様々な分子の分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamics; MD)向け入力ファイル
MDシミュレーションソフトウェアとしては、GENESIS、GROMACS, NAMD, Amberなどがありますが、ここではPythonに慣れた学生向けに主にOpenMM用の入力ファイルを置いています。
OpenMMは、minicondaをインストールした上で、以下のようにしたインストールしてください。
conda install -c conda-forge openmm
- adk_closed
- Adenylate kinase の closed状態
- adk_open
- Adenylate kinase の open状態
- lysozyme_R96H
- T4 lysozyme の変異体 (R96H)。熱安定性が天然より下がることがわかっている。
- lysozyme_WT
- T4 lysozyme の天然体
- proteing
- Protein G に FRETの蛍光色素分子(donor & acceptor)をラベルしたもの
- tau
- Tau protein の PHF構造