Quellen für Forschungsdaten in NFDI4Objects

Dieses Repository enthält Verweise auf Forschungsdaten(banken) und -repositorien, die für NFDI4Objects relevant sind und in einem Knowledge Graph zusammengeführt werden sollen.

Eine HTML-Ansicht der Liste von Datenbanken befindet sich unter https://nfdi4objects.github.io/n4o-databases/.

Dokumentation

Der Datensatz besteht aus zwei CSV-Dateien.

Databases

Die Liste von Forschungsdatenbanekn und Repositorien n4o-databases.csv mit zwei Spalten:

• name der Datenbank
• wikidata Identifier der Datenbank (QID)

Weitere Informationen werden in Wikidata eingetragen und von dort abgerufen und in die Datei n4o-databases.json geschrieben. Jede Datenbank ist dabei mit folgenden Feldern beschrieben:

• name der Datenbank
• wikidata QID in Wikidata
• url Homepage
• publisher Herausgeber mit name und wikidata QID
• re3data Identifier bei https://www.re3data.org/
• api Schnittstellen mit url, protocol und format

Zusätzlich wird die JSON-Datei als JSON-LD mit diesem Kontext nach RDF konvertiert und im NTriples-Format in der Datei n4o-databases.nt gespeichert und im Turtle-Format in der Datei n4o-databases.ttl. Dabei wird im Wesentlichen das Datenmodell des NFDI4Culture Knowledge Graph verwendet mit folgenden Unterschieden:

• Zur Angabe einer Homepage wird foaf:url verwendet, da diese RDF Property bereits etabliert ist
• Es werden keinen eigenen URIs für Herausgeber, APIs und Dateiformate gebildet sondern Wikidata-URIs verwendet

Darüber hinaus werden die Daten als Property Graph als PG-JSON bzw. PG format gespeichert.

Collections

In n4o-collections.csv stehen bekannte Sammlungen und Datenpublikationen, deren Daten übernommen werden können und falls vorhanden die dazu gehörige übergeordnete Datenbank aus n4o-databases.csv.

Das Skript pg.py konvertiert die Datei n4o-collections.csv ins PG format. Mit make wird damit die Datei no4-collections.pg aktualisiert. Diese Datei kann mit n4o-databases.pg zusammengeführt werden.

Erweiterung und Änderung der Daten

Die Dateien n4o-databases.csv und n4o-collections.csv können per Pull-Request in GitHub geändert werden.

Für Datenbanken und Repositorien sollen in Wikidata folgende Angaben eingetragen werden:

• offizielle Website (P856)
• Herausgeber (P98)
• API-Endpunkt (P6269) mit den Qualifikatoren
  • Protokoll (P2700)
  • Dateiformat (P2701)

Ein Beispieldatesatz ist https://www.wikidata.org/wiki/Q21040628 (KENOM).

Zusätzlich sollte die Datenbank bei re3data.org eingetragen werden, von wo weitere Informationen übernommen werden können.

Zusammenführen der Daten

Zum Zusammenführen der Daten aus n4o-databases.csv und Wikidata wird Node benötigt:

git clone https://github.com/nfdi4objects/n4o-databases.git
npm install
make

Lizenz

Alle Daten stehen als Public Domain (CC0) frei zur Verfügung.