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Tuberculosis@LOG and NPR, Macrophage gene expression time series.

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rgarcia-herrera/tuberculosis-diff

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Tuberculosis-NRP

Este repositorio contiene scripts para analizar expresión génica de tuberculosis y macrófagos en diferentes lapsos y fases, medida por un instrumento Agilent.

Datos

  1. Log Glu y Ctrls 2 lavado. Contienen dos réplicas biológicas etiquetadas L1 y L2. Los controles están formados por una mezcla de RNAs de diferentes experimentos.

    1.1. CTLR 4h: este es el experimento de células sin infectar, sólo tiene RNA de macrófagos. 4 horas es el primer tiempo en todos los experimentos.

    1.2. CTRL 24h y CTRL 48h: son los experimentos de los siguientes tiempos, unicamente RNA de macrófagos

    1.3. Condiciones de infección LOG (de fase logarítmica de crecimiento) en experimentos de 24 y 48h con dos y tres replicas biológicas, respectivamente. En estos experimentos hay RNA tanto del macrófago como de M. tuberculosis. No tenemos la fase de 4h en los areglos porque ese RNA bacteriano no estaba listo. De este arreglo solo hay que analizar la expresión de los experimentos de 24h y de 48h

  2. Carpeta txt NRP1 y NRP2. Las NRP son las fases de latencia in vitro de tb. La fase 1 es de hipoxia (baja tensión de O2) y la fase 2 es de anoxia (sin O2). Para cada fase de latencia tenemos dos archivos del experimento de 24 h y dos del de 48 porque son dos replicas biológicas.

Análisis

Microarreglo LOG y CTRL

De las fases LOG, contrastes:

  • entre 24h y 48h.
  • entre controles 4h, 24h y 48h

Microarreglo NRP

Contrastes:

  • 24h contr 48h en 1 y w

  • NRP2 24H contra NRP1 24h y NRP2 48h contra NRP1 48h.

Contraste inter-microarreglo

  • NRP1 24h contra LOG 24h
  • NRP1 48h contra LOG 48h
  • NRP2 24h contra LOG 24h
  • NRP2 48h contra LOG 48h

Estos contrastes precisan de la creación de un baseline para normalizar entre los dos arreglos.

Código fuente

El código en R del análisis usa la biblioteca Limma.

Usamos la biblioteca Agilp en el pipeline de Python.

Referencias

http://matticklab.com/index.php?title=Single_channel_analysis_of_Agilent_microarray_data_with_Limma

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Tuberculosis@LOG and NPR, Macrophage gene expression time series.

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