Fix/wholebody #30
Fix/wholebody #30
Conversation
…e values are negative when reading them from affine matrix.
| @@ -222,14 +226,14 @@ def join_beds_wb(recons_beds, joint_beds): | |||
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| bed_0_data = bed_0_data[:, :, :-slices_to_remove] | |||
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| for i in range(1, len(recons_beds) - 1): | |||
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@txusser Aquí parece que hacía una iteración menos de la q toca, porque range(a, b) va de a a b-1.
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Esto me lo tengo que mirar mas en detalle mañana. Parece a priori que es una burna correccion
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No lo he probado pero me fío si decís que había un error.
| @@ -243,7 +247,7 @@ def join_beds_wb(recons_beds, joint_beds): | |||
| hdr1.set_data_dtype(dtype) | |||
| hdr1.set_data_shape(bed_0_data.shape) | |||
| affine = bed_0.get_affine() | |||
| hdr1.set_zooms((affine[0, 0], affine[1, 1], affine[2, 2])) | |||
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@txusser Creo q los valores de la affine pueden tener signatura, de hecho en algunos experimentos que hemos hecho con Pablo affine[0, 0] era negativo. Hemos puesto abs para coger el tamaño de voxel sin signatura, confírmanos si esto es válido o deberíamos quitar el abs, gracias.
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Claro q pueden ser negavitos. Los signos indican la orientación de la imagen http://www.grahamwideman.com/gw/brain/orientation/orientterms.htm Habría que conservarlo, a no ser que la función dé error si son negativos, cosa de la que no estoy seguro. En principio nunca ha dado problemas
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Aparentemente, no es el caso. la función set_zooms no admite negativos, así que ok a este cambio.
Making fixes to some files in order to make whole body simulations work.