07. PubChemの利用方法 グラフィカルユーザインターフェース
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ブラウザにURLを直接入力 https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/
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検索サイトで、PubChem と入力し検索、検索結果
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SARS-CoV-2を検索ボックスに入力すると、候補がプルダウンで表示される。
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候補を選択しないで、そのまま検索（リターンキーを押す）
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CompoundのSARS-CoV-2-IN-1などを選択することもできる。
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Filtersを選択することで、例えば リピンスキーの法則 のような条件を設定すると以下のように絞り込むことができる。
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- これにより、１，８５８件のレコードは、1,092件となる。
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- 右の
Downloadを押すと、各種形式でデータをダウンロードすることができる。
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- また、条件によりソートすることもできる。
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- 下図の赤丸のところをクリックすると、昇順、降順を入れ替えることができる。
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化合物名をクリックすると、化合物(Compound)のエントリーページに移動する。
- 右の赤四角の項目を見ると、そのレコードに収録されている概要がわかる。
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例えば、
Toxicityをクリックすると、下図のような情報を得ることができる。-
View Moreをクリックするとテーブルのみのウインドウが開く -
?を押すと説明が表示される。 -
Downloadを押すとダウンロード可能な形式を選択し、ダウンロードできる。 - テーブル下の 今回は
ChemIDplusをクリックすると、ソースが表示される。
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https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/compound/119 時間に応じて詳細ページを説明
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- 化学構造式を描画します。
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SMILESが自動で生成されます。 - Molfileなどで出力できます。
- 描画した構造で検索できます。
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2244
24847798
24847966
44219
11980079
23666729
56842252
31895
9938610
129672411
129682947
53040
133162
133472
150256
5492506
6453785
56843206
69975280
156866
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右の
Downloadをクリクすると、以下のような画面が表示される。 -
ダウンロードしたい形式を選択するとダウンロードできる。
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NGLY1を検索- NGLY1は、細胞質内でタンパク質のＮ型糖鎖を根元から切断する酵素で、間違って合成され異常な構造のタンパク質のクリアランスに関わっていますref。
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Filter,Sort,Downloadを利用できます。
||||
|:-:|:-:|
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- 名前をクリックすると、Geneのエントリーページに移動します。
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- Chemicals and Bioactivities
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- Chemical-Gene Interactions
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などの情報を見ることができます。また、これらの情報はすべてダウンロードすることができます。
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Protein (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/protein/P15907) を表示
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GlyTouCan ID をクリックすると、糖鎖の構造が SNFG表記で確認することができ、同じ糖鎖を含むPDBのリストが表示される。（GlycoNAVI）
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- リストから、項目名をクリックすると、詳細ページが表示される。
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- CID, SID をクリックすると、Compound, Substance のページが表示される。
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- オントロジーや分類法から、化合物のデータセットを絞り込み、絞り込んだデータセットをダウンロードすることができます。
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PubChem Classification Browser が表示される。
- Select classificationから、データセットを選ぶ。
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- 今回はChEBIを選択してみます。
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Data type counts to displayで、SubstanceとCompoundを切り替えると、下のカウントの数値が変わります。
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organic molecular entityにたどり着きました。
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Search selected classification byで、Keywordを選択（デフォルト）で、キーワード（ここでは、glycolipidを入力し Search します。- 下図のようなリストが表示されます。 キーワードの
glycolipidがハイライトされています。
- 下図のようなリストが表示されます。 キーワードの
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View typeをListからTreeに変更します。-
Tree で表示されます。
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Display zero count nodes?をNoとすることで、余分な枝が非表示になります。
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carbohydrate derivative左の青い数字をクリックします。 -
検索（選択）された化合物のリストが表示されます。右の
Structure Downloadをクリックします。
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- 検索（選択）された化合物のリストが表示されます。右の
Downloadをクリックし、GZipを選択し、SDFをクリックするとダウンロード画面が表示されるので適切な場所に保存します。
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Select classificationから、データセットを選ぶ。
- 今回は
Gene Ontology>Molecular Functionを選択してみます。
- 今回は
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Browse Gene Ontology (GO): Molecular Function Tree>glycolipid binding> 青い数字をクリックします。
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Gene Ontology (GO): Molecular Function: glycolipid bindingのリストが表示されます。
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FilterやSortDownloadが利用できます。
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