jolo

Jupyter / voilà interface to OLOGRAM

Try with mybinder

Install

Install bedtools

sudo apt-get install bedtools

Dependencies

OLOGRAM documentation

https://dputhier.github.io/pygtftk/ologram.html

Tentative spec

• Interface web

  • Trois onglets:
    • OLOGRAM
    • OLOGRAM-MODL
    • MERGE_STATS
      • Input (+)
      • Ajouterai un nom et un tsv

• Proposer des jeux exemple.

  • Jeux artificiel
  • Données réels

• Aide contextuelle sur chaque argument (cf CLI)

  • Zone chargement de fichiers
  • Upload de plusieurs fichiers
  • paramètres

• Comment fait on avec les GTF de référence

• Output

  • Un fichier pdf + un tsv

• On devrait pouvoir construire un format html en sortie

  • Graph interactif
    • bqplot
    • altair

• On voit la commande envoyée par l’utilisateur

• Serveur avec un scheduler (load balancing ?):

• Slurm

  • Définir la mémoire

• Qsub

• Comment l’utilisateur suit son travail

  • s’identifier / on simplement donner son adresse.

• Une URL qu’il pourra consulter avec son résultat.

• Les résultats ont une certaine pérennité

• Migrable facilement

Ressource management

• https://docs.hpc.cofc.edu/using-the-hpc/scheduling-jobs/jupyterhub
• https://docs.python.org/3/library/resource.html