PyRosetta的官方Notebook在很久之前就正式发布了，这次由晶泰科技团队带来的PyRosetta基础中文教程具有更好的易读性、更全面的用法介绍以及更多的实例展示。在这个教程中，读者通过动手实操一步步了解Rosetta的底层逻辑与建模思想，可以从零了解如何使用API组件去一步步搭建设计蛋白质、多肽的计算流程，同时教程中从零翻译了大量的PyRosetta API接口以备不时之需。
@文档贡献者：
- 吴炜坤 @晶泰人工智能研发中心
- 黄健 @晶泰人工智能研发中心
- 张博文 @晶泰人工智能研发中心
- 槐喆 @晶泰人工智能研发中心
@校对：
- 王天元 @晶泰人工智能研发中心
- 郭宁 @晶泰人工智能研发中心
- 张晨虹 @晶泰人工智能研发中心
@外援支持:
- 刘源 博士后 北京大学王初课题组
负责人:@吴炜坤
- 0.0 安装与配置
负责介绍PyRosetta对结构文件的处理，以及Pose对象的重要作用
负责人:@吴炜坤
- 1.0 Pose IO介绍
- 1.1 PymolMover与可视化
- 1.2 Pose与PDBinfo的交互
- 1.3 Atom与Residue的层级
- 1.4 Conformation层级
- 1.5 Pose的操作变换一览
介绍Rosetta的能量函数与物理约束
负责人: @黄健
- 2.0 Atom与Structure的表示方式
- 2.1 Energy Terms and Score Function介绍
- 2.2 Constraints的介绍与用法
- 2.3 Contsraint的API查询
介绍Rosetta的骨架自由度控制
负责人:@张博文
- 3.0 FoldTree的连续性
- 3.1 FoldTree的不连续性
介绍Rosetta中的蒙特卡洛算法【核心】
负责人:@吴炜坤
介绍残基选择器，自定义选择范围。
负责人:@槐喆
介绍Packer与氨基酸侧链自由度控制，如何使用PyRosetta进行设计
负责人:@吴炜坤
- 6.0 Rotamers & Packer简介
- 6.1 TaskOperation & PackTask任务机制
- 6.2 Resfile System与Rotamer控制
- 6.3 TaskOperation的API查询
新一代特征计算和记录工具
负责人:@槐喆
- 7.0 SimpleMetric逻辑
- 7.1 SimpleMetric的API查询
过滤器也是计算器。
负责人: @吴炜坤@黄健
- 8.0 Filters的逻辑
- 8.1 Filters的API查询
xmlObject如何解决Rosetta历史遗留问题
负责人:@黄健@吴炜坤
- 9.0 RosettaScript基础
- 9.1 RosettaScript进阶
- 9.2 XmlObject的用法
Silent与rstoolbox的完美结合。
负责人:@吴炜坤
- 10.0 rstoolbox对Silent文件解析
- 10.1 rstoolbox更多有用的API
如果你有任何问题，请在github issues里提出，我们有专人进行回答。
如果你想找到蛋白质设计社区，可以使用微信入群讨论，请将微信号发送至rosettastudy@163.com邮箱，将有专人添加您微信邀请入群。
申请邮件格式（缺一不可）:
- 个人介绍（姓名，专业）
- 所在课题组
- 研究课题内容
- 入群理由
- 个人微信号
入群前，将进行相关问题提问审核。
PyRosetta中文基础计划的地址: https://github.com/guyujun/pyrosetta-basic
官方PyRosetta Notebook开源地址: https://github.com/RosettaCommons/PyRosetta.notebooks
官方PyRosetta API查询: https://graylab.jhpytu.edu/PyRosetta.documentation/search.html?q=cdr
Rosetta中文社区知乎: https://www.zhihu.com/column/rosettastudy