Хакатон от НИЯУ МИФИ "Atomic Hack"

трек: Хемоинформатика

Наша команда

Александр telegram
Михаил telegram
Павел telegram

Описание задачи

Для определения того, является ли то или иное химическое соединение лекарством, необходимо проводить длительные биологические эксперименты. Это процедуру можно значительно ускорить, если научиться предсказывать необходимые параметры соединения на основании его структуры. Вам даны данные о химических соединениях и их структурные формулы, предскажите параметры CC50 и IC50 или SI (индекс селективности).

Данные и ресурсы

Представлено два набора данных - ~1400 соединений с рассчитанным CC50/IC50/SI по отношению к одному и тому же штамму H1N1 (Грипп) и ~35000 соединений с рассчитанным IC50 по отношению к разным штаммам H1N1. В первую очередь работа должна осуществляться с предоставленными данными.

Результаты

Результаты обучения моделей на 1D дескрипторах

Модель	Тип обработки	RMSE/Valid	RMSE/Test
Catboost	Без стандартизации	21.0	21.88
	С стандартизацией	21.0	22.07
LightGBM	Без стандартизации	20.0	21.44
	С стандартизацией	20.0	21.37
XGBoost	Без стандартизации	21.0	21.812
	С стандартизацией	21.0	21.809
RandomForest	Без стандартизации	20.62	21.32
	С стандартизацией	20.58	21.49

Результаты обучения Catboost на Fingerprint 2D дескрипторах

Модель	Тип обработки	RMSE/Valid	RMSE/Test
Catboost	Без стандартизации	21.5	23.41