato un dossier tossicologico echa
• echa_find.py funzioni per recuperare il sito del dossier tossicologico echa
• pubchem.json file dal quale abbiamo estratto l'HSDB.csv
• cir-reports.csv database delle sostanze inci
• HSDB.csv database di PubChem in locale

Sostanze Testate per l'ECHA:

✅: Funziona 🆗: Funziona ma non perfettamente ❌: Non funziona

• ✅ 'Isooctane'
• ✅ 'Carbamic acid ester'
• ✅ 'Cyanoguanidine'
• 🆗 'Propyl acetate' Formattazione problematica
• ✅ 'AZODICARBOXYLIC DIMORPHOLIDE'
• ✅ '(-) Vince Lactam'
• ✅ '(+)-tartaric acid'
• 🆗 '(+)-bornan-2-one' Formattazione problematica
• ✅ '(+/-)-cis-3-acetoxy-4-phenylazetidine-2-one [BMS 183040-01]'
• ✅ '( 4-hydroxystyrene, 4-t butoxy styrene and 2,5-dimethyl -2.5-diacryloxyhexane) copolymer'
• ✅ 'Methyl chloroformate'
• ✅ 'Hydrolyzed Quinoa'
• ✅ '(±)-neomenthol'
• ✅ 'L-Aspartic acid, N,N'-1,2-ethanediylbis-'
• ✅ 'Benzene, 2,4-dibromo-1-(dimethoxymethyl)-'
• 🆗 'Chlorine dioxide' Formattazione problematica
• ✅ 'Phenethyl salicylate'
• ✅ 'Hydrocarbons, C10-C13, n-alkanes'
• ✅ 'Decanenitrile'
• ✅ '(+)-menthol'
• ✅ '(+)-neomenthol'
• ✅ 'Hydrocarbons, C3'
• ✅ 'Ethanol, 1-ethoxy-2,2-difluoro-'
• ✅ 'Butyl butyrate'
• ✅ 'Aluminum cesium fluoride'
• ✅ 'Betamethasone'
• 🆗 'Citral' Formattazione problematica
• ✅ 'L-menthan-3-one '
• 🆗 'Ethylene dimethacrylate' Formattazione problematica