Skip to content

leungll/Topk-Coding

Folders and files

NameName
Last commit message
Last commit date

Latest commit

 

History

24 Commits
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 

Repository files navigation

TopK-Coding

GitHub last commit maven maven maven GitHub

This project contains the software used in the paper "Fast Enumeration of Large k-Plexes" authored by Alessio Conte, Donatella Firmani, Caterina Mordente, Maurizio Patrignani, and Riccardo Torlone and published at the 23rd SIGKDD Conference on Knowledge Discovery and Data Mining (KDD 2017).

Environment

  • Linux
  • python2 ( e.g. python2.7 ):跑 berlowitz 代码
  • python3:跑 kplexes.py
  • c++11
  • 枚举kplex部分需要安装 snap.py 库,snap.py 库对环境要求很高
  • 实验代码已在 ubtuntu 18.04 系统执行通过

Prepare

  • 关于python2

    • 如果你的 python2 不是 2.7 版本,需要在 kplexes.py(代码大概在 108 行,路径:Topk-Coding/kplexes.py )的 call 函数中修改对应的 py2 版本号

      call("python2.7 %s %s" % (berexe, argstring), shell=True, stdout=DEVNULL)
      
  • 安装 snap.py

    • 可直接命令行安装:pip install snap-stanford

    • 下载:https://snap.stanford.edu/snappy/release

    • 执行安装 ( e.g. ubtuntu 18.04 & py2.7 )

      tar zxvf snap-stanford-5.0.0-5.0-ubuntu18.04.2-x64-py2.7.tar.gz
      cd snap-stanford-5.0.0-5.0-ubuntu18.04.2-x64-py2.7
      sudo python2.X setup.py install
      

      snap.py-on-linux

Compile & Run

cd Topk-Coding
mkdir working_dir
mkdir splex_ans
mkdir input_data
mkdir input_data_c
mkdir ans
g++ -std=c++11 Coding.cpp -o Coding
./Coding XXX.input_file k
  • 后台运行

    ./Coding XXX.input_file k & 
    python3 kplexes.py --k=XXX --m=0 --fileName=XXX.input_file > ans/XXX.txt &
    
  • 查看进程:

    ps -ef | grep Coding
    ps -ef | grep kplexes.py
    

Common Commands

  • 查看版本当前操作系统内核信息:uname -a

  • 查看当前操作系统版本信息:cat /proc/version

  • 查看版本当前操作系统发行版信息:cat /etc/issue

  • 查看 cpu 信息:cat /proc/cpuinfo

  • 查看 python 具体版本:python --version

  • 查看 python 具体安装路径:which python

  • 查看 pip 具体版本: pip --version

  • 查看 pip 具体安装路径:which pip

  • tar.gz 解压:tar zxvf XXX.tar.gz

  • zip 解压:unzip XXX.zip

  • vim 编辑:

    vim /usr/bin/yum 
    i 
    ESC 
    :wq / :q!
    
  • 查看系统 python 版本 :ll /usr/bin/python*

  • 备份 python 原版本:mv /usr/bin/python /usr/bin/python.bak

  • 建立 python 软链接:ln -s /usr/local/python27/bin/python2.7 /usr/bin/python

  • 恢复原来的 python 指向:cp /usr/bin/python.bak /usr/bin/python

  • pip 国内镜像源:

    • 清华:pip install 包名 -i https://pypi.tuna.tsinghua.edu.cn/simple
    • 阿里云:pip install 包名 -i http://mirrors.aliyun.com/pypi/simple/
    • 豆瓣源( python 指定 pip ):python -m pip install 包名 -i http://pypi.douban.com/simple/ --trusted-host pypi.douban.com

Pay Attention

  • Coding.cpp 中的 ss_python_cmd 文件后缀名(1115行)要与 kplexes.py 中的 extension (33行)匹配

  • 执行命令前需要创建 5 个文件夹,否则会报错

    • mkdir working_dir
    • mkdir splex_ans
    • mkdir input_data
    • mkdir input_data_c
    • mkdir ans

Update kplexes.py

  • 修改命令行参数( argparse & parser

  • 注释

    • 169行:print("%s remove %d edges" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), len(cond)))

    • 246行:

      print("%s started %d threads (batch_size=%d, procnum=%d)" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), i+1, batch_size, procnum), file = sys.stderr)
      
    • 250行:print("%s ended thread %d" % (datetime.today().strftime('%Y-%m-%d %H:%M:%S'), i), file = sys.stderr)

    • 293行:print(sorted_files)

  • k 从命令行接收:

    • 27行:k_cmd = args.k
    • 304行:for k in [k_cmd]
  • 注释 m 的运算规则,从命令行接收:

    • 318行:m = max(k**2, math.ceil(fatt))
    • 401行:m = max(k**2, math.ceil(fatt))
    • 28行:m = args.m
  • 增加文件比较

    • 29行:fileNameStr = args.fileName
    • 297行:if filename == fileNameStr
  • 修改 print 规则

    • 注释 413 行:print(P, file=sys.stderr)
    • 增加代码 414 行:print(P)

References

Releases

No releases published

Packages

No packages published