Repozitorijoje saugomi failai, kurie yra naudojami sukurtoje R aplikacijoje. Ši aplikacija leidžia įvertinti įkeltų ChIP sekoskaitos duomenų kokybę, atlikti biologines analizes bei panaudoti sukurtą metodą transkripcijos faktorių taikinių spėjimui pasirinktame organizme.
Direktorijų apibūdinimai:
- Input/ - šioje direktorijoje saugomas JSON formato failas, kuriame yra pateikta visa R bibliotekų, genomų anotacijų bei chromosomų rinkinio ir jų ilgių informacija kiekvienam organizmui, kurio ChIP sekoskaitos duomenys gali būti apdoroti aplikacijoje.
- Scripts/ - pagrindinė direktorija, kurioje saugomi visi
failai, realizuojantys sukurtą aplikaciją. Šioje direktorijoje
patalpintas aplikacijoje naudojamų funkcijų failas (functions.R),
aplikaciją sudaranačių elementų stilių apibūdinantis CSS formato
failas (styles.css) bei App direktorija. Šią direktoriją
sudaro trys R failai:
- ui.R faile aprašytas aplikacijos elementų išdėstymas;
- server.R faile realizuotas R programinis kodas, atliekantis ChIP sekoskaitos duomenų kokybės vertinimą, biologines analizes bei realizuojantis transkripcijos faktorių taikinių spėjimo metodą. Tai pat šiame faile esantis kodas generuoja iliustracijas, tarpinius programos failus bei lenteles;
- app.R - pagrindinis failas, kuriame inicijuojamas ui.R ir server.R programų kvietimas. Šis failas reikalingas Shiny aplikacijos paleidimui.
Aplikacijos paleidimas
-
Norint paleisti sukurtą Shiny aplikaciją reikia atsisiųsti virtualios mašinos Aplikacija.ova failą, kuris gali būti atsisiųtas iš čia: Nuoroda.
-
Atsisiųstas failas turi būti įkeltas į Oracle VirtualBox: File > Import appliance > File dalyje reikia įkelti atsisiųstą Aplikacija.ova failą.
-
Pasirodžius darbalaukiui reikia pasirinkti aplanką "Aplikacija".
-
Šiame aplanke atverti terminalą ir įrašyti komandą:
Rscript ./Scripts/App/app.R -
Pasirodžius http adresui jį įvesti į naudojamą naršyklę.
Virtualios mašinos slaptažodis: ubuntu16.