Tutorial4JiaHong

Notion

一、了解游老師的實驗 (W1: 9/19-9/23)

(1)他們想幹嘛->細胞用的骨架

(2)以前都用甚麼材料?這個材料有甚麼特性

(3)為甚麼要新用蛋白質材料?這個材料有甚麼特性

(4)為甚麼要用角蛋白?

(5)根據不同的配比，我們應該預期什麼樣的結果?

(6)根據不同的角蛋白，我們應該預期什麼樣的結果?

alpha=>比較強、不會Unfold ->難聚合

beta=>比較容易散開，增加交聯位置

(7)模擬跟實驗要怎麼連接?

二、蛋白質的基礎 (W2: 9/26-9/30)

(1) 20種基本胺基酸與改質的位置

(2) 氫鍵、二級結構與重要性：alpha, beta…

(3) PDB和怎麼看

(4) 如何改質

三、分子模擬的基礎 (Week 3,4)

(1) 分子模擬的理論基礎

(2) CHARMM力場與GUI學習

(3) Lammps的script

(4) Beta Keratin的AA平衡與分析

四、Gromacs (Optional)

Beta Keratin的CG模型建立

Beta Keratin的CG模擬

五、Python與Polymatic (Week 5,6,7)

(1) Miniconda, Ubuntu, Perl和相關指令

(2) Python Script

(3) Polymatic範例練習

六、組合MD與Polymatic

(1) Python組合

(2) 設定目標與分析項目