md_inputs

様々な分子の分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamics; MD)向け入力ファイル

MDシミュレーションソフトウェアとしては、GENESIS、GROMACS, NAMD, Amberなどがありますが、ここではPythonに慣れた学生向けに主にOpenMM用の入力ファイルを置いています。

OpenMMは、minicondaをインストールした上で、以下のようにしたインストールしてください。

conda install -c conda-forge openmm

入力ファイル

• adk_closed
  • Adenylate kinase の closed状態
• adk_open
  • Adenylate kinase の open状態
• lysozyme_R96H
  • T4 lysozyme の変異体 (R96H)。熱安定性が天然より下がることがわかっている。
• lysozyme_WT
  • T4 lysozyme の天然体
• proteing
  • Protein G に FRETの蛍光色素分子(donor & acceptor)をラベルしたもの
• tau
  • Tau protein の PHF構造