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Strumenti Formali per la Bioinformatica

Organizzazione del corso di "Strumenti Formali per la Bioinformatica" (R. Zaccagnino, R. Zizza, C. De Felice) dell'Università degli Studi di Salerno.

Strumenti Formali per la Bioinformatica

Corso affine-integrativo della Laurea Magistrale in Informatica all'Università degli Studi di Salerno.

Istruzioni e linee guida

Questa organizzazione GitHub ha lo scopo di preservare e organizzare i progetti degli studenti che intendono sostenere, o hanno precedentemente sostenuto, l'esame. Si sottolinea che è a cura degli studenti la creazione della repository del proprio progetto (individuale o di gruppo che sia).

Al fine di standardizzare e catalogare al meglio le sottomissioni degli utenti, si chiede di rispettare alcune linee guida.

Le repository dovrebbero avere un nome distintivo, in minuscolo e separato da trattini, che identifichi il progetto. Ad esempio, per il progetto "Patient Digital Twin", la repository dovrebbe essere chiamata patient-digital-twin.

Inoltre, la descrizione della repository dovrebbe essere formattata come segue: [a.a. xx/yy] N. Cognome, N. Cognome, N. Cognome. Un esempio pratico: [a.a. 22/23] C. Rossi, A. Bianchi, G. Verdi.

Il contenuto della repository coincide col materiale oggetto di valutazione da parte del corpo docenti. Dovrebbe, in ogni caso, contenere tutto il necessario per permettere la riproducibilità del progetto. In particolare, si consiglia di includere la codebase (in caso di progetto sperimentale), il report finale, eventuali slide della presentazione, e qualsiasi altro materiale ritenuto utile per la comprensione del progetto da parte di enti verificatori, come ad esempio i paper consultati in caso di progetto di natura compilativa.

Per la stesura del report finale, qualora richiesto dal proprio docente di riferimento, si consiglia di utilizzare Overleaf al fine di produrre un documento in LaTeX successivamente esportabile in PDF. La presentazione può essere fornita come file Powerpoint, PDF o come link ad una Google Presentation. Si suggerisce di includere questi file in una cartella deliverables, ma non è strettamente obbligatorio.

Per realizzare la repository del proprio progetto, è possibile creare una nuova repository all'interno di questa organizzazione oppure importare una repository già esistente -- quest'ultima opzione è ideale per chi ha creato una repository sul proprio profilo GitHub privato e intende solo trasferire materiale pre-esistente sulla piattaforma. La prima opzione prevede che l'utente cloni la neo-creata repository dell'organizzazione sulla propria macchina e carichi il materiale desiderato. In entrambi i casi, è necessario che l'utente abbia i permessi di scrittura sulla repository.

E' importante indicare le repository come pubbliche, a prescindere dalle modalità secondo cui vengono create. Si suggerisce anche di aggiungere un file README.md alla repository, che può contenere informazioni aggiuntive sul progetto, come ad esempio una serie di istruzioni su come eseguire il codice. Aggiungere un paio di tag identificativi della natura del progetto o degli strumenti utilizzati, es. machine-learning, cloud, python, golang è ben gradito.

Aiuto

Per dubbi, domande, suggerimenti o problemi, si invita a contattare il proprio docente di riferimento di progetto. Analogamente, per ottenere un invito come collaboratore a questa repository si dovrà necessariamente chiedere ad uno dei docenti di ricevere i permessi da collaboratore.

In alternativa, è possibile contattare il maintainer di questa repository tramite email.

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  1. patient-digital-twin patient-digital-twin Public

    [a.a. 22/23] A. Gravino, D. Trinchese, C. Napolitano

    Python 2

  2. classificazione-varianti-covid-con-cnn classificazione-varianti-covid-con-cnn Public

    [a.a. 22/23] L. Sica

    Jupyter Notebook

  3. deep-reinforcement-learning-for-de-novo-drug-design-on-a-docker-environment deep-reinforcement-learning-for-de-novo-drug-design-on-a-docker-environment Public

    [a.a. 22/23] I. Buccella, M. Maiorano

    Dockerfile 1

  4. bowbin-pipeline-rilevazione-virus-dati-metagenomici bowbin-pipeline-rilevazione-virus-dati-metagenomici Public

    [a.a. 22/23] A. Aquino, N. Gagliarde

    Python 1

  5. phylogenetic-trees-ebola phylogenetic-trees-ebola Public

    [a.a. 22/23] N.P. Santorsa, G. Margarella

    1

  6. pangenomica pangenomica Public

    [a.a 22/23] S. Liguori

Repositories

Showing 10 of 25 repositories
  • covid-fcgr-classification Public

    [a.a. 23/24] G. Capaldo, C. Senatore

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/covid-fcgr-classification’s past year of commit activity
    Jupyter Notebook 0 0 0 0 Updated Sep 4, 2024
  • strumenti-formali-per-la-bioinformatica/Studio-di-Genoogle-e-dei-tool-utilizzati-nel-2024’s past year of commit activity
    0 0 0 0 Updated Aug 5, 2024
  • lrod-optimization-long-reads Public

    [a.a. 23/24] M. Sica

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/lrod-optimization-long-reads’s past year of commit activity
    C++ 0 0 0 0 Updated Jul 30, 2024
  • hypergraph-extensions-for-ppi-networks Public

    [a.a. 23/24] V. Di Pasquale

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/hypergraph-extensions-for-ppi-networks’s past year of commit activity
    Python 1 0 0 0 Updated Jul 30, 2024
  • Genome-Assembly-RL Public

    [A.A. 23/24] R. Napoli

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/Genome-Assembly-RL’s past year of commit activity
    Python 1 1 0 0 Updated Jul 30, 2024
  • ---GenomeAssembly--- Public

    [a.a. 23/24] M. Lombardi , M. Purice.

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/---GenomeAssembly---’s past year of commit activity
    Python 0 0 0 0 Updated Jul 30, 2024
  • lrod-bioinformatica Public

    [a.a. 23/24] C. Staiano, S. Venturino.

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/lrod-bioinformatica’s past year of commit activity
    C++ 0 0 0 0 Updated Jul 2, 2024
  • abyss-e-bloom-filter Public

    [a.a. 22/23] P.Negri, F.Maddaloni

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/abyss-e-bloom-filter’s past year of commit activity
    C++ 0 MIT 0 0 0 Updated Jul 2, 2024
  • GA-DPAMSA Public

    [a.a. 23/24] G. Tuozzo

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/GA-DPAMSA’s past year of commit activity
    Python 0 0 0 0 Updated Jun 26, 2024
  • Caos-virus-taxonomy-classification Public

    [a.a. 23/24] A.Ture, G.Pagano

    strumenti-formali-per-la-bioinformatica/Caos-virus-taxonomy-classification’s past year of commit activity
    Python 3 AFL-3.0 0 0 0 Updated Apr 10, 2024

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