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02. 自己紹介
- 山田一作(やまだいっさく)
- 公益財団法人野口研究所 研究部 糖鎖情報科学研究室
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- 糖鎖とタンパク質、ペプチド、脂質などの化合物が結合した化合物
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- ウェブページの意味を扱うことを可能とする標準やツール群の開発によってワールド・ワイド・ウェブの利便性を向上させるプロジェクト(wikipedia)
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Resource Description Framework (RDF)
- RDFでは、主語 述語 目的語 の3つの要素でリソースを表現する。
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- 知識をある領域(ドメイン)内の「概念」並びに「概念間の関係」のなす[順序組]とみなしたときの形式的表現であり、そのドメイン内のエンティティ(実体)を理由付けしたり、ドメインを記述するのに使われる。(wikipedia)
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Symbol Nomenclature For Glycans (SNFG)
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The Symbol Nomenclature For Glycans (SNFG) is a community-curated standard for the depiction of simple monosaccharides and complex carbohydrates (glycans) using various colored-coded, geometric shapes, along with defined text additions.
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糖鎖科学研究において標準的に用いられている単糖類のシンボル表記
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Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures (WURCS)
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Web3 Unique Representation of Carbohydrate Structures (WURCS), a new linear notation for representing carbohydrates for the Semantic Web. In this new format, it is possible to represent any published carbohydrate structure as a linear string, which can be used as a unique identifier for the Semantic Web.
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国際糖鎖構造リポジトリGlyTouCanの標準形式
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WURCS=2.0/3,5,4/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1_c6-e1
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GlycoRDF is a standard representation for storing Glycomcis data (glycan structures, publication information, biological source information, experimental data) in RDF.
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国内外の多くの糖鎖関連データベースで利用されている。
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Glycoconjugate Ontology (GlycoCoO) is a standard ontology for glycoconjugate data (glycoprotein/glycolipid structures, publication information, biological source information, experimental data).
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国内外の多くの糖鎖関連データベースで利用されている。
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GlycanBuilder2-SNFG: GlycanBuilder updated to handle SNFG
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GlycanBuilder2 is an updated version of GlycanBuilder which supports the building of structures to and from WURCS2.0, drawing cyclic glycans and specifying glycans with cross-linked substituents. It also supports SNFG symbols.
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糖鎖科学ポータルGlyCosmosやGlycoNAVIで利用
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A Web app for GlycanBuilder2.
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糖鎖科学ポータルGlyCosmosやGlycoNAVIで利用
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A Web-Based Database Search Tool with Editing Glycan Structures
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糖鎖科学ポータルGlyCosmosやGlycoNAVIで利用
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This software outputs the result of the analysis of glycan information about PDB's mmJSON and mmCIF format data.
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GlycoNAVIやwwPDB OneDep systemで利用
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MolWURCS is a software designed to interconvert between WURCS and many file formats used in molecular modeling and computational chemistry and related area.
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PubChemやGlycoNAVIで利用
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GlycanFormatConverter is core library of glycan text conversion tools.
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糖鎖科学ポータルGlyCosmosやGlycoNAVIで利用
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wurcs2pic is a tool for generating image data from WURCS strings and uses the features of GlycanBuilder.
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GlycoNAVIやwwPDB OneDep systemで利用
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- 糖鎖科学のポータルサイト、日本糖質学会公認
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International Glycan Structure Repository (GlyTouCan)
- 国際糖鎖構造リポジトリ
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Trends in Glycoscience and Glycotechnology ASSOCIATE EDITOR
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The SNFG Discussion Group
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IUPAC SMILES+ Specification Member
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- データ共有・公開制度検討部会 委員
- ジャパンデータリポジトリネットワーク推進部会(JDARN) 委員